（1）缺少乡村生态旅游发展的总体规范。经过多年的发展，乡村生态旅游出现了不少的问题，也产生了很多有益的经验，乡村生态旅游的发展已经到了总结、提升的时期。近年来，北京、成都、贵州都相继花大力气进行乡村生态旅游的规范研究工作，出台了一批乡村生态旅游发展的规范性文件。但是，从全国来看，乡村生态旅游发展指南、市场准入条件、经营规则、管理条例、责任与义务等规范性文件都显得非常缺乏。作为建设社会主义新农村的有效途径之一，乡村生态旅游发展的规范工作应该得到加强。
（2）“统一管理”，管的内容不清。乡村生态旅游的“统一管理”，更多应该从解决“分散经营”存在的问题入手。统一管理，就应该从乡、村实际情况出发，制定合理的乡村生态旅游发展专项规划，指导旅游的开发；统一管理，就应该明确乡村生态旅游的发展方向、发展主题，为区域乡村生态旅游的发展定调子、定路子；统一管理，就应该担负起从业人员的培训工作，不断提高乡村生态旅游发展的人力资源素质。但从目前来看，乡村生态旅游的管理工作更多还停留在市场准入的评价方面，工作还不全面。
（3）尚未建立科学、适用的管理体制。乡村地区不仅受乡、村的行政管辖，还接受市、县农业、林业、国土、水利、电力、文化、宗教、环保、建设等多个部门的管理。多头管理使乡村生态旅游的开展困难重重，处处受到制约。有的乡镇对应旅游部门成立了旅游办公室，负责乡村生态旅游的发展工作。但由于人员和经费上的限制，使得这个机构的工作较难开展，工作效率不高。另外，由于缺乏乡村生态旅游发展的中介结构，使得乡村生态旅游的“设计”、“生产”、“销售”等环节得不到及时的市场信息，“供给”和“销售”没有形成良性的互动。