农业防治是指利用农业生产过程中的各种技术环节加以适当改进，创造有利于南瓜生长发育、不利于病虫害发生和为害的条件，从而避免病虫害的发生或减少为害，是进行无公害生产和丰产丰收的根本措施。农业防治最能体现“预防为主，综合防治”的植保方针，是综合防治的基础。其常用措施包括：
（1）选用抗病虫品种，提高种子质量。不同品种的南瓜对同一种病害或虫害的抵抗能力不同，通过选用抗病虫品种防治病虫，实质上是利用其本身遗传上的免疫力或抵抗能力来防治病虫，因而具有治本的作用，对于防治病虫害、生产无公害蔬菜产品具有明显的效果。在生产过程中要针对当地病虫害的发生规律、主要病害的类型，选用适合当地栽培的、具有较强抗病性的良种，最好选用高抗、多抗的优良品种。目前，各种主要蔬菜基本都培育出了具有抗一种或几种病害的品种，在生产上已产生了良好的效果。
同时，由于种子是病害重要传播途径，使用无病种子或脱毒无性繁殖材料，自然会收到良好的防治效果。所以要提高种子质量，使用无病种苗并建立无病留种田。无病留种田应给以最好的栽培管理，并要彻底做好病虫害防治工作。
（2）合理安排播期及轮作倒茬。合理安排播种期，避开病虫害出现的高峰期。通过提早或延缓播种期，使生长期错开病害、虫害为害的高峰期，同时要注意躲过病虫易发生的气候条件，从而避免或减轻病虫害的发生。改革耕作制度，合理轮作倒茬和间作套种。
轮作倒茬是南瓜无公害生产、防治病虫害的有力措施，尤其是对土传病害和单食性或寡食性害虫防治效果显著。对于病原物来讲，每种病原物都有一定的寄主范围，合理轮作换茬可以使病原物得不到寄主而数量减少直至消灭。此外，轮作倒茬还有调节地力、改变根群微生物种群的作用。因此，合理轮作倒茬能使植株生长健壮，发挥其对病虫害的抵抗能力。
翻耕土壤，合理耕作，消灭害虫和病原物。翻耕土壤可以直接消灭或减少土栖害虫及土传病害的病原物。深翻可以把残留在地表面的病残体、菌核、表层土壤中的害虫蛹等翻埋到土壤深层，促进病残体的分解腐烂，使潜伏在病残体内的越冬病原物加速死亡，使菌核不能萌发出土，使害虫蛹不能羽化出土。同时，翻耕土壤还可以把许多土壤中的害虫和病原物翻到地表面，使之暴露在不良的气候条件和天敌的侵袭下。
（3）科学地栽培管理。
其一，推广平衡施肥技术，科学合理地灌排水。土壤缺水，易使土壤中盐分增多，矿质元素的移动性降低，使蔬菜缺水的同时出现缺肥。而灌水过多或下雨后排水不畅出现积水，不仅直接影响土壤中病原菌、害虫的活动和扩散，而且会影响作物根系的呼吸，并增加菜田小气候的湿度，诱发和加重病虫害的发生，因而改变大水漫灌的浇水方式，推广滴灌、膜下暗灌、渗灌等浇水技术，也是防治病虫害的害的重措施。
其二，合理密植与植株调整。合理的密度是丰产丰收的保证，必须有合理的栽培密度，达到既有利于个体发育、又有利于群体生长。密度过稀，产量不能保证；密度过大，植株徒长，枝叶幼嫩，且有利于病原菌侵入和害虫为害。同时，还会造成植株间通风透光不好，湿度加大，诱发和加重一些病害的发生和发展。在甩蔓时要及时吊蔓，并去除老叶、病叶，以免造成叶片间互相遮荫。
其三，中耕除草，清洁田园。中耕可以改变田间小气候，使植株生长的环境得到改善，抑制病虫害的发生和为害。中耕消灭了田间杂草，也就随之消灭了在杂草上越冬的多种病虫。当田间出现中心病株、病叶时，应立即拔除或摘除，防止传染其他健康植株，这在设施栽培条件下更为重要。也可用药喷施中心病株及其周围的植株，对病害进行封锁控制，避免整个棚室内用药，以免空气湿度过大，又给病虫害的发生创造有利条件。
其四，适时采收，合理贮运。果实长成以后应及时采收，此时果形、果色、口感俱佳，如采收过迟，其对病害的抵抗能力下降迅速，容易受软腐细菌侵染而腐烂。在运输和贮藏过程中，应注意避免碰伤和压伤，贮藏要保持低温、通风、干燥的环境。