（1）播种前种子在55℃～60℃温水中浸种20分钟；也可以用药液浸种，40％甲醛150倍液浸种30分钟，或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时，或80％抗菌剂“402”2000倍液浸种2小时，然后用清水冲洗干净，催芽待播；药剂拌种，以干种子重量的0.2％～0.3％的敌克松，拌种或多菌灵拌种，或用每100克增产菌拌种1000克。
（2）与非同类作物进行5年以上的轮作，也可实行水旱田轮作。
（3）瓜田尽量选择中性或微碱性的沙壤土种植。土壤深翻晒垡，酸性土壤可施用消石灰或喷洒石灰水。有枯萎病史的田块，播前用五氯硝基苯、多菌灵、敌克松杀菌剂喷洒瓜沟或将药土施入播种穴，进行土壤消毒。育苗土应选用非菜地、非瓜田土，加肥料配成营养土，最好采用营养钵育苗，苗子成活率高。
（4）施足充分腐熟的优质有机肥作基肥，灌足底水，适时早播，应掌握幼苗期少浇水，生长期根据苗情采用细流浇灌，严禁大水漫灌、串灌，田间积水要及时排出。追施肥料切忌伤根，氮、磷钾肥应合理搭配或施瓜类专用肥，叶面喷施微量元素肥料能增强植株抗病性。合理整枝打杈，严防造成伤口过多，以减少土壤中病菌的侵入。
（5）发病初期可用药液灌根，用25％苯来特可湿性粉剂，或10％双效灵200倍液，或25％多菌灵可湿性粉剂400倍液，70％敌克松可湿性粉剂1000倍液，或70％甲基托布津可湿性粉剂1000～1500倍液，或40％瓜枯宁1000倍液，或60％百菌通可湿性粉剂400～500倍液，或抗菌素“120”200倍液，或用敌克松与面粉按1∶20配成糊状，涂于病株茎基部，有一定防病作用。