一次，中国科学院“革命委员会”召开“两条路线斗争座谈会”，要求竺可桢参加。会上，一个发言人生拉硬扯，编造了许多理由，批判新中国成立以后中国科学院是修正主义黑线专了无产阶级的政。听到这些不顾事实的谎言，竺可桢的倔劲儿又上来了，他这时根本不顾忌个人的利害得失，义正词严地对那个人的发言进行了反驳。他一一列举新中国成立以来科学院在各个领域所取得的成就，然后以不容置疑的口气说：“我认为，建国后科学院在两条路线斗争中始终是红线占主要地位。”
“大雪压青松，青松挺且直。”竺可桢在自己随时都有挨整被批的处境中，还竭尽所能去保护那些在运动中无辜受冲击的干部、知识分子免遭迫害。
当时，竺可桢每天都要接待和应付大量的来访来函外调。所谓“外调”，就是外出调查那些在运动中被揭发和清理出来的人的所谓“历史问题”。竺可桢当年曾大略地估计了一下，几年下来他一共接待来自全国各地的外调人员达500多批。平均每年回复来函来人200多件次。他曾这样难过地叹息道：“‘文革’中，我做不了其他的事，这类事倒成了重要任务。”
话虽这样说，竺可桢也深知，他提供的材料，决定着被调查人的命运。所以，他从不理会那些外调人员给被调查人定下的调子和框框。每次面对一个外调人员或一封外调信函，他总是认真查阅自己过去日记中的记录，如实说明情况，再加以客观地分析。有一次，为了弄清楚一位故人的一件往事，光翻阅过去的日记他就用了两天的时间。
1973年，在“清理阶级队伍”的高潮中，外调人员找到竺可桢家，声称要调查抗日战争时期曾经参加过“青年远征军”的浙大学生的历史问题。
尽管已经是30多年以前的事情，但竺可桢对当时的情形还记得清清楚楚。
那是在浙江大学西迁遵义以后，日本军队从广西攻打贵州。贵州告急。贵阳一旦失守，遵义、重庆也危在旦夕。
大学生们的血液在沸腾，国将不国，怎能安心读书？
浙大的92位青年大学生为了抗日救国，毅然决然投笔从戎，参加了“青年远征军”，奔赴抗日前线。当时担任浙大校长的竺可桢深为他们的热情和勇敢所感动，亲自为他们送行，并在当天的日记里一一记下了这92个学生的名字。
竺可桢找出了当年的日记，他激动地对外调人员说：
“这些学生当时都是些二十来岁的热血青年，谁都知道离开大学校园奔赴前线这一去就可能永远不能生还，但他们为了国家的利益宁愿献身。请你们设身处地地想一想，他们当初参加国民党的军队，究竟何罪之有？”
面对竺可桢入情入理的摆事实、讲道理，外调人员不得不悻悻而去。
在那些“横扫一切牛鬼蛇神”的日子里，竺可桢还牵挂着作家、翻译家叶君健，惦记着澄清叶君健挨整的所谓“历史问题”。
那是1947年的事情。
当时，竺可桢作为中国科学家的代表，前往英国参加联合国教科文组织的会议。那时，叶君健是留学英国的研究生，他被中国代表团聘请，担任大会期间中国代表团的英文翻译。而这段历史，就成了叶君健参加国民党组织活动的罪状。
新中国成立后，叶君健在外文出版局工作，每次一有运动，他的这段历史就要被抖搂一遍。“文革”中，他不但在政治上“靠边站”，而且还一次又一次地被批斗，要求他“交代历史问题”，“说清楚”。
面对外文出版局“造反派”喋喋不休的逼问，竺可桢严肃地驳斥他们道：“叶君健是一个翻译，在当时的国际活动中做了积极有益的工作。我在当时是代表团正式成员，况且不予追究，你们如此对待一个做普通工作的翻译，岂不缺乏政策依据？”
竺可桢的仗义执言，使那些“造反派”哑口无言。
诸如此类的事耗去了竺可桢大量的时间和精力。后来，他为了更快更方便地检索查阅，便把自己日记中所涉及的较重要的人和事加以分类，编成了供他自己检索的索引。
在那颠倒历史、是非莫辨的“文革”舞台上，不同的人演出了一幕幕悲喜剧、闹剧、丑剧。竺可桢虽然不可能洞察和了解这一切后面的内幕和实质，但他却以一个科学家崇尚真理的一贯品格，在“文革”中为自己正直的一生写下了无悔无愧的一笔。
1973年春夏之交，杨花飞絮，槐花飘香。竺可桢的肺心病又犯了，他又一次住进了医院。从未有过的衰竭感攫住了他，他感到生命的终点正在来临。
竺可桢在病床上思索着自己的人生。在历史的长河中，每个人的一生都不过是一瞬。人的生命是短暂的，而人所为之献身的事业则可以永恒。想到这些，竺可桢十分欣慰。他在给自己的老朋友、西北农学院教授辛树帜先生的信中写道：“我们应以达观为怀，有生必有死，这是科学的规律。……我们生逢其时，一生可以胜过古代千载，我们是多么幸运！”
生命最后的时日，竺可桢是在病床上度过的，他放心不下的，仍是自己为之奋斗了一生的事业。
一个从事气象科研的学生来看他，谈起了他的论著《中国近五千年来气候变迁的初步研究》。竺可桢吃力地摇着头说：“这只是初步研究，有很多工作还没有做……”
他期待自己的学生能继续这方面的研究工作。
他的日记伴随了他的一生，也伴随着他最后的日子。
这些日子的日记记载着：
1973年6月11日
往年5月底就可以在北京城里听到布谷鸟叫，而今年却直到今天还未曾听到。可能是空气、土壤污染，造成大批候鸟死亡的缘故。
1973年6月23日吴世昌来信提到关于渤海完全结冰的一次记录，是我所不知道的。
这个记录在《资治通鉴》卷九五，晋成帝威康二年（公元336年）。以后修改论文一定用上此材料。
1973年7月13日审阅《中国近五千年来气候变迁的初步研究》中译英文稿。
1973年12月31日苏联气象学界又在宣传全球气候变冷的消息，说列宁格勒近些年来比1940年前后低了1摄氏度。我在《中国近五千年来气候变迁的初步研究》中已指出，这类1摄氏度上下的变化，过去五千年中极为普遍，算不得地球变冷的证据。
……
1974年1月23日，是一年一度中国人民最重视的传统节日———春节。
竺可桢这一段时间病情比较稳定，精神也很好。从住进医院以后，他已经有半年没有回家了。医院根据竺可桢这一段的病情，同意了让竺可桢回家过年，与亲人团聚。
医生再三嘱咐他和夫人陈汲，必须十分注意保暖，千万不能感冒。
1月20日，竺可桢回到了家里。
1月22日，除夕夜。
回家团聚的孩子们吃过了年夜饭，因为怕竺可桢休息不好，早早便回到各自的住处。竺可桢安安静静地躺在床上，看陈汲悄无声息地忙里忙外，收拾家务。
“允敏。”竺可桢轻轻地叫了一声。允敏是陈汲的字，平日里只有竺可桢这样称呼她。“嗯。”陈汲端来一杯水，送到了竺可桢的床头。“允敏，我身后有一件事要办。”
“什么事儿呀？大过年的，以后再说不行吗？”陈汲连忙打岔。
竺可桢一脸严肃地说：
“这是一件很重要的事。我想好了，竺薪的那笔存款，在我走后，全部作为党费上交给党组织。”
原来，自从1966年8月以来，竺可桢主动要求把自己的工资削减三分之一，这要求上级党组织并没有同意。可从那以后，竺可桢就逐月把工资的三分之一拿出来，以竺薪的名义存入银行。7年过去，这笔存款的数额已达一万一千余元。而在此期间，他们全家一直过着节俭的日子。
在竺可桢1972年6月28日的日记中，记录了这个月他家的收支情况：竺可桢每月的工资是352元，这笔钱每月开支的时候拿出136元以竺薪的名义存入银行。用于家庭开支的钱实为216元。这个月家庭的伙食开支115元，各项零用及额外支出294元，共计支出409元，亏空达193元。
即使在入不敷出的情况下，存在竺薪名下的钱，也从没动用过一分。
竺可桢对陈汲说，对子女不可溺爱，要教育他们自强自立，绝不能让他们有依赖父母的心理。给子女留下多余的钱，等于给他们留下祸害。
在这个静悄悄的除夕夜，竺可桢郑重其事地对陈汲谈及这些。陈汲意识到他是在交代后事，强忍着眼泪答应了他。
1974年1月23日，大年初一。
小院里仍很安静，远远地有鞭炮声和孩子们的玩笑声。
陈汲谢绝了一切来访求见的客人，只让竺可桢的外孙女婿、高能物理学家汪容进到竺可桢的房间。
竺可桢的呼吸很吃力，说话的声音很低。他向汪容了解高能物理研究领域中有关粒子和层子模型的一些问题，他还问及国际理论物理研究的前沿课题。
汪容一一回答了竺可桢的问题。
每当谈及这些话题，竺可桢的神情就特别专注。陈汲注意到，这时候，竺可桢的眼神里有一种她所熟悉的神采，那是智慧的神采，是科学之光照耀下的幸福神采。
1月24日，大年初二。
竺可桢低烧并发肺炎，重新住进了北京医院。
1974年2月6日，竺可桢病危。
病危中的竺可桢用颤抖的手写下了一生中最后一页日记：1974年2月6日，气温最高零下1℃，最低零下7℃。东风一至二级，晴转多云。
吃力地写下了这些以后，他又提起笔来，在旁边注上了“局报”两个字。
竺可桢完成了一个气象学家的最后一件事，仿佛完成了一件心事，深深地呼出一口长气。
在这一生中，每天日记上记录的气温，都是竺可桢亲自到室外用温度表测定，这是竺可桢从青年时期就养成的习惯。而这生命中的最后一次，他却只能按照广播里气象局的天气预报记录了。所以，他要特意注明“局报”。
在竺可桢生命的最后一页，他以一个科学家、气象学家一以贯之的严谨认真的态度，留下了传神的一笔。
1974年2月7日凌晨4时35分，竺可桢停止了呼吸。
中国当代一颗明亮的科学之星陨落了。
1984年，是竺可桢逝世10周年的日子。
华夏大地，改革开放带来了经济的腾飞和科学的昌明。在“尊重知识，尊重人才”蔚然成风的时代，人们格外怀念生于动乱年代、死于忧患年代的竺可桢。
为纪念这位中国现当代杰出的科学家和教育家、地理学和气象学的一代宗师，中国科学院在北京举行了竺可桢逝世10周年纪念会，并设立了“竺可桢野外科学工作奖”。竺可桢工作和生活多年的南京市成立了竺可桢研究会，研究会发表了许多论文。
1987年4月1日，是浙江大学建校90周年纪念日，海内外数以千计事业有成的校友相聚在浙大。
这一天，一座高达2．9米的竺可桢全身铜像在浙大校园揭幕。
阳光下，草坪上，竺可桢谦和地微笑着面对从海内外赶来参加揭幕仪式的浙大校友。这其中，有许多曾经是他的学生，他们中的许多人已经成为国内外著名的专家、学者。无论身在何处，他们都不会忘记在那些艰难的岁月里，竺可桢对他们的教诲。浙大的“求是”精神已经化作了巨大而无形的精神财富，引导着他们的漫漫人生。
竺可桢微笑着面对浙大校园里年轻的莘莘学子，那些青春的面容，飘动的黑发，年轻的身影，是振兴中华民族科技文化的希望所在，是他永远也看不够的最美丽的风景。
竺可桢谦和地笑着，那笑容中有一种圣洁的光辉，令千千万万后人在这里驻足，令千千万万后学“高山仰止，景行行止。虽不能至，心向往之”。