贵州少数民族医药与中医一样，也具有不可否认的科学性。关于民族医药的科学性问题，是医学界及其他有关学界较为炽热的问题，历史上对于医学起源有“神灵说”、“巫源说”、“宗教说”等。实际上医学的起源离不开人类物质生产活动。民族医药历史悠久是毋庸置疑的。中医学传入贵州少数民族地区是在明末清初“改土归流”以后，而西洋医学的传入则是在近代。“改土归流”使少数民族地区土司统治瓦解而代之以清政府派驻的“流官”，民族经济、民族文化交流得以发展。在这种历史背景下，中医药才逐渐传入贵州少数民族地区。在这以前的千百年漫长的历史长河中，民族子孙繁衍全赖自身的民族医药。众所周知，任何科学都得经过实践的检验。民族医药的科学性首先在于它的实践性。即便在现代医学和祖国医学发达昌盛的今天，民族医药由于它本身所固有的特点：简、便、廉及许多独到的诊疗方法，仍然为山区少数民族承担大量的医疗保健服务。在民族医药研究工作中我们发现，古代不少植物药、矿物药及动物药一直沿用至今；许多具有民族特色的民间疗法，代代相传，至今仍然以简便、凑效、实用取胜。民族医药中一些“天才的臆测”和被确定的事实，作为医学科学研究的有用资料，对医学发展起到并将继续起到推动作用。民族医药由于能治疗不少疑难怪症，因而也受到城镇人民的欢迎。关岭布依族苗族自治县被誉为民族传统医药之乡，民族医药是该县卫生事业的重要组成部分。该县民族医药有两个显著的特点：一是名目繁多，品种俱全的民间药材市场，药市遍及岗乌、花江、永宁、包包乡和北口乡诸镇，以花江镇为例，最多时可设摊千多处，占地长达800多米。二是当地少数民族外出行医卖药颇为盛行，民族医生足迹遍及大江南北，民族医声誉传遍长城内外。
另外，任何科学都有其自身内在的规律性。在中医和现代医学尚未进入少数民族地区以前，贵州世居少数民族祖祖辈辈都依靠自身民族医药来与病魔做斗争。如果少数民族医药没有一定的科学性，那么这些民族就无法代代繁衍生存下去。因此，民族医药的科学性也有着本身内在的规律性。新中国成立60年来，经过我省民族医学工作者们的艰苦努力，在揭示民族医药内在规律性方面取得初步成果。黔东南地区苗医苗药存在“两纲、五经，三十六症，七十二疾”的辨症学说。从近来对苗药及关岭民族药的研究发现，苗药命名对木、草、花、果的认定有特殊的规律。
民族医药许多独特的诊法和治法，一经发掘，弄明机理，将促进医学进步。苗医可通过观察头发根、中、尖部细微变化诊治疾病，这在现代医学中已经得到证明。通过观察耳部“穿光腺”诊治疾病，而中医学里面就有耳壳的视诊，这值得深入研究。松桃自治县苗族医师，除用药物治疗外，普遍懂得用“化水”法治病。对于“化水”，不可否认有巫术的痕迹，亦有骗人的鬼师作祟，但是也不能一概否认民族医师用“化水”法治病的疗效。笔者认为一味视其为“迷信”、“骗术”的观点是片面的，是不客观的，也是不符合事实的。我们要抱着实事求是的科学的态度去努力发掘其奥秘与内涵，揭示其科学内核成分为广大群众服务才是我们最重要的任务。因此，加强对民族医药特殊疗法的研究是大有前途的，一但这些“黑箱”被披露，祖国医学宝库必将增辉！
民族医药的科学性问题，从它悠久的历史，千百年的实践，内在的规律性和延展性分析，民族医药的科学性是毋庸置疑的。另外，民族医药在发展过程的各个历史时期都难免受神灵、宗教、巫术、鬼魔的影响，因而带上许多封建迷信及讹诈的东西，我们不能因此就以为民族医药落后、低俗，是伪科学等而不屑一顾，不能因此加以全盘否定打入冷宫。“科学医学的任务，就是要从这些庞杂的资料里，挑选出其中的精华部分，经过细心的科学研究以后，将它们作为经过科学检验过的药物和疗法来运用。”
贵州民族医药与祖国其他地区许多民族医药一样，其医、药不分家，行医之人既行医又采药，这也是贵州民族医药的一大特点。侗族医药经过漫长的历史发展时期和药物知识的不断积累，由单方发展为复方，药物品类有酒药、膏药、丹药、散药等。侗族医、药不分家，行医之人既行医又采药。侗医所用药物多是自采、自制、自用，而且所用药物多为鲜品。侗药分为热药、冷药两大类。侗药在命名、用法、炮制、性味、功用、主治等方面，都形成了本民族的特点。侗药药名大多数分植物名与药用名。黔东南苗族侗族自治州内侗族地区现已鉴定出的药用物种有植物药、动物药、矿物药三类。其中矿物药8种，动物药有71个科99属的104种，植物药有192个科699属的1372种。在植物药中，低等植物药用物种少，高等植物药用物种多样性很丰富，其中植物142科622属1250种，占自治州侗族地区已鉴定出的植物药的91.1%。可以说，黔东南州内侗族地区是天然的生态草药库。
我们在探讨贵州民族医药的科学性的同时，还不能忽视民族医药的特殊性。世界上发展中国家的民族区域性、经济发展的不平衡性使得疾病生态学所含有的自然生物和社会文化两种环境因素的影响更为突出。贵州是多民族聚居的省份，从医学地理学观点来看，由于各民族聚居的地域、环境、语言、社会习俗等方面具有明显的差别，因而给民族医药研究带来许多族别论，可大体分为苗语、侗语等民族语言的特殊性。例如在语言方面，各民族语言千差万别，就是同一个民族在语言上差别也很大，比如贵州苗语言就分西部、东部和中部三大方言。而许多民族历史上根本没有与自己语言相适应的文字，民族医药的延续靠世代口传身授，这就给民族医药研究带来极大困难。加之民族居住环境的不同和历史变迁，民族宗教、文化经济发展状况的种种差异等，这就决定了民族医学的特殊性以及民族医药研究工作的艰巨性。
除此之外，民族医药还具有“简、验、便、廉”四大特点。具体表现在：民族民间医生大多数采用新鲜草药经过祖传秘方或临床实践用于医治当地群众的各类常见病；民族医药疗效可靠，直接用新鲜草药植物，成本低廉，价格便宜，容易采集，费用又相对低；民族民间医生往往专一性强，方法简便，疗效快，治愈率高；民族医药是理想的环保医药，品种繁多，采药方便，加工简便，无污染、无副作用。
民族医药与中医药学有相互取长补短之处。中医药学发展早期就借鉴吸收了部分苗医药学的优点；反之，中医药学理论体系建立后也影响了苗医药的某些认识，从黔东北苗医将药物分酸、辛、苦、涩、甘五味及黔东南部分苗医按药物功效将之分为清、消、汗、吐、下、补六大类等例中可窥见一斑。彝族医药与中医药学渊源较深，这两种医药的理论相似可以求证此点。如彝医“清浊二气”与中医六经理论一脉相承，彝医五体（即肾属金、筋属木、血属水、肉属土、心属火）与中医五行（肺属金、肝属木、肾属水、脾属土、心属火）的相近或相同的说法等。据2000年全国人口统计，贵州水族人口32万余人，有本民族语言，水族有一种古老文字称为“水书”，现存约200余字，记载干支、五行、星相、方位、吉凶等，形式类似“河图”、“洛书”，从中可窥见水族文化与华夏文化的渊源，现水族文字为新中国成立后创制，水族与外界交往中多用汉语或其他兄弟民族语言。水族没有完整的民族医药理论体系，受古《水书》理论影响，早期重巫医，逐渐发展为经验医学，现代有关水族医药研究始于20世纪80年代中期。未见专门的医药文献，《水书》是与水医药有关的书籍，现代研究文献有《水族医药》。重医技，病症分型较简单，以望诊、问诊为主，擅治妇科病、骨折、风湿等，用药喜鲜用，少有炮制，方剂多单方或小复方。常用药物200多种，代表药物有双肾草、山螺狮、棕榈嫩尖、芙蓉根、反背红、仙桃草、甲鱼血、秤杆菜根、血当归、茶树根、水冬瓜根皮、野葡萄根、水蛭、杉树皮、细叶泽兰、韭菜根、螃蟹、散血飞根皮、岩五加、青杠子等。从古《水书》与华夏文化的渊源，可以看出水医朴素的病因理论与中医药学的相承关系和渊源。总之，中医药学对贵州各少数民族医药的发展产生了不可否认的影响。