南瓜育苗分苗的优点是节约育苗床的面积，节省种子。同时分苗时可以调整大小苗的位置，使幼苗生长整齐，而且可使幼苗节间短，不易疯长。分苗要选在晴天进行，苗可分在钵内，也可分在营养土块中，苗间距以8～10厘米见方为宜。一边分苗，一边浇水，一边将覆盖物盖好，保证成活率。在分苗后的2～3天内，加强保温，促进早发根，夜间可加盖双层薄膜保暖。晴天中午如温度过高，可用草帘覆盖1～2小时，遮荫降温，防止子叶下垂。成活后逐步通风锻炼，培育壮苗。
当瓜苗长到3～4片真叶时，可进行蹲苗。蹲苗的目的是抑制幼苗徒长，促进根系发达，增强植株的抗性，并使之能逐步适应大田的栽培环境。方法是：在蹲苗前1天浇透水，土坨掌握在不散也不过湿为宜。第二天以幼苗为中心，用花铲或薄片刀将土坨切成7～9厘米见方的土块，切后放1天，然后按苗距10～12厘米排列好，并用细土将苗坨之间的空隙填满。一般蹲苗后7～10天即可定植。定植时，要求达到的壮苗标准是：地上部有3～4片真叶，株高10厘米或稍高，叶片深绿，茎秆粗壮，根系发达，布满土坨，无病、虫害。