南瓜是雌雄异花授粉的植物，依靠蜜蜂、蝴蝶等昆虫媒介传播花粉而受精结果。人工授粉对提高南瓜的结果率极为有利。特别是在南方栽培南瓜，开花时期多在梅雨季节，湿度大、光照少、温度低，往往影响着南瓜授粉与结瓜造成僵蕾、僵果或化果。所以采取人工授粉的方法可以防治落花，提高坐果率。
人工授粉的具体做法是：一般南瓜花在凌晨开放，早晨4～6时授粉最好。所以人工授粉要选择晴天上午8时前进行。可采摘几朵开放旺盛的雄花，用蓬松的毛笔轻轻涂满开放雌花的柱头上。授粉以后，顺手摘张瓜叶覆盖，勿使雨水浸入，以提高授粉的效果。也有的将雄花摘除后，去掉花瓣直接套在雌花上，使花粉自行散落在雌花柱头上；或将雄蕊在雌花柱头上轻轻涂抹，这样也可达到人工授粉的目的。如遇阴雨天，则可把翌日欲开的雌花、雄花用发夹或细保险丝束住花冠，待次日雨停时，将花冠打开授粉，同样也用叶片覆盖授过粉的雌花。
此外，在南瓜上也可使用植物激素。用赤霉素喷洒可促进雄花提早出现。在南瓜长出3～4片真叶时，喷洒乙烯利2500倍稀释液，一般采用2.5升水加1毫升乙烯利原液，就可直接喷洒瓜苗，促使瓜苗雌花早开，幼瓜早结。