水稻覆膜早作技术还存在一些问题有待进一步解决。
（1）生育期延长问题。同一品种在环境条件相近的情况下，覆膜旱作的全生育期往往比水栽水稻延长10～20天。这对全年的茬口安排及产量有一定影响，对于晚稻来说，如果旱作使生育期延长，可能会导致安全齐穗期不能抽穗而减产或绝收。研究发现，生育期延长主要与水分相对不足有关，当水分不足时，生长停滞，待水分补充或降雨后，重新开始生长，因此，要注意下旱时适当增加灌水次数。
（2）分蘖难以控制，成穗率偏低。覆膜旱作由于土壤、水、肥、气、热比较协调，根系发达，分蘖发生快、数量大，单穴茎蘖数最多可超过100个，够苗后，没有较好的办法控制分蘗，结果成穗率很低，一般只在50％以下，给高产高效栽培增加了难度。
（3）地膜的白色污染问题没有真正得到解决。收获后人工清除地膜不仅费工，而且也难收拾干净，长期使用会加重污染，有待降解膜批量生产及价格下降才能进行大面积推广。现在有的地方改薄膜为稻、麦草覆盖，每公顷盖草6吨，效果也很好，并且对保墒和改良土壤大有好处，各地不妨小面积试验后加以推广。
（4）栽插、追肥比较费工，并增加了薄膜成本。必须施药时因无水层，药效相对较差。