10月26日又开谈判。葛尔西耶继续为迫害华工进行辩解，同时还要到北京呈送国书，想借助各国公使的力量迫使清政府就范。李鸿章拿出了华工《诉苦公禀》原件，葛尔西耶不得不在事实面前低下头来。随后，李鸿章又说：“汝国凌虐华工，我大皇帝久有所闻，亦必不喜尔递国书。”这有力地打击了葛尔西耶的企图。后来他告诉李鸿章，秘鲁与日本订约也不过7个月，所以也想与中国尽快签订条约。李鸿章反驳道：“汝来中国即耽搁三年，恐仍议约不成。”因为“拐去华人10万之多……交涉三年如何说得清楚。”这杀了葛尔西耶个措手不及，无言
以对。
此后的数次谈判中，双方仍是争执不下。李鸿章告诉他中国的原则是先订立保护华工章程，由中国派员赴秘调查，然后再订约。但葛尔西耶对此积极的建议置之不理，拒绝送回被害华工。他扬言：对华工“保护不保护，全系立约不立约，欲得一言，以定行止。”他还以回国断交来威胁清政府同意签约，而李鸿章还是坚决不予让步。葛尔西耶在天津待了两个月，根本无法达到目的，他抱怨天津是“不好的地方”，便前往北京。但总理衙门仍让他回到天津与李鸿章继续谈判。葛尔西耶请来英国威妥玛、梅辉立、美国的施博和法国的林椿等各国公使和领事来调停。这些人表面上好像是中立的，实际上却是向着秘鲁一方的。
英国公使威妥玛让梅辉立来天津转告李鸿章：秘鲁不远万里遣使来与中国谈判订约，“若中国置之不理，必为各国所轻视”，催促他尽快签订条约，而且“毋庸请用御宝，亦毋庸定期互换”。李鸿章认为这是私订条约的事，坚决不答应，说：“此层实难遽（jù）允。”他对英国公使袒护秘鲁一方很是不满，对着梅辉就把威妥玛批了一通，还让梅辉立转告威妥玛，“若必强中国以难行，万万不能从命”。
1874年5月，葛尔西耶又回到了天津，重新谈判。
李鸿章十分清楚这次谈判的重要意义，知道自己担负着华工今后的命运，只能竭尽全力为他们争取权利。他在重大问题上“逐层辩论”、“再三驳改”，终于签订了《查办章程草案》，在华工的保护问题上取得了一定成果。
之后，葛尔西耶提出了条约的草稿，共51条，说要按国际习惯签订条约，态度很强硬。李鸿章也不示弱，也针对性地提出20条，这回葛尔西耶还是反对，双方都坚决不让步，谈判毫无进展。后来李鸿章考虑到如果不尽快达成协议，“在彼华人十多万人不免更受毒害”，总理衙门也示意可作一些让步。最后，李鸿章依国际法与葛尔西耶就通商条约19款和已经订立的查办专条进行磋商，在双方都作出让步的前提下，于1874年6月26日签订了保护华工的《中秘查办华工专条》和《中秘友好通商条约》19款。
条约使得华工有了一定的法律保障。为了彻底解决贩卖华工和迫害华工的问题，李鸿章与葛尔西耶“反复争论，几乎舌敝唇焦至往复数十次”，终于有了令人较满意的结果，他一边向朝廷奏报，一边等着中秘建交，准备在第二年正式签约。
李鸿章接下来要解决秘鲁、古巴华工悲惨处境的问题了。年底，陈兰彬、容闳分别提交了古巴、秘鲁华工情况的调查报告。早在中秘谈判时，李鸿章已派遣容闳秘密赴秘鲁调查。这次调查取回了呈词、照片、口供以及证人，全部都显示华工的待遇比黑人更加悲惨，他们被卖开山、糖寮、种蔗和鸟粪岛等处，许多人还没有到合同年限就被打死或自尽，或是投入火炉、糖锅而死。血淋淋的事实证实秘鲁根本不执行
条约。
光绪元年（1875年）六月初八日，秘鲁换约大使艾勒莫尔来华，立即遭到了李鸿章的严厉指责，说秘鲁言而无信，不履行条约，现在只有先落实查办和保护的办法，“或加订条款，或添用照会，再将前次议定和约一并互换”。李鸿章准备让秘鲁对保护华工作出书面保证，然而没有成功，于是他不再直接与密使谈判，而是奏请清政府改派丁日昌代替自己，自己则在幕后指挥。
丁日昌根据李鸿章的方针展开了外交交涉。然而，双方难有共识，谈判几乎陷于破裂。就在这时，英美提出担保，说秘鲁在换约之后肯定会交出照会。李鸿章还是强硬地坚持原先的意见，同时他致函总理衙门说：从前尚未深熟该处凌虐华工情形如此真切，尚可含容将就，自陈、容二员节次分往详查，始熟该国虐待华工甚于犬马，受虐自尽者，每日不知凡几。凡有血气之伦，莫不切齿。今若不于照会内剀（kǎi）切议明，即含混与之换约，则是从前既往之华工不能使生，而随后复往之华工又将就死，而十数万日在水火，喁喁（yú）待援之人，更无来苏之望矣。
他提出，为保护华工的利益，必须慎重换约。朝廷同意了他的意见。他向秘鲁大使提出了最后通牒，宣布如再不让步，中方将采取行动：
一、暂缓批准条约；
二、将秘鲁违约及虐待华工情况公诸各国；
三、若依然拒绝于换约时添入照会，则不必去北京。
艾莫勒尔非常被动，他懊恼地说：“看来莫若立即去日本好了。”
有了容闳的调查材料，李鸿章和丁日昌在谈判中更显强有力了，对艾莫勒尔说：“华工受苦之地方，受苦之时候，及欺凌人之姓名，皆确可凭。”
在事实面前，艾莫勒尔只好承认“容闳所言华工受虐情形算得凭据”。这样，他开出了相关的照会，李鸿章也在一些无关大局的问题上作了让步。七月初七日，艾勒莫尔发表了一项声明，要保护华工：秘鲁将给予“中国移民以最积极的保护，防止他们遭受最低限度的虐待”；保证他们“能安居乐业”以及“他们的人身安全与财产”；并保证对中国所派使者给予密切合作，与之切实商议华工事宜。中秘条约也在这一天于天津正式签订。
《中秘查办华工专条》是中国近代第一个保护侨民的条约。李鸿章要让所有在外的华工都知道，朝廷还没有忘记他们。大清国虽然力量微弱，但还是会尽自己最大的努力保护自己的臣民。李鸿章说，海外华侨如果知道朝廷还惦记着远在异国的他们，那么一定会激发他们的爱国之情，激起他们效忠中华的正义之心。李鸿章由此想到，华工在外距离中国遥远，朝廷根本无法知晓他们的情况和安危。于是，李鸿章还考虑到如何向海外各国派遣使者。清政府深以为然，决定派陈兰彬为出使美、西、秘国大臣，容闳帮办一切事宜。不过直到1878年初，在清政府简派公使已将近3年的时候，陈兰彬才磨磨蹭蹭地出洋赴任。
《中秘查办华工专条》在一定程度上改善了在秘鲁华工的待遇。这是中国近代史上具有标志性意义的护侨条约。从开始谈判到正式换约，经历了激烈的辩论，长达两年之久。事实证明李鸿章是近代史上保护华工政策的首倡者，也是积极的推动者。
满城风雨的洋提督事件
1863年，清政府从英国购买了一支舰队，1882年李鸿章聘任英国海军军官琅威理为北洋海军舰队的总监察，负责训练。
琅威理（LangWilliamM）是近代海军史和中英外交史上的一个关键人物。他毕业于英国皇家海军学校，本是英国海军的一个低级军官。光绪初年，李鸿章奉命创建北洋水师，战舰多购自外国，且海军人才缺乏，不得不借才异域。
北洋海军创建伊始，李鸿章为物色一位理想的统帅伤透了脑筋。1878年，中国已拥有新式舰艇二十余艘，可外国人仍然认为中国“并没有海军”。重要原因在于海军的组织训练全无章法，不堪一战。李鸿章写信给驻英公使郭嵩焘，嘱托他在英国帮助寻觅北洋统帅。郭嵩焘回信说，有一个叫琅威理的英国人符合李鸿章的要求，专业技术十分精通。当年6月，琅威理受聘为中国护送所购炮船。李鸿章得知后令船政大臣丁日昌暗中观察琅威理。丁日昌回报，琅威理是不可多得的帅才。李鸿章心中对琅威理顿生好感。琅威理护送船舰来华，任务完成后便返回英国，并未与李鸿章谋面。琅威理虽然符合条件，然远在英伦，海军的组织和训练却是刻不容缓。李鸿章与琅威理虽未谋面，对其大名却已耳熟能详，决定亲自会会这个众口交赞的琅威理。
1879年11月，琅威理受雇率清政府第二次在英国订购的四艘船（即镇东、镇南、镇西、镇北）来华，于十月初六日抵达大沽口。当时的四艘炮船均为英军的淘汰武器，技术要求很低。琅威理在万里波涛一番操练，弄得李鸿章心花怒放。操演完毕后，李鸿章当即聘请琅威理为中国海军总教习。李鸿章当时正为母守孝，但仍马不停蹄地为琅氏办理来华任教事宜。那种热切的心情仿佛得到琅威理就为中国海军抓住了一根救命稻草。
1882年秋，琅威理正式来华任职。他的任务是负责北洋海军的操演、训练及教育事务，直接对北洋大臣负责。琅威理的年薪定为纹银六百两，但没有规定聘用年限。李鸿章本打算长期聘用琅氏，不料后来也正因此漏洞，琅威理任职一年后便随随便便地辞职跑掉了。
1884年，中法战争爆发，按照英国政府规定，大英帝国臣民不得为第三国作战，英国政府保持中立，琅威理为避嫌而去职，改由德国人式百龄担任总教习。中法战争后，清政府接受海战失利的教训，痛定思痛，决定大办海军，于1885年九月初五日，成立中央海军机构海军衙门，所有水师系归其节制调遣。一时各国政府纷纷派本国军官前来应聘，希望接替琅威理的职务。英国政府也意识到琅威理的重要性，晋升其上校军衔和舰长，要求其返回中国继续任职。李鸿章电请琅威理回华复职，赫德等也极力恳劝，并请英国外交部代为敦促。琅威理要求在训练中采用英制，雇佣英人，并授予其训练全权，在得到李鸿章同意后，1886年春，琅威理重返北洋海军，受到李鸿章、丁汝昌和北洋官兵的热烈欢迎。其时正是用人之际，北洋统帅丁汝昌乃陆军出身，对指挥海军毫无经验，海军官兵甚至很多人连“经纬仪”、“指南针”都分不清。琅威理回任后，3个月内使一盘散沙的海军变得整齐可观，得到清政府颁发的二等宝星勋章。同年四月，醇亲王大阅海军，因海军建设卓有成效，赏赐琅威理提督军衔。李鸿章在电文里也经常用“提督衔琅威理”或“丁、琅二提督”的称谓。在北洋海军的正式公文中，琅威理的头衔也全是“提督”。可是后来经过“撤旗事件”后，琅威理发觉这个头衔是空的，自己没有一点实权。
1890年3月，北洋舰队至南中国海例行操巡。提督丁汝昌率镇远等四舰巡查海南岛，总教习琅威理则留守香港。香港乃英人汇聚之所，琅威理忙不迭地下船去和同乡炫耀自己的官位和成绩，直到天黑才回到船上。按海军惯例，提督离船降提督旗改升总兵旗。
琅威理的校友——海军留学生刘步蟾下令升起总兵旗。琅威理看到提督旗撤下，非常不悦，因为在他心目中，自己和丁汝昌平起平坐，提督旗是俩人共同拥有的。他还经常和部下说：“北洋海军有两个提督！”于是他跑去问刘步蟾，丁汝昌走了，我还在，我也是提督，提督旗怎么能降下呢？刘步蟾毕业于英国海军名校，他平时便看不上这位洋提督，加上海军中多为闽籍，琅威理曾上书李鸿章，提出“兵船管驾，不应专用闽人”，大家早就对他愤恨。于是刘步蟾对琅的质问不做理会，琅威理只好致电李鸿章，这就是著名的“撤旗事件”。
李鸿章对此事并未重视，搁置不理。琅威理却感到备受侮辱，跑到天津威胁李鸿章，如果不严惩刘步蟾，他马上辞职！李鸿章偏偏不信邪，留下一句话：愿走愿留，悉听尊便。琅威理一怒之下，再次辞职。
琅威理辞职后，在华的外国报纸纷纷为琅氏鸣不平，谴责李鸿章背信弃义。《中国时报》报道说，琅威理纯粹受骗上当。因为聘任合同写得明明白白，琅威理必须拥有实权。升旗事件绝非偶然，而是李鸿章和北洋军官的卑鄙阴谋。《北华捷报》描述得更为悲壮：外国人以辛勤劳动和忠诚人格换来的却是忘恩负义、过河拆桥。除非外籍军官与中国人同流合污，慵懒堕落，否则便会遭到嫉妒和排挤。事件不断升级，渐至超出李鸿章和琅威理的个人矛盾，上升为中英两国间的外交冲突。英国政府态度强硬，禁止英国军官为中国军队服务，驱逐英国海军学校的中国留学生。中英关系因琅威理辞职事件陷入僵局。
说什么也不能丢朝廷的脸
就在中秘换约前半年，因“马嘉理案”而引发了持续一年半的中英交涉。如果说在中秘订约谈判和换约中，李鸿章的特点是执意抗争的话，那么在中英交涉中，李鸿章就以“委曲求全”而著称了。