恺撒大帝同一头猩猩之间的差别，主要不是由于组成物质有什么不同，而是由于那些物质的关系构型不一样。
跟手表不一样，生物体自己使自己保持在上满发条的状态，从而抵挡事物走向衰败的总趋势，这是生物体最奇异的特点。
——拉兹洛（E.Laszlo）
在上一章的讨论中，我们指出意识事件的一般结构是：“我”-觉知-（X）。
不论其中的觉知是以主体为观照焦点的“受”型，还是以客体意象为观照焦点的“想”型，在这个结构中，“我”始终是整个结构的一个不可或缺的成分。对于这个不可或缺的成分，笛卡尔（Descartes）曾经有一个著名的疑问：“我知道我存在，问题是，我所知道的这个‘我’是什么？”与意识一样，自我是一个明确的现象，同时也是一个复杂的议题。尽管意识研究让我们不可避免地触及“我”或自我问题，但这里我们并不想深入人类关于自我看法的复杂历史。对于自我，我们有一个简明的思路：意识是一个演化的生物现象，在意识出现之前，生命作为具有第一人称视角的主体就已经出现了；尽管意识的诞生为生命自我带来了新的品质——自我感，并且在反思、记忆、语言等能力的基础上形成了关于自我的概念（concept of the self），但充分理解意识之前的生命自我，将有助于我们更好地理解意识和自我感的诞生，更好地理解反思和人格的同一性。
自从神经病学家保罗·布洛卡（Paul Broca）和卡尔·威尔尼克（Carl Wernicke）发现甚至原来被认为从属于心智范畴的语言能力也与大脑左半球的某些区域之间存在某种必然关联以来，“心智是具身的（embodied）”作为一个事实已经显而易见有一个半世纪了。詹姆士（W.James）说：“大脑是心理运作的一个直接身体条件这个事实，现在确实已经得到了非常普遍的认可，我无须花费更多的时间来对此加以阐明，我只是把它作为一个基本假定，然后继续往前走。”这个基本假定或者说事实正是当代心智科学研究的基石，而且也将在21世纪的人类文化中越来越明确。
心智科学面临的核心任务就是从生物学角度来加深对人类心智更为全面的理解——不理解生命将无法理解心智。因此，在自我的当代研究中，我们目睹了一个非常自然的研究趋势，即自我的生物学和神经科学研究的深入和扩展。然而另一方面，自我的心理学、神经科学和生物学的研究与自我的现象学研究也不是彼此隔绝的，相反它们处于一种互惠关系中。这种互惠关系促使传统的哲学和心理学界逐渐与生物学界的力量结合起来，并且形成了一种尽管松散但充满生机活力的联盟。
3.1 自我保存与生物价值
无论是对最简单的单细胞生命（如变形虫）还是对像人类这样复杂的多细胞生命而言，它们所具有各种能力（无论是本能的、反射的还是心智的（minded），无论是无意识的还是有意识的）的首要的目标就是维持生命机体本身的存在。
自我保存（self-preservation）——即生命机体维持自身的存在和良好状态（well-being），在对抗各种可能的环境威胁中维持自身组织和功能的完整性——这个生命的自然倾向（Conatus）被斯宾诺莎视为一切生命的第一现实，被达马西奥视为生命存在的一切价值中的最根本的生物价值（biological value）。“斯宾诺莎（Spinoza）说：保存自己的努力是美德的首要的和独一无二的基础。”生存和生物价值的概念就体现在机体组织竭力维持其最优体内平衡（homeostasis）上。“任何生命在任何时候，其最基本的所有物是与生命健康相匹配的身体化学过程的平衡幅度。它可以平等地适用于阿米巴虫和人类。所有其他的一切都源于此。再怎么强调它的重要性都不为过。”“价值直接或间接地与生存关联在一起。对人类而言，价值特别以良好状态（well-being）的形式与生存的品质联系在一起。生存的概念——进而，生物价值的概念——可以适用于不同的生物实体，从分子到基因到整个有机体。”即使是在最基本的生命形式（如单细胞生物）中，我们凭直觉上就能发现一些用来描述人类主体特性的术语也适用于这些基本的生命形式，例如，主体、第一人称视角、感知、反应、行为、趋向、回避、意向性等。当我们试图揭开生命的本质时，我们将不可避免地发现生命范畴、心智范畴、意识范畴和思想范畴之间存在深刻的连续性。这个连续性表现在：无论是心智、意识还是思想，它们最终都与生命的自我保存这个最高的生物价值或直接或迂回地联系在一起。可以合理地说，生命机体的自我保存，这一有关生命本质的直觉是我们理解自我本性（无论是无意识的生命自我、前反思的自我感还是反思意识的自传式自我）的一个最合理也最坚实的起点。“显然，我们每个人都有一个外显的（但短暂的）物理的或身体的自我。要探索自我性（selfhood）的根源就不能忽视这个基本的事实。”
3.2 生命-心智连续性
从生命本性出发来理解高级的心智活动，这构成了当代有关生命-心智连续性论题（life-mind continuity thesis）的一类丰富研究。这个论题的中心观念是：心智属于生命，它与生命的本性是联系在一起的，心智与生命共享了一组核心的组织和过程属性，心智所特有的组织和过程属性与生命相比具有相似性和连续性。显然，这个基于演化-发展维度的研究不是全新的，它与皮亚杰（J.Piaget）的发生认识论如出一辙。皮亚杰说过：“任何关于认识发展的研究，凡追溯到其根源的（暂不论它的生物前提），都会有助于对认识最初是如何发展的这个尚未解决的问题提供答案。”“心理发生只有在它的机体根源被揭露以后才能为人所理解。”演化和发生的维度的研究开启了一个重要的方法论原则。这个原则要求我们“研究各种认识的起源，从最低级形式的认识开始，并追踪这种认识向以后各个水平的发展情况，一直追踪到科学思维并包括科学思维”；它要求“我们首先考虑早期的生命有机体，接着渐渐地跨越演化的历史朝向目前的有机体。它要求我们注意神经系统日益累积的变化，并把它们分别与行为、心智和自我的不断出现联系起来”。
历史地看，斯宾塞（Herbert Spencer）和杜威（John Dewey）已在一定程度上表达了生命范畴与心智范畴之间连续性的观点。斯宾塞认为，“生命与心智之间的主要区别在于程度和细节；拥有心智是生物的高级样式；在某种意义上，人类不仅比对虾更聪明，而且更有活力”。更一般地，斯宾塞认为，整个世界的演化有从不连贯的同质状态向明显的异质状态转变的趋势，并整体上趋向于结构复杂性的增加和功能增强，生命系统与非生命系统的区别在于生命体的内部关系能够在经历外部关系变化时的不断调整自身，生命机体的本质特征在于对不断变化的环境进行自我调整和自我保存，以阻止环境的变化破坏其同一性。杜威对于生命的观点与斯宾塞比较类似，他把生命看作与环境相互作用过程中表现出的属性——“生命系统的活动在于面临干扰时表现出维持组织和机体的完整性”。杜威还举例说：
铁本身显示或表现有偏向或选择性反应的特征，但它并未表现出偏向于维持纯铁的状态；可以说，它会很快变成氧化铁。在与水的相互作用中，它并没有显示出改变该相互作用的趋向，以便最终维持纯铁的特征。如果这样，铁就有了生命的标志，就会被称为一个有机体了。斯宾塞和杜威都把认知视为从与世界互动中涌现出的简单样式，认为生命系统在面临环境扰动时表现出来的调整能力预示了认知的能力。关于生命-心智的连续性，戈弗雷-史密斯（Peter Godfrey-Smith）在《斯宾塞和杜威论生命与心智》一文中作了如下区分：
弱连续性：任何有心智的东西就是生命，尽管并非每一有生命的东西都有心智。认知是生命系统的一种活动。
强连续性：生命和心智有一共同的抽象模式或有一组基本的组织属性。心智的功能性属性特征通常是生命必不可少的功能属性的升级形式。
心智本质上是类生命的。
方法论连续性：理解心智需要理解其在整个生命系统中发挥的作用。
应在“整个有机体”语境中研究认知。强连续性论题意味着：即使最基本的生命形式也已经蕴含了初始的（rudimentary）心智，生命与心智共享了一些基本的属性；心智是生命功能属性的升级。斯宾塞被认为是强连续性和方法论连续性命题的支持者，他认为要构建生命系统就需要构建一个在环境中维持自身的系统，在面临可能衰败的情况下，通过调整其内部程序和行为来应对外部的事件和关系。他还认为一旦系统有了这些条件，在特殊方式下，你就有了一个智能系统。总体上，杜威支持生命与心智之间的连续性，他认为生命与心智的区别在于复杂性的增长，生命机体面对外部变化时作用于环境以维持两者之间的平衡，这在一定程度上预示了智能。尽管杜威并未接受强连续性，但他也确实认为认知的某些基本属性形式上与生命的基本属性相似。
生命系统与环境的关系是生命-心智连续性论题的一个重要方面。在这点上，斯宾塞和杜威持有不同的观点。斯宾塞倾向于认为，环境是有机体的决定者。如此一来，生命体成为在环境中被动的客体，环境的复杂性改变了有机体的活动，这是一种非对称的外在论的观点。而杜威倾向于将生命体和环境看作一个单一的系统，由此他认为有机体与环境之间存在着复杂的相互作用和相互影响关系，而不仅仅是环境决定有机体。有机体和环境是一个整体，有机体的调节活动是为了保持双方关系的平衡。他倾向于认为，“非对称的外在论观点应该被认可有机体与环境间双向互动的观点所取代”。
很大程度上，斯宾塞和杜威所主张的生命-心智的连续性是从功能或行为的角度来分析的。而汤普森（E.Thompson）认为，来自现象学传统的约纳斯（H.Jonas）的生命哲学表明“生命与心智的连续性不仅仅是组织的、功能的或者行为的，而且也是现象学的；也就是说，这种连续性既包含了心智生命的主观和体验的方面，也包含了认知的方面”。约纳斯在《生命现象》（The Phenomenon of Life）一书的导言中写道：“生命哲学包含有机体哲学和心智的哲学。这本身是生命哲学的第一个命题，事实上是它的假设，这个假设必定在它的实行过程中发挥作用。因为这个观点恰恰表达了这样的争议：即使最低级形式的有机体也预示了心智；而即使是最高程度的心智，也同样是有机体的一部分”（着重是我们加的）。对于约纳斯来说，用来理解人类体验的某些基本概念也同样适用于生命本身：“人类在自身中发现的那些主要矛盾——自由与必然，自主与依赖，个人与世界，联系与孤立，出生与死亡——甚至是在最原初的生命形式中都可以找到一点最初的痕迹。”
3.3 生命自我与组织不变性
动态的生命调节过程，即体内平衡，开始于最基本的生命形式，如细菌、细胞或简单的阿米巴虫。这些生物没有脑，没有高级的情绪机制，没有意识，更没有依赖语言的精微的推理和反思能力，但它们却表现出恰当的适应性行为。它们能够很好地解决其生命中的一些基本问题，如辨识所需的能量的种类和来源，合成和转化能量，维持与生命进程相协调的内部化学平衡，通过修复损耗来维持有机体的结构，抵挡来自外部的各种侵害，对体内温度、氧浓度或pH值的自动调节，等等。
那么，在生命机体实现自我保存的调节反应的整个过程中，自我存在何处呢？显然，在生命的体内平衡的维持中，并没有一个类似“小人”（Homunculus）这种抽象的和想象的极化（polarized）行动者（agent）居于生命体内在操纵和控制这一切。这种寄希望于小人来理解生命管理和自我存在方式的观念已经被证明无望地失败了。要理解自我，我们需要其他的观点。
对此，我们的一般观点是：（1）生命自我是由整个生命机体（living organism）来表达的，它不完全归于该生命机体的某个优选的局部；它是全局的分布式（distributed）表达，而不是局部的定域（located）表达。（2）自我是一个不断建构的变异的同一性。现在的问题是，生命自我的这种全局的、分布式的、变异的同一性是如何实现的呢？
在理论生物学领域，马图拉纳（H.R.Maturana）和瓦雷拉的自创生（autopoiesis）理论以及罗森（R.Rosen）的代谢-修复系统（Metabolism-repair systems）（即（M，R）system）理论都致力于对生命自我的这种全局的、分布式的、变异的同一性的组织和过程进行理论刻画。