经济的发展必须伴以各经济结构的协调发展，城乡二元结构明显是南京乃至全国都十分突出的一个问题。社会主义新农村建设目标的提出对于缩小城乡差距、统筹城乡发展起到了极大的促进作用。其实，在社会主义新农村建设目标还未提出之前，南京就已经在缩小城乡差距、统筹城乡发展方面作出了一定的努力。
“十五”期间，南京郊县经济取得了较快的发展，与“九五”期末相比，郊县地区生产总值增长1.7倍，年均可比增长17.7%；财政收入增长4.1倍，年均增长35.7%；农民收入增长53.2%，年均增长8.9%；郊县GDP和财政收入占全市总量的比重，分别上升了4.6和11.9个百分点。尤其是近年，南京农民收入增长较快，2004年农村人均纯收入比上一年增长12.4%，2005年增长12.5%，达到6225元，高于全国和江苏省3225元和5276元的收入水平。2005年，在建设社会主义新农村目标的指引下，南京市还加快构建了“以城带乡、以工促农”的机制，集中出台了《关于加快统筹城乡发展的意见》及5个配套政策，继续向郊县倾斜政策、资源和人才，促进城乡融合；加大对“三农”的投入，2005年市级财政支农资金达4.4亿元，增长73.4%；开展城乡结对帮促活动，组织城区、市直部门、在宁高校、科研院所和大企业，共157个单位实行对口支持，举办对接活动117场次，落实帮扶项目281个。顺利完成8个经济薄弱镇三年的帮促目标任务，共落实扶持项目322个，到位资金1.63亿元，为缩小镇街差距打下了基础。
在此基础上，南京还进一步提出了“十一五”期间郊县经济和社会发展的主要预期目标，即：郊县地区生产总值年均递增19%以上，实现四年翻番，地方一般预算收入年均递增25%以上，实现三年翻番，全社会固定资产投入年均增长40%以上，实现两年翻番。到2007年，建成全面小康社会。“十一五”末，郊县非农产业比重达到95%，郊县城市化率达到68%，农民人均纯收入年均递增10%以上，力争突破1万元大关。南京市将从大力发展郊县农村生产力、加快郊县富民步伐、加快农村社会保障体系建设、切实加强农村基础设施建设、大力改善农村生活环境和探索建立新农村建设的新机制、加大对农村的投入等方面入手加快社会主义新农村的建设步伐，这将对缩小城乡差距，促进城乡和谐发展起到极大的促进作用。
5.城市建设的快速发展将使南京城市更具魅力
良好的城市建设不仅可以充分展示城市的自身魅力，而且可以为城市发展提供基础保障。南京是一座集山水城林于一体的美丽城市，现代化的城市建设为这座美丽的城市更添姿彩。近几年，南京在“十运会”的带动下，大力发展城市建设，不但大大缓解了南京的交通瓶颈压力，而且为南京这座古城增添了迷人的色彩。
在交通网络的建设上，南京积极发展轨道交通，2005年南京地铁一号线建成运营，地铁二号线进入加紧施工阶段；城市快速内环东线工程已正式通车；长江三桥在2005年也建成通车。这些基础设施的完成使南京城内的交通状况得到明显改善。在城市的整体布局上，“一城三区”的城市格局已基本形成，河西新城区的建设成效显着，仙林新城也初具规模。同时，南京还在加速建设和促进城东地区、东山和江北新市区的形成和完善，使城市空间不断有序拓展。在对外交通立体建设中，南京目前已建成了宁沪、宁杭、宁淮、宁连、宁芜等多条高速公路，形成了四通八达的城际高速公路网。南京火车站新客站建设也全面完成，目前南京正在积极推动京沪高速、湖汉蓉、宁西等铁路大通道建设，同时启动对铁路南站的规划建设工作，南京正在向华东地区最大的环行铁路枢纽的目标迈进。除此之外，南京的水运和空运体系也在不断完善。在原有港口和机场的基础上，南京正在积极建设龙潭深水港和禄口航空港，以提升自身的国际性口岸功能。
在加快基础设施建设的同时，南京还努力处理好建设与环境保护之间的关系。“绿色南京”工程的建设已取得一定成效，目前，南京市区人均公共绿地面积已达到12平方米，建成区绿化覆盖率达到45%，在全国15个副省级城市中位居前列。同时南京的整体环境质量也不断改善，2004年被授予“国家环境保护模范城市”称号。城市建设的快速发展必将给南京提供更为坚实的基础。
二、南京城市发展面临的压力与挑战
1.南京面临周边城市的强大竞争压力
近几年，南京每年的经济增长速度虽然一直保持在15%以上，但与先进城市之间的差距仍在不断扩大。2005年，南京的地区生产总值为2413亿元，仅相当于上海的26.4%、深圳的49.0%、广州的47.2%。同时一些城市的经济总量正在或逐渐超过南京。改革开放之初，南京的经济总量明显高于杭州，杭州的经济总量相当于南京的82.5%，但到1990年时，南京的经济总量已低于杭州13.1亿元，相当于杭州的93.1%，2005年南京与杭州经济总量的差距已达到505.61亿元，仅相当于杭州的82.7%。同样，临近的宁波、苏州、无锡的经济总量也早已大大超出南京，且差距在不断拉大。与此同时，青岛、大连、厦门、沈阳、武汉等城市以正以较快的速度成为中国经济较发达的城市，对南京构成极大的威胁和挑战。在生产总值差距不断拉大的同时，很多城市的综合竞争力在不断增强，并逐渐超过了南京。在倪鹏飞主编的《中国城市竞争力报告》中，南京的城市综合竞争力排名不断下降，从2003年度的排名第9位，下降到2005年度的第18位。尽管这其中的排名仍值得商榷，但南京竞争力的逐渐下降却是不争的事实。随着越来越多城市发展的加速，南京将面临更加激烈的竞争压力。
2.创新意识和能力的缺乏是南京发展面临的最大障碍
虽然南京已确定了增强城市自主创新能力的发展战略，但南京的创新意识和创新能力相比而言仍较为缺乏，表现在多个方面。从企业的角度来讲，南京的企业中国有大型企业比重较大，这些企业规模大，拥有一定的技术研发实力，但总体来看，机制不很灵活，拥有的研发实力并不能充分转化为生产力，这其中虽然存在着体制上的因素，但缺乏创新意识仍是一个十分重要的问题。以南京熊猫电子为例，这个公司曾经是一个拥有自主知识产权的企业，在国内外都具有一定的竞争实力，但是长期以来，由于产品缺乏创新，品种单一，慢慢丧失了原来所拥有的竞争优势，市场逐渐被其他企业挤占，经济效益逐渐下降。在南京的民营企业中，创新意识和能力的缺乏，阻碍了这些企业实力的壮大。
对于个人而言，南京人较为保守，具有很强的官本位意识，追求安逸和平稳，缺乏创新。这种文化因素在南京的民营企业中的表现就是企业主容易满足于现状，小富即安的心理较严重，缺乏竞争、创新意识和积极进取的精神；在普通市民中的表现即是不愿进行创业，追求较安稳的工作，缺少冒险精神，在平时的工作中也存在“不求创新，但求无过”的心理。
在政府方面，创新意识和能力的缺乏表现得也较为明显。南京政府部门对新事物的反映和接受能力均较慢，缺乏独到和敏锐的眼光，面对世界市场中出现的新机会、新态势不能作出迅速的反映。同时在很多政策、措施的制定上也存在保守的问题，有时不能够针对南京的实际情况采取有创新性的发展战略和措施，使南京在很多方面逐渐丧失了竞争优势，变主动为被动。在瞬息万变的今天，创新越来越显示出其在促进当地经济发展中的重要性，缺乏创新意识和能力将使南京在激烈竞争的市场中处于不利的地位，而对它们的培养和提高并不是短时间内能够解决的，这是南京目前也是将来要面对的最大发展障碍。
3.经济发展缺乏产业的强有力支撑
南京的经济增长虽然保持了较快的增长速度，但产业发展中仍存在着一系列的问题，这些问题在很大程度上制约了南京经济的快速增长。问题主要表现在以下几方面：
第一，以现代服务业为主的第三产业发展滞后。南京虽然已确定了发展现代服务业的战略目标，但现代服务业的发展仍滞后于南京目前的经济发展阶段。不仅第三产业的产值比重仍明显低于第二产业，而且在第三产业内部，优势产业也主要集中在批发、零售、餐饮业、房地产等生活消费性服务业上，那些与生产息息相关的生产性服务业发展则相对滞后，这给第二产业的发展带来了很大的制约。
第二，产业结构以中间产品为主，产品附加价值较小。南京的产业结构以重化工业为主，在目前的支柱产业中，石油化工和钢铁产业均以中间产业为主，产品缺少品牌效益，附加价值也较小。在其他几大支柱产业中，交通运输设备制造业虽具有最终品牌，但南京缺少对核心技术的掌握，利润也相对较少。同时，现代服务业发展的滞后也影响了产品附加价值的提高。
第三，产业升级乏力。从经济发展阶段来看，南京目前已处于工业化的中后期，这一阶段的产业结构应出现两大转变：首先应由资本密集型向技术密集型产业转移。南京的电子信息产业虽然早在20世纪90年代就被确定为支柱产业，近些年产值比重也有所提高，但南京所从事的并非真正意义上的技术密集型产业，而只是高科技产业中的劳动密集型产业，对于核心产品的研发、设计、制造等技术含量高的、附加价值大的行业很少涉足。即便是资本密集型产业，南京在核心技术、核心零部件上也主要依靠外部力量，因此距离以技术密集型产业为主的阶段还很遥远。其次，产业结构还应由第二产业向第三产业进行转变。但是南京第三产业发展还远远滞后于经济发展的需求。产业升级乏力不仅使南京难以保持产业上的竞争优势，而且由于不能适应世界产业利润转移的规律，造成虽生产增长但利润减少的现象，从而制约了城市的快速发展。
4.资源和环境对经济增长的约束将不断增强
南京目前的产业结构中重化工业比重较大，加上生产的粗放型特征明显，对资源和环境的需求，近些年在促进经济快速增长的同时，也造成资源和环境的压力越来越大。
在水环境方面，目前，南京境内除长江外，大部分水质不断恶化，主要江河湖库Ⅰ类水已基本不复存在，Ⅲ类水的比重加大，一些河渠的水体已经成为“人体不可触摸”的Ⅳ类水，不仅不能饮用，就是农田灌溉也不能使用。特别是主要河道秦淮河受污严重，已成为第二条上海苏州河。尽管南京自来水质量较高，但是由于长江上游和中游污染严重，每至冬春枯水季节，自来水中的漂白粉等异味较为明显。因饮用水污染加重而导致的各种疑难杂症尤其是癌症的发病率有逐年攀升的势头，对全市人民身体健康构成严重危害。
在土壤环境方面，据南京城市土壤中重金属含量水平监测结果，在老工业区（如钢铁厂、石化厂、大厂镇等）土壤中铅含量平均值为283.8mg/kg；商业区（如新街口、夫子庙、汉中门、鼓楼、南京车站）土壤中铅含量平均值为119.8mg/kg；城市广场（如鼓楼、中华门、鸡鸣寺、汉中门、中山门、午朝门等）土壤中铅含量平均值为54.5mg/kg；风景区（如玄武湖、陵园路、雨花台、清凉山等）土壤中铅含量平均值为66.1mg/kg；老居民区（如邓府巷、总统府、东长干巷、梅园新村等）土壤中铅含量平均值为141.6mg/kg；学校（如小营小学、东南大学、南京大学等）土壤中铅含量平均值为114.4mg/kg。这些土壤样品铅含量均高于南京地区土壤中铅的背景值（24.8mg/kg），也远超过欧盟保护人体健康的土壤中铅的限量值（欧盟标准为50mg/kg，美国为80mg/kg）。
此外，南京还是一个自然资源较为短缺的城市，人均土地、资源的占有量较低，目前，南京人均耕地面积仅为0.046公顷，同时土地的闲置废弃现象在农村较为普遍。矿产资源也主要依赖外地，加上浪费现象严重，土地和资源的产出效益均较低。尽管南京现在已出台了一些措施降低单位产出中的能耗，以加快经济增长方式的转型，同时促进产业结构的转变，加大对环境的整治力度。但经济增长方式和产业结构的转变并不是短期内能够实现的，因此在未来的经济增长中，资源和环境约束仍将继续增强，这对今后南京经济的发展造成了很大的制约。