大量游客的到来，会造成对大气、水、土壤、生物等影响。乡村社区一般较少具有完善的排水系统和污水处理设施，生活污水一般利用乡村相对较为完善的农田灌溉系统进行排放。由于大量旅游人口拥入农村，生活污水得不到充分的净化，容易造成对水渠、河道的污染，进而对农田土壤、农作物造成污染。乡村生态旅游者一般借助私人交通抵达旅游地，交通沿线在黄金周、周末等高峰期会造成空气质量超标的现象。而一些乡村生态旅游公路两侧对绿化树种的选择欠缺考虑，农田直接在沿线两侧耕种，容易造成对农作物的污染。
随着大量的旅游者进入乡村，将有大量的代谢终产物进入乡村地域，乡村地域是否具备对这些代谢终产物的分解和吸纳能力需要认真研究。
不负责任的旅游行为，会带来大量的不可降解的物质进入农村地域现阶段我国游客素质普遍不高。由于乡村生态旅游消费门槛较低，乡村生态旅游还没有真正作为一种旅游产品（民俗文化旅游产品）进入旅游者心中，加上乡村生态旅游缺乏风景名胜区的管理机制和管理队伍，所以游客主观意识和旅游区客观约束的放松容易造成旅游垃圾对环境的污染。如旅游者随手扔弃的塑料瓶、塑料袋，到乡村露营的自助旅游者的“行军灶”、燃烧废物等都对环境造成了影响。
从经营者的角度来看，由于缺乏相关法规、条款的制约，很多经营者不负责任地堆放、倾倒，以及一些考虑不周全的垃圾填埋也造成了对环境的污染。
不符合地方特色的设计和建设，往往造成与自然景观的不协调，甚至破坏整体形象。对于以旅游收入作为重要经济来源的乡村，乡村性是吸引游客的永久动力，因此不论经济条件如何改善，都不主张建盖非地域民族风格和地域文化的建筑。当然，当地人房屋内部一些设施，如煤气、厕所等，可以紧跟城市标准和时尚；对于旅游收入较少或不开展旅游活动的乡村，在经济上富裕后，我们也不主张非本地文化取向的建筑。因为，当代人留下的将是后代人的财富，自然旅游资源我们几乎不能创造，我们能为子孙留下的只有人文的资源。所以是留下祖先的传统文化，还是留下败笔，这是很容易判断和决定的。
外来的主流文化容易形成对本土文化的冲击，造成本土文化的瓦解。文化趋同是国际化发展的误区，但却是一个较难纠正的误区。在全球化、一体化快速发展的时代，很多文化元素还没有来得及鉴别，就已经被遗弃。世界文化的多样性正在丧失。相对生物多样性的保护而言，文化多样性的保护也应该给予同样关注。从这个意义上说，乡村生态旅游活动的开展，有利于乡村文化的挖掘、传承和保护。但没有规划、缺乏指导的乡村生态旅游开发容易造成对乡土文化的致命打击。
功利性的旅游文化发展观，容易造成对地方文化的扭曲，造成伪民俗化为迎合旅游者求新、求异的心理，旅游策划者往往把乡间风俗、乡间民情表演化和快餐化，容易产生旅游者对当地文化的误解。当然这其中当然不乏转化得较好的乡村文化，如云南文山普者黑景区的篝火晚会、丽江大研古镇的“丽水金沙”晚会等。
伴随旅游业而来的服务行业，会改变乡村朴实、纯洁的伦理观和道德观旅游业具有较长的前后向产业链，因此旅游业的发展能全面带动区域经济的发展。在经济发展的同时，一些黄、赌、毒的东西也会随着商业利益和人口的流动进入乡村地区，对乡村淳朴的民俗和道德伦理造成冲击。
旅游利益的分配不公，是乡村新的不稳定因素乡村生态旅游环境营造是乡村社区全体人民的责任和义务，但乡村生态旅游的收入却只进入了部分农户或部分地进入了农户的口袋，这样会拉大乡村贫富差距，容易造成新的不稳定因素。