进行药物疗法时，必须注意以下几点。
首先是“不能擅自中断服用”。很多患者因为服药初期没有见效，就马上停用，或是因为难以忍受不良反应带来的痛苦，就擅自停用或是减少服用次数。这种做法反而会使病情长久不愈，加剧病情的恶化。相反，有些患者服用抗抑郁药后效果明显，就会非常兴奋，认为“自己已经恢复健康”，也会不想继续服药。这种情况也不能擅自停药。不管服用药物期间有什么不良反应或是症状如何变化，每一次都要详细告知医生，再次诊断开药。
另外，也要事先了解“抗抑郁药禁用的人群”。由于抗抑郁药有可能使一些疾病的病情进一步恶化，所以青光眼、前列腺增生及心肌梗死恢复期的患者不能服用，特别是三环类抗抑郁药。妊娠期和哺乳期妇女也同样禁用。
此外，有些患者经常服用其他药物，也要注意抗抑郁药对这些药物的影响。例如，高血压患者服用降压药维持血压正常，有些抗抑郁药会使血压升高，影响降压药的疗效。另外，某些抗抑郁药会加重帕金森病患者的病情。
患者必须在接受抑郁症的治疗时，详细告知医生自己同时服用的其他药物，请医生给予恰当的用药指导。