种蛋品质的好坏不但直接影响孵化率，而且关系到雏鸭的品质和以后生产性能的优劣，因此必须在种蛋入孵前进行严格选择。
（1）种蛋来源。种蛋必须来自遗传性能稳定、高产、健康无病的种鸭群。对种鸭群的饲养管理要正确，公母配比应适当。
（2）种蛋新鲜。孵化用种蛋应越新鲜越好，随种蛋的保存时间延长，其孵化率逐渐降低。种蛋的保存时间与气候和保存环境条件有关。春秋季的保存期不宜超过7天，夏季不宜超过5天，冬季以不超过10天为宜。
（3）种蛋大小。种蛋应选大小合适，符合该品种平均蛋重的要求。蛋形正常呈椭圆形，过长、过圆、凹腰、两头尖等畸形蛋不宜作种蛋，必须剔除。
（4）蛋壳质量好。蛋壳要厚薄适中，壳质要致密均匀，表面光滑有光泽，没有裂纹。沙壳蛋、钢皮蛋、薄壳蛋和裂纹蛋等不可作种蛋。
（5）蛋表面清洁无污染。种蛋蛋壳必须保持清洁，这一点对鸭蛋特别重要，因鸭子夜间产蛋，又无产蛋箱，蛋壳极易受到粪便等污染。已经污染的种蛋，必须经过清洗和消毒，才能孵化。
种蛋的选择方法常用感官法和透视法。感官法选择种蛋是采用看、摸、听、嗅等感觉器官来判断。先看蛋壳外观、蛋形是否正常，大小是否适中，蛋表面是否清洁等；摸就是用手触摸蛋壳表面是否粗糙等；听就是用两手各拿3个蛋，转动手指将蛋互相轻轻碰敲，听其声音，如有破裂或金属声，应剔除；嗅就是用鼻嗅蛋，有臭味者剔除。透视法是利用照蛋器等通过光线检验蛋壳、气室、蛋黄等，如有散黄、血丝、裂纹、霉点等情况，应剔除掉，不作种蛋用。