在日本人暗中支持下，1884年12月，朝鲜发生“甲申政变”。亲日派的金玉均等人在日本兵的帮助下打入皇宫，劫持国王李熙，并准备另立幼主。在没有得到李鸿章命令的情况下，驻朝鲜的几位清军事将领商量对策。在袁世凯提议下，清军迅速采取行动。袁世凯带领朝军和清军在三天之内打败日军，平定政变，李熙又回到王位。袁世凯在此次行动中的出色表现，开始受到李鸿章的重视。“甲申事变”之后，袁世凯向李鸿章建议说，应该抓住时机稳稳地控制朝鲜。具体办法是对朝鲜设立“监国”，并派重兵进入朝鲜，然后再和日本谈判。袁还指出：日本并不比中国强，它敢于如此嚣张是因为知道清政府懦弱，不敢开战。如果我们强硬，日本就不敢造次。事情果然让袁世凯说对了，日本人要求朝鲜赔偿损失。当时，和法国开战的福建水师在马尾全军覆没，李鸿章和清政府对于朝鲜问题并没有及时打击日本嚣张气焰，而是息事宁人，任由朝鲜和日本签订了对日本赔礼的条约。
李鸿章的一味忍让并没有换取与日本帝国主义的和平共处，反而大大激起了他们的狂妄野心，李鸿章的忍让让他们感觉到清政府的软弱无能和害怕打仗的弱点，于是在1885年2月派出伊藤博文来到中国，专门和李鸿章进行朝鲜问题的谈判。在谈判中，李鸿章同意：如果朝鲜发生事变，中日双方如若派兵到朝鲜，一定要照会对方政府。这样谈判的结果，一方面是中国允许日本可以在朝鲜事变时派兵到朝鲜，另一方面是中国失去了只有宗主国才应有的派兵特权。伊藤博文为日本了解中国对朝军事动向找到了最好的机会，为日本侵略中国做好了埋伏。在和伊藤博文的交往中，李鸿章感到伊藤博文并非等闲之辈，中国防范日本侵略十分必要。但是李鸿章没有预想到在以后和日本的交往中，日本的狡诈多变远甚于西方列强。这种耽于忍让的错误认识与行为，实在是李鸿章“一生事业扫地无余”的源头，它把李鸿章一次次逼进了人生的绝地。
1885年4月，李鸿章和伊藤博文签订了《天津条约》。条款大意是：“朝鲜再不是中国的附属国，中日共管朝鲜大事”。这样日本就获得了随时向朝鲜派兵的特权。此后，李鸿章把袁世凯派到朝鲜，加强对朝鲜的控制。袁世凯不负众望，把朝鲜的政治局面控制得很牢，并在经济上给予朝鲜很多帮助。
1889年，美、德、俄等国先后与日本签订新约，放弃对日本的特权。1890年，英国也同意废止英国在日本的领事裁判权。这时候的日本，经济发展很快，已经成为新兴的资本主义国家。它就要同列强一起，来争夺中国这块肥肉了。
甲午战争一触即发
1894年，即阴历甲午年，在李鸿章的政治生涯中，是一个带有灾难性的年头。日本利用朝鲜问题，把缺乏警觉的李鸿章拖进了预设的战争陷阱。
甲午战争并不是偶发事件，而是日本资本主义发展的必然结果。当时日本大体上确立了以军事工业和轻工业为主体的经济基础，并完成了针对中国的扩军备战计划；国内阶级矛盾日益尖锐，政潮迭起，局势不稳。为了维持自身的统治地位和满足地主资产阶级对外扩张的需要，伊藤博文内阁走上了发动侵华战争的道路。
正当日本加紧准备侵华战争的时候，清朝统治层却正在忙于内部权力之争。1889年，光绪年届十九，并已完婚，按照清朝惯例，已经成人，慈禧觉得不便继续“训政”，只得宣布“撤帘归政”，由光绪“亲政”。所谓“亲政”和“训政”的不同处，只是光绪先看奏折，然后再请慈禧懿旨。1894年是慈禧六十大寿之年。慈禧一心举办盛大庆典，借以满足个人虚荣心和扩大后党权势。从年初开始，慈禧就指派首席军机大臣世铎等“总办万寿庆典”，广征献纳，肆意挥霍，准备在生日那天，在颐和园接受百官朝贺，然后回宫。自颐和园到西华门，沿路搭建龙棚、龙楼、经棚、戏台、牌楼、亭座及点设其他景物，“以昭敬慎，而壮观瞻”。她还“殊恩特沛”，用加官晋爵的办法，笼络亲贵和文武大臣，封奕劻为庆亲王，赐李鸿章三眼花翎，以下赏赐有加。慈禧的举措，理所当然地引起了帝党的不满。及至日本入侵朝鲜之后，帝后党争就因外交问题而日趋复杂和激化。
1894年3月，朝鲜南部爆发了“东学党”起义，朝鲜统治者极为恐慌，请中国出兵助剿起义军。日本政府认为这是发动侵略战争的好机会。为了诱使清政府出兵干涉，以制造侵略借口，便通过日本驻朝使馆翻译官郑永邦向袁世凯表示：“如果清朝出兵干息朝鲜内乱，日本一定不会干涉。”这使得袁世凯坚信日本不会派兵干涉，从而一再致电李鸿章迅速派兵援朝。
6月4日，李鸿章又接到朝鲜政府关于“酌派数队，速来代剿”的请求。于是李鸿章决定派直隶提督叶志超、太原镇总兵聂士成统兵1600人进驻朝鲜汉城以南的牙山，会同朝鲜政府镇压“东学党”起义，并按照1885年中日《天津条约》由驻日公使汪凤藻通知日本关于中国出兵朝鲜的消息。日本政府见清政府已出兵，便以“保护”日本使馆和侨民为名，命第五师团大举进入朝鲜，并于6月10日占领了汉城。袁世凯针对日本同时派兵入朝的异常情况，电告李鸿章拿主意。这时李鸿章也看不出日本侵略的最终目的，寄希望于外交上解决，一厢情愿地避战求和，在军事上防备考虑不充分。朝鲜“东学党”起义被镇压后，李鸿章以“韩乱”已经平息，向日本提出中日同时撤兵。日本非但不允许，反而继续增兵，一月之内派到朝鲜的军队达万余人，企图发动侵略战争的阴谋已昭然若揭。李鸿章知日本居心叵测，只好一面电告中国驻朝军队：“日内外俱备，我备未齐，不宜先露心机。”一面紧张地进行外交活动，幻想西方列强尤其是英、俄等国出面调停，促使日本撤兵。日本则以默许英、俄等国的在华利益为条件，换取了列强各国在中日两国冲突中采取有利于日本的“中立”立场。李鸿章的外交活动宣告失败。
中日军队在朝鲜对峙，战争一触即发。7月12日，叶志超致电李鸿章请示是进还是退，并提出了上中下三个对策：上策为增加军队，准备同日本作战；中策为自动撤兵，下策为坐守绝地。同时，李鸿章上奏朝廷，建议采取叶志超的中策，撤后，行文各国公使并日廷，申前次同撤之约，如彼不依，秋初再图大举。但“亲政”不久的年轻皇帝光绪力图有所作为，不同意李鸿章的建议，决定采取叶志超的上策，援兵朝鲜同日本作战，并于7月14日下谕令：“现在事机紧迫，着李鸿章速为筹备，先派一军由陆路前往边境驻扎，以待出发。”
李鸿章奉旨后，十分犹豫，电请养病在家的刘铭传“督办朝鲜军务”，刘铭传托病不出。此时光绪帝对李鸿章的迟疑态度极为恼火，于7月16日又下了一道严谕：“责令李鸿章不可畏缩不出派，否则如果耽误战机，定治罪于他。”
李鸿章受到严斥，被迫无奈只好匆忙着手部署，分别由天津、旅顺、奉天等地抽调总兵卫汝贵、左宝贵、记名提督马玉昆、副都统丰升阿等军14000余人，取道辽东过鸭绿江进军朝鲜平壤，另由天津抽调仁军、北塘兵2000余人，取海道进援牙山，并派北洋舰队的济远、广乙、威远3舰护航。7月25日，日本联合舰队在丰岛海面偷袭中国护航的海军船只，并击沉运兵船高升号，不宣而战。28日夜，日本陆军又偷袭牙山清军，在成欢接仗，清军大败。8月1日，光绪皇帝正式颁布宣战上谕，甲午中日战争于是全面爆发。
被割走的国土
从甲午中日战争总体看，日本精心策划，采取战略进攻态度，相反地，清政府是被迫应战，事前缺乏充分准备，事后也没有制定合乎实际的战略计划，完全处于战略防御地位。这决定了清政府以后所采取的一系列方针以及北洋海军逐步走向全军覆没的结果。
制定、实施“保船制敌”方针直接导致了平壤战役的大败。早在中日宣战之前，日本战时大本营就已经制定好入侵中国的战略方针：以主力在渤海湾登陆，于直隶平原同清军主力决战，夺取北京。而在清军方面，事先并没有一个明确的战略方针，直到正式宣战，清政府才在宣战诏书中，提出一个海守陆攻的战略方针：“着李鸿章严饬派出各军，迅速进剿，厚集雄师，继续进发，以拯韩民于涂炭，并着沿江、沿海各将军，督抚及统兵大臣，整饬戎行，遇有倭人轮船驶入各口，即行迎头痛击，悉数歼除。”根据这一方针，清政府决定再增调陆军赴朝，先在平壤集中，然后南下驱逐入朝日军，以海军各舰队分守各自防区内的海口，北洋舰队即游弋于黄海北部，扼守渤海海峡，策应入朝清军，并确保京都门户的安全。
不久，日军得知大批清军将于平壤集中南下，决定命第三师团赴朝，与第五师团合编为第一军，北攻平壤，先占领朝鲜全境，作为进攻中国的桥头堡。命联合舰队“从海上接应陆军，使其完成进击平壤之功”。根据这一部署，日本联合舰队放弃同北洋舰队决战，改用牵制北洋舰队的办法，控制仁川、大同北口，阻止清军从海道增援朝鲜，以策应日本陆军北攻平壤。
丰岛海战之前，李鸿章十分重视控制仁川、大同江口，但丰岛海战后，李鸿章慑于日本舰队的威力，不仅主动命丁汝昌将舰船撤回，而且每当丁汝昌率舰队往巡，总告诫他，无论发生什么情况，以保全船为主。中日双方正式宣战后，李鸿章既害怕舰队远出有失，又怕敌军舰队突然闯入北洋各口。1894年8月9日，丁汝昌奉命率10舰赴朝鲜海面巡击，但日本联合舰队不与他作战，而是驶进威海、旅顺港口，假装要攻击，实际目的是要北洋舰队回航，把制海权让给他们。而此时，光绪皇帝获悉日本舰队深入威海、旅顺一带活动之后，担心他们会入侵大沽口，于是于8月23日电谕丁汝昌，要他在大沽门户附近巡航，不得远巡。这样，拱手将仁川、大同江口的制海权让给了日本。
因丁汝昌受李鸿章“保全坚船”的束缚，多次出巡无功，引起朝野不满，光绪皇帝于8月26日将其革职，为此，李鸿章上奏为丁汝昌辩护，并乘机正式提出“保船制敌”的作战方针。从此以后，“保船制敌”就成为北洋海军对敌作战的基本方针。按照这一方针，主动放弃与日本海军争夺黄海制海权，而退守“北洋各口”，不出渤海一步。这使日军得以从海上顺利地应援侵朝陆军。
1894年9月15日，日军对平壤发动总攻，当夜攻占平壤。19日，李鸿章电告叶志超驻守义州，三天后，又令其全线撤回，退出鸭绿江，日军随即占领了朝鲜全境。
在平壤战役前夕，李鸿章为了及时增援平壤，决定将驻防大连一带的总兵刘盛休所部铭军8营4000人，由海道运至大东沟，然后转由陆路开赴朝鲜，并命丁汝昌率北洋舰队护航。1894年9月17日，北洋水师11舰护送增援平壤守军开抵鸭绿江口大东沟登陆后准备返航。途中遇到12艘悬挂美国国旗的军舰。突然，12艘船舰上的美国国旗全部换成日本旗帜，向北洋军舰发动袭击。中国军队奋起还击。双方激战了5小时，北洋舰队损失惨重：5舰被击沉，6舰负伤，死伤官兵千余人。日军有5舰受到重创，死伤600余人，并先行撤离战场，北洋水师也返回旅顺。至此黄海大战结束。
水陆两线作战清军全部溃败，一时议和舆论甚嚣尘上。慈禧令户部尚书翁同龢到天津同李鸿章商谈和战之事。翁同龢是当时主战派的领袖，见到李鸿章后严厉责问其为何迟迟不肯发兵，以致贻误战机！李鸿章怒目而视，冷笑道：“翁师傅主管户部，平时向您要经费时总遇冷脸，事到临头才来责问。我倒想问问您，那几条军舰能靠得住么？”翁同龢反问道：“为臣者本应尽职尽责，为何不再向朝廷请求？”李鸿章答曰：“朝廷疑我飞扬跋扈，大臣弹劾我贪财舞弊，我若继续索要经费，今天还有李鸿章么？”翁同龢争他不过，把话题引到战局问题：“东北乃龙兴之地，如果失守如何是好？”李鸿章坦白道：“奉天军队实靠不住，我鞭长莫及，东北防务一点把握都没有。”半个月后，辽东半岛沦陷，奉天危急！