“文化大革命”开始了。这是中国现代史上的一场浩劫。在这场劫难中，竺可桢也受到了冲击。他顶住巨大的压力，一如既往地为中国科技事业的发展而尽心竭力。他完成了重要的科研项目———
《中国近五千年来气候变迁的初步研究》。他对自己的专著《物候学》进行了增订……但是，政治运动的冲击阻碍了他的工作，摧残着他的学术生命和身体健康。
他把一生献给了科学事业，在动乱中离开了这个世界。
1．风暴袭来之前
1965年，竺可桢75岁了。
近一年多来，竺可桢明显觉得自己的身体状况在走下坡路。他的耳朵重听加剧，听人家说话时，如果稍坐得远些就会听不见。接电话也听不大真切。他的左手小拇指和无名指一直发麻，医生说是动脉硬化所致。每当他久坐后站立，特别是在坐车后或者下蹲时站起，他常常感到一阵阵眩晕，眼前发黑。皮肤瘙痒症使得他夜不能寐，眼睛畏光，视力减退。一直都很正常的血压也有些偏低，由高压110、低压70减至高压90、低压60。星期天，他带竺松去北海公园游玩，白塔山并不高，可他登上去却感到腿软腰疼，中途还停下来歇了好几次。
竺可桢在日记中自嘲道：物体下滑时有加速度的物理现象出现，是不是人到了一定年纪后，身体的衰老也有加速度呢？
尽管如此，竺可桢并没有因此而放慢工作的节奏和减轻工作的分量。医生曾多次劝告他，行动起坐都要放缓慢一些。可他一投入到工作中，就忘记了病痛，忘记了时间，忘记了年龄，也忘记了医生的劝告。
他有许多事情要做。
这一年，由中国科学院上海生物化学研究所、上海有机化学研究所和北京大学通力合作，首先在我国成功合成了“人工合成牛胰岛素”，这一成果标志着我国在这个学科领域处于世界领先地位。中国科学院要及时总结这一科研成果的经验。
这一年，在竺可桢的直接领导和组织下，我国的地球科学工作者对青藏高原进行了科学考察，取得了珍贵的第一手资料，这一项工作举世瞩目。
按竺可桢的计划，接下来的时间，要在这次考察的基础上，把对青藏高原的科学考察工作全面深入地开展下去。他向往着那个神奇的地方，那是世界上海拔最高的高原，在地质学上又是自第四纪以来的地质新构造运动中的最新隆起发育。在地质构造、矿床的形成和分布，以至对周围生态环境的影响等方面，都具有其他任何地方所不具备的特点。全面开展对青藏高原的科学考察和研究，不仅对亚洲大陆的形成和演化、东亚大气环流的运行和周围生态环境的变迁具有重要的理论意义，同时对我国西南、西北地区的经济开发和国计民生的发展具有现实意义。更重要的是，竺可桢期盼中国科学家能利用我国自然条件和自然资源的优势，尽快赶上和超过世界上别的国家的科研水平，为人类的科学事业作出贡献。竺可桢认为，这是中国科学家责无旁贷的责任，也是他个人责无旁贷的责任。
竺可桢还十分重视和关心农业区划工作，他始终认为，地理学研究应该为发展农业生产服务，由地理学家参加的农业区划工作，是解决我国农业因地制宜、充分利用资源发展生产的有效方法。
竺可桢多年来一直潜心于历史气候变迁的研究。工作之余，他打算在过去研究的基础上，对这一课题进行更深入的探索思考，尽早得出科学的结论。
可是，他却时常有力不从心之感。
除了身体的原因、工作太忙的原因之外，他还不得不面对种种他感到十分陌生和困惑的问题。
在科学院内外的不同场合，竺可桢都听到一些有相当地位的人批评科学家写论文是个人名利思想。竺可桢对此观点十分不以为然。他在日记中写道：“我国关于科学各领域的研究所出的书和文章不是太多而是太少，科研论文是知识分子、脑力劳动者的生产结果，应该鼓励大家写书写文章。”
在一次科学院的院务会议上，在安排科学院的工作时，科学院的领导提出了两项新的措施：一是20年赶上和超过世界先进科研水平；二是要以革命精神打破科研机构的框框，科研工作要革命化。本着这一精神，科学院决定建立政治部，各科研院所和研究室也都要设政治主任。
这些措施的制定，并没有体现科学的、务实的精神，完全是那个“政治挂帅”、“以阶级斗争为纲”的时代的产物。科学之光的烛照，只能到达理性的领域，在盲目的自大和专制愚昧面前，科学家的理性和良知被嗤之以鼻，不屑一顾。在这种大背景下，竺可桢所主抓的许多方面的科研工作势必要让位于一个接一个的政治运动。
1965年4月2日至23日，中国科学院党组组织科学院的几十位科学家前往山西省洪洞、曲沃、阳泉等地参观那里农村的“四清”工作。竺可桢为这个参观队的队长。参观队下设了三个小组，一组的组长是贝时璋，二组组长是童第周，三组组长是严济慈。“四清”运动，是当时一场遍及全国农村的社会主义教育运动。竺可桢在参观考察农村的“四清”工作中，以一个科学家理智而清醒的头脑和“求是”精神，敏锐地认识和发现当时中国农村所存在的问题，除了所谓“四清”、“四不清”的问题外，还有许多牵涉到国家政策制定的问题。
在山西省洪洞县万安镇，竺可桢记下了这样一组数字：
万安镇共有4000人，这里的姑娘十六七岁就结婚，仅1964年一年，全镇出生人口199人，人口增长率高得惊人，达到10％。而在粮食分配中，基本口粮按人头分配，占分配量的80％，工分粮食的分配却只占20％。在此分配过程中，人口不论大小，基本口粮平均分配。这样一来，壮劳力多而小孩子少的人家，虽然贡献多、出力多、挣工分多，却不能多劳多得，反倒因此而缺粮。而那些劳力少而人口多的人家，反而能多分得粮食。竺可桢认为，这样的分配政策起到了鼓励生育、奖懒罚勤的作用。
另外，竺可桢还发现，工业品价格过高而农产品价格过低。如：1斤化肥卖人民币2角8分钱，而1斤小麦才卖人民币1角2分钱。这样的价格差不利于促进发展农业生产。
在万安镇公社，竺可桢面对公社干部和全体参观队的科学家谈了这次来农村的感受和认识。他直言不讳，着重谈了农村人口增长速度过快的问题，谈了农业生产中存在的问题。他主张兴修水利，除了种植小麦等粮食作物外，还应因地制宜地多栽种一些核桃、葡萄等经济作物。
时隔40多年后的今天，中国的社会生活已经发生了巨大的变化，中国农村的经济改革也取得了巨大的成功。当我们回过头来再听听竺可桢在40多年前所阐释过的观点，仍然不能不发出深深的感叹。假如中国当时就能尊重科学，尊重科学家，按客观规律办事，中国的发展将少走多少弯路啊！
可是，历史的进程并不以人们的良好愿望而转移。竺可桢怎么也想不到，更大的政治风暴正在酝酿之中，一场史无前例的政治运动即将来临。
2．在“文革”的风暴中
冬去春来，1966年的北京春寒料峭。
从塞外吹来的风打着呼哨，掠过古城，掠过街巷，卷起阵阵黄土。
竺可桢依然天天进行物候观测，天天坚持体育锻炼，天天记日记。除了工作之外，他利用一切业余时间，搜集整理各个历史时期气候变化的资料，为自己的科研论著做准备。
“文化大革命”的政治风暴来得如此迅猛，人们不可能预测到它将会给这个国家带来什么。善良的人们真诚地相信，修正主义是全党全国最大的危险，“反修防修”是全党全国的首要任务。经过这场伟大领袖亲自发动的、史无前例的“无产阶级文化大革命”，我们的党就会更加纯洁，无产阶级专政就会更加牢固，红色江山就会千秋万代不改变颜色。
阴云在聚积，风暴来临了。
沉渣泛起，泥沙俱下。党内的一些野心家、阴谋家利用中国共产党最高领导人的错误，互相勾结，结党营私，狼狈为奸，“乱纷纷你方唱罢我登场”，整个社会生活陷入极大的混乱中。
竺可桢作为一代优秀知识分子的代表，对所发生的一切虽感到困惑不解，但他出于对祖国的热爱和对中国共产党的信任，在运动中努力调整着自己的思想，站稳自己的立场。
这一年的新年刚刚过去，竺可桢得知，自己被罗马尼亚科学院主席团授予罗马尼亚科学院荣誉院士称号。中国科学院的地理学家黄秉维被授予罗马尼亚科学院院士称号。罗马尼亚，这个地处东欧的社会主义国家，成了我国科学家与外国科学家进行对话与交流的唯一通道。
当时，西方各国在科学技术上对我国实行封锁，而我国与苏联关系紧张后，东欧许多社会主义国家与我国的交往也日益减少，只有罗马尼亚与我国继续保持着各方面的联系与交流。
新年假期过后，竺可桢来到科学院地理研究所。他约请了中国地理学会的副秘书长瞿宁淑前来这里，一起商谈地理学会本年度的工作安排。
他们主要研究了关于召开地理学会理事会的事情，又商量了一些具体工作后，瞿宁淑向竺可桢说道：“竺院长，您和黄秉维先生荣膺罗马尼亚科学院院士称号，是中国地理学界的盛事。中国地理学会打算就此事搞个庆祝活动……”
“不要，千万不要搞什么庆祝活动。”竺可桢不待瞿宁淑说完，就打断了他的话，“罗马尼亚科学院将这一称号授予两个中国地理研究工作者，这一荣誉应归功于全体中国地理学家。”
看到竺可桢如此明确坚定的推辞态度，瞿宁淑也就不好再坚持此事了。
早春二月，竺可桢的秘书沈文雄来到竺可桢家看望竺可桢，并向竺可桢道别，他即将去安徽霍邱县参加“四清”运动。
沈文雄是个十分精干的秘书，他这一走，竺可桢的工作势必会受到影响。但是，竺可桢什么也没有流露出来，他对沈文雄说：“希望你从安徽参加‘四清’运动回来后，我们能一起到西藏去。全国各个省、自治区中，除了西藏和台湾以外，我都已走遍了。青藏高原的科学考察已有一个良好的开端，还应该继续进行下去。我想实地去了解西藏的自然状况。”
竺可桢这一愿望未能实现。
随着“文化大革命”的开始，中国科学院西藏科学考察队的正、副队长，科学家刘东生、施雅风都遭到了斗争和批判，原定的考察计划不得不暂停。虽然竺可桢一再强调这项研究工作的重要性，但在当时的政治环境中，西藏的科学考察已经摆不上议事日程了。压倒一切的任务是“革命”。
1966年5月16日，中共中央颁布了《中国共产党中央委员会通知》，简称“五一六通知”。这一“通知”的颁布，是“文化大革命”从文化领域扩展到全国各个领域的标志。
全国人大常委会和全国政协常委会在“通知”下发后，立即召集在京党内外知名人士学习讨论“通知”精神。到会的知名人士有科学界的，也有文学艺术界的。他们在学习讨论中一致表示，为了以自己的实际行动投入到“文化大革命”中去，为了坚持在中国共产党领导下的“继续革命”，他们决定联名向组织提出申请，要求降低自己的工资标准。
于是，在学习“通知”的座谈会上，经沈雁冰（即茅盾）倡议，由舒舍予（即老舍）拟稿的“降低工资标准申请书”，得到了全体与会人士的签名赞同，竺可桢和中科院其他几位著名科学家也在其中。
参加过座谈会回到家中，竺可桢想到，光降低工资标准还不够，还不足以表示自己和人民大众在生活上缩小差距的决心。他找到科学院副院长、著名科学家吴有训，和吴有训谈起了自己的想法，吴有训和他有同感。两人商量后，决定他们两家从即日起开始以实际行动向工农大众靠拢。具体措施有：1．缩减自己工资的三分之一上交国家，只领原薪的三分之二。
2．组织上委派的公务员由院里有关部门另行安排工作，辞退自己雇用的保姆。
3．缩小住房面积，腾出竺安和保姆居住的两间厢房，由科学院安排使用。
4．不铺地毯，不摆沙发，不挂画饰，全部上交科学院有关部门。
5．到科学院上班或有公务时，和吴有训合乘一辆小汽车，到图书馆、情报所查阅图书资料时乘公共汽车。
6．把个人私有的钢琴赠与科学院芳嘉园幼儿园。
竺可桢、吴有训在当时这样做，也许是他们真诚地相信：这些都是“继续革命”的需要，他们要以自己虔诚的行动“在灵魂深处爆发革命”，“革自己的命”。
他们所采取的以上这些措施，还可能是出于大势所趋下的不得已。共和国的国家主席尚且在一夜之间成了“全民共诛之，全党共讨之”的“中国头号走资本主义道路的当权派”，更何况他们这些“喝过洋墨水”，从旧时代过来的知识分子呢？这种表面上很革命的行动也许是出于心底深处的一种自保的愿望。
当然，这一切只是我们今天的推测，竺可桢、吴有训的真实动机已不可考证。但事实证明，他们这样做是有先见之明的。很快，“红卫兵”就冲进了竺可桢的办公室，即使他当初不主动采取那些措施，“红卫兵”也会对这一切“造反有理”的。
“文化大革命”运动开展起来后，就像阿拉伯故事中那个被装在瓶子里三百年后被放出来的魔王，以人们所想象不到的速度和模样发展着、膨胀着。
“破四旧”，许多文物古迹被破坏。“横扫一切牛鬼蛇神”，许多知名的作家、艺术家被揪斗，遭凌辱。