自相：阿赖耶识的自相是上述因果二相的统一。在法相唯识宗看来，第八阿赖耶识的种子和前七识的现行是互为因果的。阿赖耶识由前七识的杂染熏习而构成种子，这里熏习为因，种子为果；阿赖耶识的种子又能生起前七识的杂染现行，这里种子便成为因，现行即为果；这种连续不断、互为因果的识体，被有情执为“内我”，即是阿赖耶识的自相：“谓与杂染互为缘故，有情执为自内我故。”阿赖耶识的自相细说又有三义：其一为“能藏”，意谓阿赖耶识能摄藏诸法一切种子；其二为“所藏”，意谓阿赖耶识为诸法一切种子的所藏之处；其三为“执藏”，意谓阿赖耶识原非自我而是识的流转，但被第七识恒常地执为自我。由于阿赖耶识具有上述能藏、所藏、执藏三义，故又称“藏识”。法相唯识宗认为，阿赖耶识是世界万法的本源，也是轮回果报的精神主体和由世间证得涅盘的依据。《成唯识论》引《唯识三十颂》说：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅盘证得。”法相唯识宗进一步认为，识为“能变”，万法为“所变”。以上三类八识，又可归结为“三能变”第八阿赖耶识为“异熟”能变，第七末那识为“思量”能变，前六识为“了境”能变。法相唯识宗认为，世界万法即由这“能变”的八识的作用而存在和变化，“由假说我法，有种种相转，彼依识所变；此能变唯三，谓异熟、思量，及了别境识”。为了更好地说明“万法唯识”的道理，法相唯识宗又提出了“种子说”。
２．种子说
种子是一种譬喻，法相唯识宗以植物的种子能生相应的结果来譬喻阿赖耶识中蕴藏有变现世界诸法的潜在功能，并以此说明世界万法的差别性。他们认为，阿赖耶识是一切现象的总根源，世界万法都是由阿赖耶识所变现，现象之所以千差万别，就在于阿赖耶识中藏有种种性质不同的种子，相应的变现不同的万法。《成唯识论》卷二云：“何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别。”阿赖耶识中各种不同的能够亲生与自己相应的果报的功能，即谓种子。
种子是产生万法的潜能，种子发生作用，显现万法，叫做现行。这就是说，所谓的万法只不过是阿赖耶识中的种子的外现，因此，万法的存在离不开阿赖耶识。
关于种子之义，据《成唯识论》卷二，略说有六种：一是刹那灭，意谓体才生，无间即灭；二是果俱有，意谓与所生现行果法，俱现和合，同时而有；三是恒随转，意谓要长时一类相续，至究竟位，无有转易间断；四是性决定，意谓随因力生善恶等功能决定，即善因生善果，不生恶果，恶因生恶果，不生善果；五是待众缘，意谓此要待自众缘合，功能殊胜，若无众缘，种子不能“自然”顿生万法；六是引自果，意谓于别别色心等果，各各引生，即色法种子引生色法之果，心法种子引生心法之果，色心等法皆只能由各自的因引生各自的果。法相唯识宗认为，只有兼具上述六义，方成种子。能兼具者，唯阿赖耶识中能变现万法的潜能，至于外在的谷麦等种，并非真实的种子：“唯本识中功能差别，具斯六义，成种非余。外谷麦等，识所变故，假立种名，非实种子。”种子就其善恶性质而言，可分为有漏（染污）种子和无漏（清净）种子两大类，分别为世间诸法和出世间诸法之因。有漏种子起作用时，令众生流转生死，轮回不息；当阿赖耶识转染成净，有漏种子被净化，无漏种子起作用时，就能令众生还灭而证得涅盘。种子就其生境作用而言，又可分为共相种子和自相种子两类。共相种子指那些产生山河大地等人们共同依存的客观环境的种子，自相种子则指那些决定个体自性差异的种子。若就种子的来源而言，则种子又分为本有和始起两大类。本有种子指“无始来”先天本来就有的种子；始起种子指后天由于前七识的现行熏习而有的种子，故又名“习所成种”。法相唯识宗认为，这两类种子都需要熏习，即使是本有种子，也要经过熏习才能不断地有所增长。
什么叫熏习？“熏者，发也，或由致也。习者，生也，近也，数也。即发致果于本识内，令种子生，近令生长故。”熏习就是前七识的现行对第八阿赖耶识连续熏染的影响作用。因此，熏习又分能熏（前七识现行）和所熏（第八阿赖耶识）两个方面，“所熏能熏各具四义，令种生长”。所熏四义为：一坚住性，谓始终一类相续，能持习气；二无记性，谓无善无恶，无所违逆，能容习气；三可熏性，谓独立自在，性非坚密，能受习气；四与能熏共和合性，即与能熏同时同处，不即不离。唯有阿赖耶识具有上述四义，故唯有阿赖耶识是所熏。
能熏四义为：一有生灭，谓非恒常，能有作用，生长习气；二有胜用，谓有强盛的生灭功能，能引习气；三有增减，谓可增可减，摄植习气；四与所熏和合而转，谓与所熏同时同处，不即不离。上述四义，唯前七识具有，故前七识为能熏。“如是，能熏与所熏识，俱生俱灭，熏习义成，令所熏中种子生长……故名熏习。”阿赖耶识中的种子只是生起万法起决定作用的“因”，另外还得有“缘”，法相唯识宗在种子说的基础上提出的“缘生论”共有四缘，即因缘、等无间缘、所缘缘和增上缘。“因缘”是指直接产生自果的内在原因，包括种子和现行（现行能生种子，种子则既能生种子，又能生现行），此缘适用于物质的和精神的一切现象；“等无间缘”是说前念不断地让位于后念，在前念灭与后念生之间无任何间隔，此缘适用于精神现象；“所缘缘”，谓以所缘境为依托，实际上是指认识的一切对象，法相唯识宗特别强调，这种认识对象是心识所“挟带”的，所缘境只是能缘心“似所缘之相”，并非真有离识之外境；“增上缘”，这是指起辅助作用的缘，“顺”的助缘帮助成功，“违”的助缘阻碍成功。以上四缘中，最基本、最重要的是因缘，它强调的是法相唯识宗所坚持的阿赖耶识中的种子变现万法的唯识观点。
３．四分说
四分说是法相唯识宗从认识的发生和过程等方面对“八识”的认识功能和作用所作的分析说明，并以此进一步论证了“唯识无境”的基本思想。法相唯识宗认为，认识发生的时候，要有认识的主体和认识的对象两个方面，认识的主体为“能缘”，认识的对象为“所缘”，认识活动就是“能缘”缘虑“所缘”；作为认识对象的所缘之境并非离识而存在，而是“唯识所变”，因此，认识活动的过程其实是八识自己认识自己所变现的形相的过程，而对这认识活动进行证知的能力或作用也同样并不超出“识”的活动范围；这就是四分说所表达的主要思想。
四分说的“分”，指的是“作用的分限”，四分，即四种作用的分限，其具体内容是：
第一为“相分”，指八识所缘的境，即认识的对象。法相唯识宗认为，八识的所缘之境均是相应的八识变现出来的。八识的每一识体，都既有“能缘”的一面，又有“所缘”的一面，“所缘”即为“相分”。八识的相分各不相同，眼、耳、鼻、舌、身等前五识的相分分别是色、声、香、味、触等五尘，它们是“如外现”的“内色”，是“似所缘相”；第六意识的相分为“法尘”它包括了五尘在内的一切认识对象；第七末那识的相分，乃是第七识执着第八识而变现的似我的“相分”；第八阿赖耶识的相分有三个部分：其一为种子，种子本为第八识所藏而非第八识所变，但第八识的见分以种子为认识对象，故把种子也列为相分；其二为根身，指主体世界；其三为器界，指客观世界。
第二为“见分”，指八识的缘境能力或作用。法相唯识宗认为，八识的自体生起时，一方面变现“似外境”的相分，另一方面又具有“缘虑”、“了别”这些相分的功能，这就是“见分”。所谓的认识活动，就是“能缘”缘虑“所缘”，亦即识体自身的“见分”去缘虑自身的“相分”，或者说，是识体自身的“相分”引起自身的“见分”。
第三为“自证分”，这说的是相分、见分能够证知自己有认识活动的“识体”，它是见分和相分的共同所依，也是“见分”的见证者，见分的结果，要由“自证分”来证知。《成唯识论》卷二：“然心心所，一一生时，以理推徵，各有三分，所量、能量、量果别故，相、见必有所依体故。”如度量事物，既要有能量（见分）作为尺度，又要有所量（相分）作为对象，更应该有量果以得知大小长短，量果即是“自证分”。
第四为“证自证分”，这是指对“自证分”的再证知，亦作为证知“自证分”的量果。按照法相唯识宗的观点，为证知见分，立自证分；为证知自证分，立证自证分。倘若无“证自证分”，自证分缘境时就没有“量果”了。那么又由谁来证知“证自证分”呢？由“自证分”。这就是说，第三、第四两分可以互证，因而不需再立第五分了。
在上述四分中，前二分被认为是“外二分”，后二分被认为是“内二分”。其实，内二分是由外二分“以理推徵”而来，外二分是四分说的基础。四分说的根本目的还是在于论证并确立境依识起、唯识无境的基本观点。
法相唯识宗的四分说继承的是护法的观点，在古印度瑜伽行派中还有其他不同的说法，所谓“安难陈护，一二三四”，即是说：安慧主张“自证一分说”，认为相、见二分“遍计无体”，是虚幻的存在，唯有自证分“依他实体”，才是相对的实在；难陀主张见、相二分说；陈那认为见、相二分应有其所依的“自体”，故立见、相、自证“三分说”；护法则在三分说的基础上提出了“证自证分”，主张四分说。不管是一二，还是三四，其所说明的都是“唯识无境”。
４．转依说
转依是法相唯识宗依据唯识的理论和三性三无性的学说而提出的全部修习的最高目标，意为彻底转变我执、法执之二障，以证得涅盘、菩提之二果。
转，即转变、转化；依，谓依持。所依，指染净法共同依持的阿赖耶识；转依即是通过宗教修习，使阿赖耶识中染污的有漏种子不断减弱消失，清净的无漏种子不断增强滋长，最终转“染”成“净”，转“识”成“智”，杂染的阿赖耶识转变成清净的智慧，世间即转化为出世间，众生也即成佛了。因此，转依在法相唯识宗这里实际上是“解脱”的别名。《成唯识论》卷九说：“依谓所依，即依他起，与染净法为所依故。染谓虚妄，遍计所执；净谓真实，圆成实性。转谓二分：转舍，转得。由数修习无分别智，断本识中二障粗重，故能转舍依他起上遍计所执，及能转得依他起中圆成实性。由转烦恼（障）得大涅盘，转所知障证无上觉。
成立唯识，意为有情证得如斯二转依果。”法相唯识宗认为，阿赖耶识中有染、净两类种子，分别为世间诸法和出世间诸法之因。众生之所以沦于生死，不得解脱，就在于把缘起的现象执为实我、实法而有种种烦恼，以“我执”为首的诸烦恼能障涅盘，称“烦恼障”；以“法执”为首的诸烦恼能障菩提（觉悟），称“所知障”。若通过修习而断灭二障及其种子，就能于依他起（缘起的现象）上“转舍”对实我、实法的执着（遍计所执），“转得”圆成实性，从而得到解脱，这就是“转依”。实现转依，获得解脱，这是法相唯识宗成立唯识说的根本目标。
法相唯识宗有时也直接从对“唯识真如”的迷与悟来说明由生死到涅盘的转依。《成唯识论》中说：“依即是唯识真如，生死涅盘之所依故，愚夫颠倒，迷此真如，故无始来，受生死苦；圣者离倒，悟此真如，便得涅盘，毕竟安乐。由数修习无分别智，断本识中二障粗重，故能转灭依如生死，及能转证依如涅盘，此即真如离杂染性。如虽性净，而相杂染，故离染时，假说新净，即此新净，说为转依。”如何实现转依？法相唯识宗认为是通过阿赖耶识中的种子的消长生灭来实现的：转舍烦恼障种子即转得涅盘果；转舍所知障种子，即转得菩提果。为了说明这种转依，法相唯识宗提出了种子和现行互为因果的熏习理论。他们认为，阿赖耶识中染污的有漏种子和清净的无漏种子能生起前七识的种种现行，而前七识的现行又会反过来对阿赖耶识产生持续的熏染作用，使阿赖耶识中的种子不断生长。通过种子和现行互为因果的熏习，就有可能实现转染成净、转识成智的解脱。