随着现代医学的形成和发展，医疗水平迅速提高的同时，也出现了一个新的问题，即药物并发性感染。它是由于抗生素及皮质激素和免疫抑制药等使用不当而引起的，临床上称为二重感染。
（1）难辨梭状芽胞杆菌感染：抗生素的广泛使用是引起难辨梭状芽胞杆菌感染的主要原因之一，该菌可产生一种使用肠黏膜局部造成小血管内凝血、血栓形成和血管壁破坏，并刺激黏膜分泌物增加，混同炎性细胞、纤维素等形成假膜性肠炎的抗生素有：β内酰胺类、复方磺胺甲恶唑、林可霉素、四环素及氯霉素。而近几年来以氨苄和羟氨苄西林、头孢菌素、林可霉素及克林霉素为主，其中克林霉素及林可霉素的发病率高达10%左右。
（2）真菌感染：近20年来真菌的发生率明显增高，医院内真菌感染率从20世纪70年代的0.005%逐年增高，至20世纪80年代后期已达0.08%。
在抗生素的使用过程中，要密切注意一些具有新耐药性的细菌或真菌可能诱发感染，如鹅口疮、肺念珠菌病和肠道念珠菌病等。若并用皮质激素类，可使感染恶化，并累及黏膜表面以外的部位，长期、多次被真菌毒素侵害而引起慢性中毒，会诱发肝癌。
使用皮质激素类易引起的真菌感染还包括肺曲霉菌病、隐珠菌病、孢子丝菌病及毛霉菌病。免疫抑制也可引起难以治疗的外阴及阴道念珠菌感染，其原因可能与这些药物诱发的假妊娠状态有关。
（3）葡萄球菌感染：治疗剂量的一切抗生素，对皮肤、肠道、上呼吸道及泌尿道的正常菌群都有显着的影响，对某种抗生素敏感的正常菌群受到抑制，耐药菌株则大量繁殖。长期使用广谱抗生素，可诱发葡萄球菌性腹泻及小肠结肠炎。
其他因抗生素的使用导致耐药性葡萄球菌的感染包括急性关节炎、骨髓炎、腮腺炎及败血症。另外，皮质激素和免疫抑制也可诱发葡萄球菌感染。
（4）链球菌和结核菌感染：使用皮质激素，其血液和组织链球菌感染率明显增高。长期应用皮质激素可使原来的结核病灶扩散恶化，并由于激素类药物能掩盖结核病症状，常难做出诊断，故对有结核病史的患者，应用激素时最好同时伍用抗结核药物。
（5）病毒感染：皮质激素可加重带状疱疹、单纯性疱疹、眼单纯性疱疹、水痘的病情，易使人患有脊髓灰质炎及间质性浆细胞肺炎。免疫抑制药环磷酰胺，可明显提高虫媒病毒、肠道病毒和疱疹病毒对动物的传染性和致病能力，对人可能也有这种不良作用。
（6）铜绿假单胞菌感染：由于广谱抗生素消灭了正常菌群中拮抗铜绿假单胞菌的细菌，干扰了维生素的代谢，并可削弱机体的抗病能力，因而成为绿脓杆菌感染的主要诱因。长期应用皮质激素和细胞抑制药均可降低机体免疫力，使患者对外部的侵袭缺乏免疫反应，特别是年老体弱、患有慢性消耗性疾病、营养不良、免疫功能缺陷者，应用这些药物致免疫功能受损更加严重，或成为铜绿假单胞菌的易感者。也会使厌氧菌感染的机会增加。