魔芋的根为不定根组成。由种球茎顶端生出，形成肉质弦状不定根（主根），其上生出须根（侧根）及根毛，须根与弦状根基本成直角。
魔芋种球茎的顶芽萌发时，其基部（即种球茎的顶部）开始形成新球茎，所以这些弦状根也就集中在新球茎的颈部及肩部而形成浅根系。弦状根长约30厘米，最长可达1米，水平状分布于10厘米左右土壤表层。生长期中，根系不断代谢，老根枯死，新根继续发生，7月以后新根增长逐渐减少，8月中旬以后，根的生长显著减弱，球茎接近成熟时，弦状根首先衰退，从近球茎端转为褐色而枯萎并与球茎脱离。魔芋根系结构造成吸收力不强，这与其生长环境中森林下层水分来源丰富有关。此外，魔芋根内空气通道狭窄，土壤含水量、通气性和土温变化等对根的生长都有直接影响。