艾碧娜夫人带着他走进庭院，卢梭惊奇地发现这里的一切都符合自己的审美和爱好。艾碧娜夫人对他说：“这是为你而造的，是要送给你的，希望你在这里会过得愉快。”
卢梭异常感激艾碧娜夫人的好意，他吻着她的手，不禁流下感动的泪水。从这一刻起，卢梭决定要在隐庐居住，原来回日内瓦的计划被取消了。
卢梭的个性比较适合居住在乡间，何况在巴黎的15年来，他早已厌倦了城市生活。他年少时曾在沙尔麦特村享受了大自然的风光，昔日在威尼斯或巴黎的生活，虽然也十分吸引人，但他还是会在闲暇时间怀念在沙尔麦特村的田园生活。这时候的卢梭，经济状况日益好转，名声在外，不用再为生活费苦恼。他决定带着戴莱丝和她的母亲一起搬到隐庐居住，并且以后都不会再回巴黎。
1756年4月9日，卢梭正式迁往新居，艾碧娜夫人前来接他们一起去隐庐。卢梭看到屋内布置简朴，别有情致，心里非常高兴，连连向艾碧娜夫人道谢。
当时的气候还很寒冷，不过杜鹃花已开始吐蕊发芽。他们初到的那个晚上，树上黄莺的叫声一声声响在耳边，卢梭很喜欢这种氛围，不禁有夙愿得偿之感。卢梭没有急着开始他的日常工作，而是先到周围浏览了一圈。他看到那些小径、枯叶、树枝、花朵，觉得它们简直就是为他而生的。
经过几天的徘徊，卢梭才开始工作。他每天上午抄写乐谱，下午外出散步，并随身携带一个笔记本和一支铅笔，以备灵感到来时，迅速地记下来。卢梭也有一些写作计划，那是一些在巴黎未完成的作品，他希望将它们补充完整。卢梭在这里住了六年，这期间，他完成了许多著名的作品，其中最具代表性的就是《社会契约论》。这部作品的构思早在卢梭在威尼斯时就已经形成，那时他亲眼看到威尼斯的政治混乱现象，他觉得政治和人生的关系十分密切，个人的行为总会或多或少地受到政治势力的牵引。他认为完善的政治体系应以“使人们步入正轨，具有道德、知识与一切善行”为目的，这种政治思想在《社会契约论》中有清晰地表现。
除此之外，卢梭还有一个工作，就是整理圣皮埃尔教士的遗著，将其编纂成册。这件事是杜宾夫人委托卢梭做的，这些遗著共有23册，其中有很多精彩之处，但也有一些隐晦不明的词句。经过细致耐心的工作，卢梭先将其编成《永久的和平》一书，然后开始整理《委员制》。
这期间，卢梭也在草拟自己的另一部著作《爱弥儿》，这是一本教育学论著，卢梭创作它的初衷在于将个人的创见——“自然教学法”介绍给大众。这是他认为写得最有条理的一部作品。艾碧娜夫人偶尔会来隐庐与卢梭聊天，她为人热心，常常义务为朋友帮忙。她知道卢梭不善交际，所以当她没有客人时，才邀请卢梭过去小聚，卢梭自然也很乐意。她很健谈，善交朋友，卢梭与她相处得十分融洽。
工作之余，卢梭和戴莱丝也能充分享受田园生活的乐趣。他们到郊外散步，尽情欣赏着乡间的美景。
1757年冬天，卢梭的身体状况有所恶化，不过当他写作《新爱洛绮丝》时，心情还是很愉快的。某日，伍德夫人来拜访卢梭，她是艾碧娜夫人的妹妹，后来嫁给了一位伯爵。他们是在艾碧娜夫人家的聚会上相识的。伍德夫人年纪轻轻，并不十分美丽，脸上有雀斑，皮肤也有些粗糙，但她性情开朗、活泼，又很温柔。她还有一颗赤子般的心，有时顽皮捣蛋、天真有趣。此外，她还有一股迷人的风韵，她颇有才华，会弹琴、跳舞，还会写诗。她在交际场合对人热情但不失分寸，卢梭从未听她批评过别人。她的丈夫伍德伯爵是个军人，与卢梭也相识已久。伍德夫人的住处离卢梭家只有一公里，卢梭常到她那里，时间一长，不免被伍德夫人特殊的气质所吸引。有一天晚上，他们共游花园，月色皎洁，流水潺潺，卢梭忍不住向她表达了爱慕之情，伍德夫人委婉地拒绝了。
卢梭隐居之后，与狄德罗的友谊更淡薄了，狄德罗似乎有些轻视离群索居的人，他的一部作品中曾有许多暗讽隐居者的言辞。卢梭读到这些时觉是狄德罗有意在讥讽他。于是他诚恳地写了一封信给狄德罗，希望他能解释一下，不过狄德罗回避了这个问题，他在回信中说：
知道你很喜欢这本书而且深受感动，我真高兴。关于隐居者的那些话，你既然不赞成就算了。你是我最思念的人，虽然有许多言辞令你不满。
卢梭看到这封如此顾左右而言他且言辞戏谑不庄重的信后，义正词严地予以回复：
你们这些文学家喜欢高谈阔论，以为居住在城市中的人才是你们应该交往的对象，殊不知只有田园生活才能使人变得单纯而真挚，浸淫在城市中的人只有仇恨和痛苦而已。
此外，卢梭和格林的友谊也开始决裂。格林在巴黎故意中伤卢梭的名誉，甚至说卢梭在音乐方面的能力很差，种种恶意的诽谤使卢梭不得不重新衡量他们之间的友谊。后来，卢梭决定和格林绝交，并将此事告诉了艾碧娜夫人。艾碧娜夫人力劝卢梭收回绝交的话，与格林重归于好。听到这样的劝告后，卢梭决定向格林道歉，可惜格林对待他的态度依然十分高傲，并屡次强调自己的德行无可挑剔，卢梭败兴而归。
有一次，艾碧娜夫人病了，要到日内瓦治疗。卢梭没有陪同前往，狄德罗和格林因为这件事对他责备良多，狄德罗在给卢梭的一封信上这样说：
最近听说艾碧娜夫人要到日内瓦去，你却没陪她一起。我的好友呀！你应该陪她去的。你接受她的恩惠太多，这正是一个报答的机会。她在那里人生地不熟，身体又有病，应该有人在身边宽慰她。假如我是你，我一定会陪她去的。你认为那会有损你的名誉吗？你错了，你不去，才会有人骂你忘恩负义。平日你很重视知恩图报的，只要问心无愧，又何必考虑其他呢？
这封信使卢梭非常愤怒，因为他在狄德罗的言辞间看出了他的恶意，他在回信中写道：
亲爱的朋友，你明白我和艾碧娜夫人之间的感情吗？她是否真的愿意与我同行？你知道我不去的原因吗？这些我也不必对你细说，如今要提醒你的只是你信中的命令口气实在不是对朋友应有的态度。
你担心别人会怀疑我的品行，但我觉得你应该明白我是怎样的人吧！了解我的人自然会敬重我，我不畏闲言，诽谤我的人最后一定会知道他们是错的。狄德罗，你想必也不是一个好说闲话的人吧？
后来，卢梭将这件事告诉了伍德夫人，并决定要离开隐庐，伍德夫人劝他不要与艾碧娜夫人决裂，并劝卢梭陪同艾碧娜夫人去日内瓦。卢梭最后决定息事宁人，表示愿意陪同艾碧娜夫人。可惜这时候，艾碧娜夫人已经动身了。不久后，卢梭收到格林的来信，信中措辞尖锐，有绝交的意思。卢梭对他们的友谊彻底失望了。不想数日后，艾碧娜夫人竟也写了一封信给卢梭，决定终止他们之间的感情。卢梭眼见昔日好友一个接一个地背弃他，内心的孤独和抑郁一天天凝重。他决定立刻搬出隐庐。缪沙尔先生知道了卢梭的困境，愿意腾出一间小屋给他，卢梭接受了这番好意，在冰雪严寒的冬季搬出了隐庐。
这期间，卢梭接触到了伏尔泰的学说，尤其是他关于自然法则的诗篇以及对里斯本大地震的感言。伏尔泰因为上帝无法保护人类免受灾难而怀疑自己的信仰。卢梭对伏尔泰的这种思想感到震惊，他在1756年8月给伏尔泰写了一封长信，信中针对伏尔泰的观点进行了反驳：
你斥责宗教观念让我觉得有些苦恼并且不能认同。你似乎在说明一切事物都是邪恶的。先生，请别欺骗自己，因为一切事物正与你想象的相反。你觉得乐观主义是残忍的，你极力斥责教皇的诗作，但他的诗减轻了我的痛苦，使我更加有信心地面对病痛。而你的诗作则增加了我的痛苦，使我的希望破灭，让我十分沮丧。
这之后，卢梭和伏尔泰之间就产生了极大的鸿沟，他们各自为自己所主张的思想而辩护。
《新爱洛绮丝》与《社会契约论》
卢梭在隐庐居住期间，勤于写作，其中最重要的作品有《社会契约论》《新爱洛绮丝》和《爱弥儿》。
《新爱洛绮丝》的主角是卢梭幻想出来的。他丰富的情感使他无法从现实环境中找到理想的伴侣，于是，便只能创作一个虚拟的人物以求安慰。卢梭笔下的人物都十分完美，美丽且聪慧。
《新爱洛绮丝》中有两个人物，她们都非常美丽而且很热情。她们个性不同，一个活泼开朗，另一个则端庄温柔；一个独立坚强，另一个却柔弱善感。她们有一个共同的情人，她们非常爱他，彼此间也没有妒意。我们可以想见，卢梭一定是以这个男人自居的，现在看来，这是人类普遍存在的自恋心理在作祟，并且这种三个人的和谐关系明显地过于理想化且有悖道德。
人物形象确定以后，卢梭开始用美丽的环境为这个故事作陪衬。他选了华伦夫人的家乡作为故事的背景。关于这部作品的创作过程，卢梭这样说：
当我开始写时，只是随便在稿纸上涂涂画画。这本书的前两篇几乎完全是用这种方式写成的，并没有经过任何仔细的计划。发展到后来，我几乎无法驾驭自己的想象力。我将自己完全交给这些想象力，希望能将我的故事写成一部小说。
卢梭在这部作品中还详细陈述了他的爱情观，并以一种说理的方式表现出来：
真正的爱，应该是一切人类关系中最纯洁的，爱的神圣火光将净化我们的灵魂。唯有爱，才能使我们不受诱惑，关心周围的人。即使因为爱而产生了罪恶，你的灵魂也没有受到贬低，你依然可以自由地追求真理和名誉。
在《论人类不平等的起源》中，卢梭已经阐明了他的自由平等观念。1756年，他搜集多方面的资料，并加以研究整理，终于完成了这部政治学名著《社会契约论》。
根据卢梭的见解，“人生而自由，但却处处受到束缚”，为了恢复天赋的自由，我们可以用暴力挣脱各种束缚，然而暴力对暴力毕竟具有太强的毁灭性，所以为了维持人类的平等自由，人类间的契约是很重要的。卢梭认为社会契约的主要目的是为了保护个人的平等地位以及调和社会与个人之间的关系。在社会生活中，人们往往会遇到阻碍、困难，这时，人们必须团结在一起，以便渡过难关。社会生活是建立在多数人的基础之上的，必须彼此配合，才能获得共同的利益，因为这样，个人难免会为了集体的利益受到一些约束。卢梭认为当前社会的主要问题是必须要解决个人与团体之间的关系，同时不能有损个人的自由和权利。