用小车、火车、船只进行联运，过去从未经历过。大批粮食运到，如何在短期内迅速装卸、转运，就成了大问题。我们的干部没有经验和专业知识，起初是“热情有余，科学不足”。从兖州运到济宁的2000万斤粮食要经运河南下，最初没有统一计划和周密安排，“开始是有船无粮运，随后是有粮无船运，最后是有粮无船拥挤不堪，卸不下车，装不上船。民工卸粮要等两天两夜，牛无草喂，人车露宿，街道阻塞，交通不便。”济宁地委及时总结经验，改进调度，从小车到兖州拉粮食就合理组织。事先经过联系和计算，确定火车的运载数量和到达时间，将任务分配给各县民工。每日火车到达兖州车站，由各县民工分头装卸指定的车皮。迅速卸粮装车，运往济宁。这样大大提高了效率，节省了不少人力物力。
11月10日后，韩庄、台儿庄的解放，使运河从济宁至台儿庄一段完全通航。船只运粮载重大，损耗小，远比小车效率高。但当时运河的情况比较复杂：敌人长期的摧残压榨、土匪抢劫造成船民的逃亡失散，不易征集船只；微山湖地区土匪的活动造成湖上的封锁状态；运河台儿庄至韩庄段有几道船闸，河道复杂，水流急，需要有经验的船工指引才能通过；新区船民对运粮有顾虑，怕用船搭浮桥，怕不给运费，因而逃避征用或藏匿船只。支前委员会根据具体情况，采取有效措施打消船工的顾虑。用运粮提成的办法给船工一定的收益，一面动员他们支援战争，一面又使其有利可图，调动了船工的积极性。政府将船只组织起来，派干部和部队武装押运，保证船只的安全。船只因大风或过船闸损坏，政府根据损失轻重予以补偿。一次装载400万斤粮食的船队因严寒被冻在湖中，政府对破冻损失的船只进行了赔偿。共产党的政策深得人心，大运河上舟楫往来，一片繁忙景象。战后统计，淮海战役期间共用船2841只，运粮2000万斤。每只船用4个船工，往返12天，可运粮4000至上万斤。而小车仅载300斤，两个民工运送往返需20天。相比之下，船运的高效率和优越性是非常明显的。
淮海战役开始后，形势发展之快超出原来的预料。战役第一阶段，华东野战军在徐州以东同时进行围歼黄百韬兵团和阻击徐州援敌的作战，中原野战军和华中、豫皖苏地方部队也前来参战，战斗空前激烈。对弹药和粮食的需求剧增。华东局于11月18日在济南召开干部会议，饶漱石在报告中号召华东党政军民紧急动员起来，向前线运送粮食弹药，保证作战的全胜。他强调：要及时迅速地把运输搞起来，保证弹药供给；把大量的粮食运上去，使我们战场上的指战员不要饿饭。他估计前方一个月作战大约需要1亿斤粮食，六个月就需要6亿斤。如何把这样多的粮食运到前方，是党和政府需要精心筹划组织的头等大事。
把粮食运到最前线，需要大量的民工来完成。饶漱石说：“要有足够的民夫，足够的担架，足够的挑子，使前面的伤员能够及时的运下来，使粮食运输到前面。过去的民夫我们临时动员的时间很短，现在必须动员更长时间的民夫。过去我们估计一个纵队500副担架，应付这样大的战役是不够用的，观在初步提出要800副。常备民夫大量增加，加上部队运动非常迅速，失去联络，军需不能及时，对部队影响很大。加上战斗很残酷，猛烈的炮火，天上的飞机，没有经过训练的民夫逃亡很多，因此按我们原有民工的数目，差不多加倍才够用。”他要求各华东解放区进行最大限度的动员，调集大量的干部、民工支援前线，后方要做好接收伤员、修复道路的工作，动员一切可能的力量支援战争。
11月20日，华东局发出紧急指示，要求各地紧急动员起来，完成下列任务：“1、一切后方机关十轮卡、六轮卡、道奇汽车应服从后勤司令部调动运输弹药及其他军需供给，以保证前线供给，2、抽调大批地方基干团及大批县区武装，补充主力，并保证扩军及归队任务的完成，使主力得到源源的补充。3、动员足够民工担架、小车、挑夫及民兵子弟兵团到前线服务。4、运输大批粮食供给前线，保证前线战士及民工不饿饭。5、抽调足够医院到前线接收伤员，予伤员尽可能的救护及照料。6、修筑铁路、公路，架电话线，保证运输及通讯及时。”晋冀鲁豫、豫皖苏、华中、华北解放区政府也进行了相应的动员，一个更大规模的支前热潮在山东，河北、河南、江苏、安徽五省广大地区开展起来。
淮海战役第一阶段的战斗完成后，华野部队未经休整即投入第二阶段作战，部队调动频繁。有的在徐州以南阻击杜聿明集团南下，有的在淮北阻击李延年兵团北上，有的参加围歼黄维兵团的战斗。紧张的战斗使部队一直处于运动之中，很少在一个地点停留上几天。杜聿明集团放弃徐州后，华野主力又急行军追赶逃敌。战局瞬息万变，后方粮食、弹药运输跟不上，出现了相当严重的情况。华野后勤部后来总结说：“当战役发起，我前线部队当即展开跟踪追击，后续粮库、担架一开始就跟不上了。特别是在第二阶段，部队迅速南进淮海，迎击李、刘兵团之际，即形成前、后方接不上气、找不到头的脱节现象。使前线弹药消耗、粮食补给、伤员后送上感受到了很大的限制和困难。而就战役总的进程来说，当第二阶段全期中，因战局几经变化，部队纵横转战，是后勤补给上最紧急、最忙乱的时期。”
粟陈张12月4日给军委的电报中说：杜聿明集团被华野围困于萧县以西，“战斗规模甚大。”要求华东军区“急运八二追击炮弹30万发，山炮弹5万发，炸药30万斤及七九步枪子弹两个基数到徐州大湖车站附近。”15日华野给刘陈邓和军委的报告中反映：“战役第一阶段之供应，因事先粮食布置均从战区在运东这一情况出发，华东粮食在临（城）沐（阳），山东粮食在临城以北。战役开始战局速移运西后，运不过来。江淮干部少，大部系新收复区及新区，又经敌人抢掠，开始就地筹措，但筹措有限，拮据万分。”当时中野、华野部队、随军转运民工共120万人，加上牲口和俘虏的消耗，每天需要粮食280万斤。华野后勤最大的转运站韩庄、窑湾兵站存粮有5000万斤，转运到前线需要时间和运力。附近江淮存粮不多，豫皖苏地区运力不足。华野后勤部的总结说：“战役发展迅速，调运粮食不及，后方粮食赶不上部队。敌迅速西逃，追击中随军之民工、挑子掉队，筹粮工作队未很好开展工作，加之该区连年灾荒，敌长期盘踞勒索。部队拥挤，筹粮政策掌握得不够，个别人发生了强派硬翻，将群众窖存的地瓜干子也吃光了，和逼死人的严重现象。个别部队每天吃一顿或两顿菜煮稀饭。到围歼碾庄之敌时，后续粮食才源源运到运河、窑湾、占城、士山之线。”粟陈张指出：要将战争进行下去，必须投入更大的力量，向前方运送粮食弹药。这时，后勤运输成了决定战役胜利的关键。
为了保证淮海战役第三阶段作战的胜利，华东局调动人力抢修兖州至徐州的津浦铁路，冀鲁豫军区抢修开封至徐州的陇海铁路。徐州军管会征集城里的公私车辆，为前方紧急运送粮食弹药，徐州刚刚解放，剩下的汽车主要是私营运输公司的车辆。征用汽车也不是容易的事情，华东支前委员会的干部回忆：“在开始组织时，抛弃了原有公会，不分车主和工人，统统采用集中管制，结果形成了他们的对抗与恐慌。有的竟开了小差，或将车故意弄坏，造成了极大的困难。后来转为利用原有公会，组织了公司，我们派干部分别掌握与进行教育，对工人主要进行以支前为主的阶级教育，开展立功运动，扭转了其对支前的怠工态度，才顺利的完成了任务。”为了保证私营运输公司出车运粮，支前委员会付了很高的运费。“在18天的时间中，共动员汽车257辆，除破旧外，参加运粮者共269辆。自徐州至萧县路程95华里，共运粮415万斤，解决了前方的粮食困难。”但要指出：“从运费上说，汽车运粮是最不经济的一种运输工具。但从前方急需用粮的情况来说。是保证了紧急情况下部队的粮食供应。除此情况，汽车运输是浪费过大。”
为了解决前方弹药的燃眉之急，徐州军管会清查了国民党军未能带走的库存，将缴获的弹药迅速运往前方。当时给华野的是各种炮弹53000发，子弹520万发，炸药10万斤，防毒面具7500个。给中野子弹120万发，炮弹3000发，汽油1000桶。这批军火为淮海战役第三阶段的胜利起了重要作用。
在后方粮食运输不继时，最有效的办法是在战区附近就地筹粮。淮海战役第一阶段后勤供应分工是山东负责北线部队，华中负责南线部队。据11月27日华中工委向华东局的报告，淮海地区已运送粮食2000万斤，江淮地区运送3500万斤。而负担南线部队和民工用粮，尚有1600万斤的缺口，需要就地筹借。到淮海战役第二阶段，山东粮食运输一时上不来，华中解放区的压力明显增加。为了确保战争供应，华中工委于12月13日召开紧急会议，研究粮食筹措问题。会后发市的《华中工委关于筹借公粮确保战争供应的决定》指出：“目前前线参战部队和民工已达一百数十万人，每月所需粮食在百万担以上；而战场又大部在新解放区，久经国民党掠夺，民穷财尽，困难就地取食，必须从数百里甚至千里以外（渤海、胶东、盐阜、苏中等产粮区）连续转运，才能满足前线供应。中间如稍有脱节，梢有疏忽，战争就会立刻直接受到影响。”
《决定》说：“目前供应线以华中距离较近，而战场主要是在华中地区，毫无疑问，拿出一切力量来保证前线的给养，应该是我华中党和人民当前最紧急也是最光荣而神圣的任务！但是目前华中存粮情况，离开前方需要相差很远，现在运送到前线的粮食加上运耗已有90余万担，冻河以前仍须继续抢运加工粮50万担，运出以后，江淮和第二、五、六专区就几乎不再有存粮。”华中工委研究了形势与任务后，“认为除号召各地组织力量积极在新区征收公粮，加强老区粮食保管、运输工作，减少损失，各后方机关部队尽量节约减省开支以外，必须在全华中范围内筹借100万担粮食，才能确保前线的供给和军事发展的需要。”
江淮地区饱受国民党摧残，部分地区又遭受自然灾害，要在短时期内筹措100万担粮食，绝非易事。华中工委要求各地干部搞好动员工作，同时根据实际情况合理负担，使群众的总负担率不超过30%。在动员宣传时要让老百姓了解目前形势，“把前线将士如何忍饥耐劳浴血苦战告诉他们，把战区群众如何在国民党严重掠夺之后，还在继续借出粮食供给解放军作战讲给他们听；把山东人民如何交出细粮，自己吃粗粮甚至吃山芋叶子，忍受一切物质上的痛苦来支援前线，讲给他们听。”只要把情况说清楚，群众是会踊跃借粮给部队的。华中工委发出号召：“咬紧牙关忍受一时的痛苦，拿出一把力争取全华中人民的彻底解放！”在各级组织领导下，华中解放区迅速征集了上千万斤粮食，运往永城地区前线。
在新区借粮，要比老区困难得多。在群众情绪不稳，对我军不了解的情况下，必须灵活掌握政策，采取适当的办法。起初个别部队在新区借粮，自行划分地主富农，叫民兵去运粮。结果只搞到3000斤，就引起当地群众恐慌。上级及时制止了这种搞法，指出：“必须要很好地动员教育群众。尤其是因为任务急，地区生，干部少，容易忽视教育，而采取简单化的办法硬摊、硬派、硬借，或封粮扒粮，或押人、打人，因为这些办法，其结果只能引起群众的恐慌，加深群众的顾虑，破坏我党的影响。假如予群众以形势教育，打破变天思想；以政策教育打破各种顾虑，认为公平合理。对地富个别户则召开单独会议，使群众能认识我之政策，自动地踊跃交粮。”在萧县、永城地区，支前委员会调动了支前干部、民工、部队到各村宣传借粮，并利用原有的保甲长协助工作，短短五天内就借粮300万斤。
到12月17日，淮海战役第二阶段作战胜利结束。黄维兵团被歼灭，杜聿明集团被包围。我军进入休整阶段。粟裕、陈士榘、钟期光、张震以部队连续作战，日夜不停，经常吃不到油盐，甚为疲劳。建议华东局组织慰问，让指战员每人能分到香烟5包，猪肉半斤，举行会餐，恢复体力。他们电告中央军委，周恩来代军委复电说：“粟陈钟张所提，亟应照准。兹由军委决定，凡我华东、中原参战部队，前线人员，一律慰劳以每人猪肉1斤，香烟5包，凡不吸香烟者，得以其他等价的物品代替。此项款物由华东、中原两军区按所属范围分担。”华野、中野后勤部门立即落实中央军委的指示，决定中野所需由豫皖苏分区负责，华野所需由山东购买两批。第一批猪肉39万斤很快在1949年新年时运到，发给各部队。油盐和纸烟也陆续送到，让前线战士在战壕里过了一个愉快的新年。