（1）选用抗病、耐病性强的品种，并健全留种制度是防病的经济有效措施。同时，要合理布局品种，并不断更新抗病品种。
（2）种子处理：稻种应从无病田或轻病田选留，带菌种子，特别是晚稻病种是苗叶瘟的初次侵染菌源之一，应进行种子消毒，可用500倍的强氯精水溶液浸种12小时后，用清水冲洗干净，再浸种或直接催芽；用2毫升的浸种灵，加水10千克，浸种6千克，浸2～3天后催芽播种或直接播种。
（3）加强栽培管理：播种适量，培育粗壮老健无病或轻病秧苗是防治苗叶瘟的关键。本田前期基肥要足，注意氮、磷、钾的配合，促使稻株老健、稻株生长平衡。在分蘖盛期前，及时搁田，可以增强植株抗病能力，控制叶瘟的发生和发展，从而减少药剂防治的面积。抽穗期灌脚板水，满足花期需要，灌浆期湿润灌溉，有利于后期青秆黄熟，减轻发病。病害常发地区和易发病田块应不施或慎施穗肥，以免加重发病，造成减产。
（4）药剂防治：稻瘟病常年流行地区，要采取抑制苗瘟、叶瘟和根治穗颈瘟的药剂防治策略。在水稻移栽时用750倍稻曲宁（用20％三环唑可湿性粉剂100克，对水70～80千克），浸秧3～5分钟，取出堆闷20～30分钟后移栽，基本上可以控制大田叶瘟，减少大田叶瘟发生面积和防治次数。药剂防治的重点是穗颈瘟，因其对稻米的产量及品质影响极大，若在破口期，天气预报有低温阴雨天气，必须立即施药防治。如果天气有利于病害继续发病，在灌浆期再喷施一次， 常用的药剂有：每亩75％三环唑粉剂20～30克；或40％富士1号（又名稻瘟灵）乳油或可湿性粉剂，每亩70毫升对水为500倍液喷雾；或40％多菌灵胶悬剂每亩100毫升；或2％春雷霉素水剂每亩75毫升。