恶苗病主要以种子传病，应采用无病种子和播前种子处理为主的综合防治措施。
（1）选用无病种子：不要在病田及附近稻田留种，要选用健壮稻谷，剔除秕谷或受伤稻谷。
（2）种子消毒：播前用25％使百克（施保克）乳油3000倍药液浸种1～2天；或每6千克稻种用17％恶线清可湿性粉剂20克，对水8千克浸种60小时，取出稻种用清水冲洗后催芽，对恶苗病具有很好的防治效果。浸种前若能在晴天阳光下晒种1～2天，效果更好。
（3）处理病稻草：不能用病稻草作催芽或旱育秧的覆盖物。
