无论是旧塘还是新塘，都必须用药物清塘消毒，减少病害与病原体，为幼虾创造一个良好的环境，提高成活率。清塘药物有生石灰、巴豆、茶籽饼等。
（1）生石灰是目前最常用的清塘药物，操作方便，效果显著。生石灰清塘能使水呈微碱性，有利于浮游生物的生长和繁殖。此外，生石灰中含有大量的钙，而钙本身是绿色植物和动物不可缺少的营养元素，也是青虾生长、蜕壳所需物质。生石灰清塘有利于池底的透气性，加速有机物分解并释放出被淤泥吸附的氮、磷、钾元素，增加水体肥度，同时能加速池塘物质的矿物化，提高水体生产力。因此，有条件的地方最好使用生石灰清塘，而且要块状、较轻、不含杂质。如使用吸收水分的石灰起不到清塘除害的作用。
具体的操作方法是：池塘水深保持6~10厘米，并在塘底四周挖几个小坑，把石灰倒入水坑内。每亩使用75千克生石灰，加水化开之后，立即趁热向四周均匀泼洒。为了提高清塘效果，施放石灰后，要把塘底淤泥耘动一遍，使石灰浆和淤泥充分混合。第3天就可以灌满塘水。用生石灰清塘，一般经过7天，药性才会消失。因此，应在放虾前10天做好清塘工作。
（2）茶籽饼清塘。茶籽饼用量为每亩40~50千克（水深1米），可杀死各种野鱼，蛙卵，蝌蚪和螺类，但青虾对此忍耐力可高达好几倍，仍可正常生活。使用时，先将茶籽饼浸泡一昼夜，第二天连渣一起均匀泼洒全池。
（3）巴豆清塘。巴豆用量为每亩3~5千克（水深1米）。使用前先将巴豆捣碎加水浸泡一昼夜，再磨细，连渣一起全池泼洒。放药10天后即可放虾。