“我以为朝廷这一次为何封赏偏低呢？因为我们虽然平了东路捻匪，还有那么一大股西路捻匪。西路捻匪未平，都不算得了全功。朝廷一下子把诸位都封赏到顶了，你们还有劲头去打西路捻匪么？”
经李鸿章这么一讲，将领们好似反应过来了。心想朝廷或许真是这样想的。于是，大家都把劲攒到了剿灭西捻的战斗上去了。但西捻当时还在河南济源一带，左宗棠派出一路军马前堵后追，西路捻军因东路全军覆灭，人心涣散，不敢向东，只好在河南西部一带维持着。正值新年期间，淮军里不少将领都想回乡看看。李鸿章准了刘铭传、周盛波等人一个月的假期，严限准时返回前线。
刘铭传、周盛波各带五十名亲兵回合肥家乡去了。李鸿章与众将领在济宁城中过年。正巧钱鼎铭特地到济宁来同李鸿章和其幕僚们贺岁。钱鼎铭已保举为布政使衔道员，在清江浦主持淮军粮草军械转运局。刘秉璋也有了山西布政使一衔，离开大营，将所属部队交给吴长庆统领，自己则以布政使衔回到李鸿章身边参谋军事。一时间，李鸿章的济宁大营里又是文武齐全，十分兴旺，振奋人心。
付出总是会有回报
李鸿章虽然对清廷尽心尽力地办事，但是他并没有因此得到更多的赏赐。很显然，朝廷有意压制日益壮大的淮军。这从淮军成功地剿灭东捻军之后没有得到太大的封赏就能看得出来。
此前，西捻军采用围魏救赵的策略攻打河北，希望解救东捻军的危急。他们冲破壶口河防，进入冀南，再经顺德、保定、易州，直逼北京附近的房山县。但是，他们还是晚来一步，这时的东捻军已经全军覆灭。然而，京师附近没有兵力，防务空虚。捻军北上，顿时让清政府上下一片惊骇。于是，朝廷连下五道诏令，要求李鸿章速来京城保驾。可是，淮军将领们谁也不肯带兵北上。李鸿章因为这次救援不利，受到处罚，被撤销刚刚加封的骑督尉世职，革去双眼花翎。一天晚上，李鸿章正冥思苦想难以入眠，忽然听见外面吵闹喧哗。原来一些淮军将领正在吵吵要带兵北上，拿下京师，造清政府的反。李鸿章听到这里，赶紧跑出来劝他们不能有这种造反的想法，可是没有人理会他。李鸿章十分苦恼，朝廷本来对自己不满，如果淮军再闹下去，真不知该如何收场。即将离营的刘秉璋悄悄对李鸿章说，现在大家都不听你的，你找潘鼎新想想办法。潘鼎新是个读书人，深明大义，又是您的学生，你如果做通了他的工作，其他人就好办了。刘秉璋又去找潘鼎新说，我们是多年的好朋友，你又是老师的学生，如果老师真的被你们闹的倒台了，对你们有什么好呢？你们还有什么前途可言呢？
第二天，李鸿章找到潘鼎新说，你知道我被处罚了吗？潘鼎新说知道了。李鸿章说，你不为我的前途担忧吗？潘鼎新说：这有什么好担忧的，只要以后再立功劳，朝廷还会给你加官晋爵的。李鸿章说：那你就赶快带兵北上护驾，帮我将功补过吧！潘鼎新带着人马先走了，于是，其他的人也纷纷跟着北上了。只有刘铭传请了三个月的假回到家里。李鸿章费了一番周折终于将内部矛盾解决。接下来又面临着剿灭西捻军的任务。李鸿章依旧主张重视河防，可是自比“当今诸葛”的左宗棠，却一意主张全力追剿捻军，二人就此争执不下。李鸿章一直看不上左宗棠用兵，他写信给曾国藩说：这个当今的诸葛亮，总是跟着诸多将领后面寻贼。这时，朝廷派来恭亲王督阵，要求他们一个月内必须破贼。
一个月之后，张宗禹率捻军一路攻到天津南郊。李鸿章、左宗棠二人由于作战不力，都遭降职两级处罚。经过这次的教训，李鸿章和左宗棠终于达成一致的战略主张，即河防和追剿并重。可是，前方缺少力敌的主将。当时，刘铭传由于常年的骑马，得了一种病叫“跨马痈”，大腿上长了毒疮。经医治后，虽然病愈，但身体十分虚弱，加上没有得到应有的奖赏，心中总是不平，所以当其他将领都带兵北上的时候，只有他告病在家休息。曾国藩得知情况之后，派人前去慰问，并捎去一封信劝说他：你和李鸿章是人间难遇的知己，你应当早日奔赴前线，帮助他建立这个历史功勋，你自己也会名垂青史。刘铭传看完信后，大为震动，马上奔赴前线，率部杀敌。
1868年8月16日，淮军把张宗禹围困在山东茌平县南镇，张宗禹带着亲兵8名（一说是18名）来到徒骇河边，他脱下衣服，跳入水中。追来的刘铭传部士兵看见地上的衣服，轻信张宗禹的亲兵之言，认定他已经淹死。李鸿章上奏朝廷称张宗禹已死。左宗棠却认为，张宗禹生不见人，死不见尸，怀疑李鸿章撒谎向朝廷骗功，派人到处搜索。李鸿章知道后，特别气愤，觉得左宗棠此举是嫉妒，找茬儿。于是两人之间的矛盾进一步激化，从此做了一辈子的仇人。
李鸿章灭了西捻，朝廷原定的赏封，就是一个协办大学士。大学士属内阁职位，两殿两阁，一共是四人。大学士两人，协办大学士两人，也都是满人汉人各占一半。一年前，体仁阁大学士周祖培出缺，让曾国藩以协办大学士身份升补了进去。这样便空出来一个协办大学士，慈禧把这个位子给了四川总督骆秉璋。不料到了年底，骆秉璋病故了，由慈禧的心腹吴棠充任了。而另一个协办大学士的空缺，就作为“悬赏”，这会儿非李鸿章莫属了。
秉承两宫太后的圣旨飞速送达李鸿章的行营。李鸿章与诸将领郑重地跪接了圣旨。圣旨道：
“李鸿章等平捻有功，积年巨寇，从此肃清，朕甚嘉慰。除着悖亲王奕诔（lěi）至定陵祭告文宗（咸丰）皇帝在天之灵外，李鸿章、左宗棠、官文俱官复原职，赏还花翎和黄马褂。加李鸿章、左宗棠太子太保衔。李鸿章以湖广总督协办大学士。丁宝桢加太子少保衔，晋刘铭传一等男爵，潘鼎新、郭松林一等轻车都尉，以郭松林为湖北提督。”
李鸿章终于入阁拜相了。这是读书人的第一等的功名，李鸿章得
到了。
继承恩师的智慧外加开拓自己的思路
飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹。清政府在剿灭捻军的军事行动结束之后，对李鸿章的态度有了明显的冷落。李鸿章看出了朝廷对自己的猜忌，于是效仿恩师曾国藩，开始裁撤淮军。
李鸿章为了保留淮军的精锐，求助于新上任的两江总督马新贻，希望在军饷上能够继续得到他的支持。湘军和淮军的军饷一直主要来源于两江地区。马新贻不敢得罪李鸿章和曾国藩，爽快地答应了李鸿章的要求。李鸿章还把湖广的厘金和关税的百分之四十充作军饷，使淮军的军饷比以前大大增加了。
李鸿章在湖广期间，清政府给他安排了很多杂事。一会儿被派去四川，一会儿被派到贵州，还派他去协助左宗棠到陕西镇压回民起义。李鸿章实在不喜欢左宗棠这个人，不愿意再与左宗棠合作，他写信给曾国藩说，和左宗棠共事的滋味如同嚼蜡。于是李鸿章找种种理由拖延去陕西的时间，直到接受命令的4个月之后，才赶到西安。这时候，是1870年的7月。
1870年6月21日，发生了震惊中外的“天津教案”。事后，法国联合美、英、俄、德等多国向清政府提出抗议，各国军舰聚集于天津和烟台，进行武力恐吓。在剿捻成功之后，清政府因为曾国藩的赫赫军功，同时也是惧他坐大地方，就以裭（chǐ）夺兵权、明提暗抑之手段，将他直接调来中枢，任直隶总督兼北洋大臣。天津教案一发，朝廷即派曾氏前去处理。曾国藩深知，此事事关洋人，干系十分重大。临行前，他甚至给儿子写好了遗书，并买好一口楠木棺材，准备以死赴任。曾国藩这一生，自杀多次，多次写过遗书。也许，这是曾国藩内心深处的那种强烈的悲观主义色彩的体现。在处理天津教案过程中，曾国藩迫于洋人的压力，先后逮捕了80多人，其中定为死罪的20人，流放的25人。还把天津知县刘杰、知府张光藻革职充军。一时间，舆论哗然，纷纷指责曾国藩“卖国求荣”，“为洋人献媚”。曾国藩面对内外压力，支撑不住，希望朝廷另请高明。
事实上，这个时期的李鸿章也没闲着，他自天津教案发生之后，就一直在观望曾国藩的处理方式。事实上，他对曾国藩的做法也是不甚满意。恰在这时，李鸿章忽然接到诏令，朝廷让他火速带兵到京畿一带备战，并任命他为直隶总督以接替曾国藩。李鸿章马上渡过黄河，到达直隶边境，但是他并不急于马上去天津接任。他给朝廷写信说，淮军只能在直隶边境驻扎，如果离北京、天津太近，容易引起列强的疑心，引发战争。
李鸿章到达保定之后，又给曾国藩写信说，自己的肝病复发，需要调养一段时间。李鸿章把自己处在一个可进可退的位置，并不去理会曾国藩的烦恼。这时候的李鸿章，在官场使用手段谋略远远超过自己的老师。这也应验了曾国藩当年对李鸿章的评价。当年，提到对李鸿章未来的展望，曾国藩曾对李瀚章说过“青出于蓝而胜于蓝”的话。
李鸿章在奏折中明确提出：
第一，说教堂拐卖儿童、挖心肝、挖眼并没有确凿的证据。
第二，崇厚平时对外国人献媚的行为早就深深引起了百姓的不满，所以此事是个导火索。
第三，丰大业开枪射的是朝廷命官，也是罪不可赦。
第四，群众仅打死20个洋人。
可见，中外双方各有不是。所以处理时应本着和平解决的原则，一是必须捉拿凶手，一是应当赔钱。但是，赔钱一定要有限度，更不能以割地为要挟。李鸿章在奏折上还说，如果我方在于情于理都站得住脚的原则下妥善处理之后，洋人还敢无理取闹，我们就和他们决一死战。李鸿章和外国人巧妙周旋，据理力争。他通过谈判，把死刑犯人数减少了四名。有人提出火烧望海楼的主谋是陈国瑞，李鸿章多方努力，保住了他。
此外，协助办理教案的丁日昌偷偷用大牢里的死刑犯换出了真正的反洋教领袖。
据说，这也是李鸿章授意所为。李鸿章还筹集各方面的捐助并和曾国藩拿出自己的积蓄，总共凑了两万两银子送给张光藻和刘杰，算是对他们经济上的一点补偿。
李鸿章后来给曾国藩写信说，和洋人交往，不妨稍微用一点“痞子腔”，不要轻易用死来逃避责任。说起“痞子腔”，还有一个故事。李鸿章在接办教案前，曾国藩问他，去天津之后会经常和洋人打交道，你准备用什么方式和洋人交往呢？李鸿章回答说，和洋人交往，我不妨就用点“痞子腔”（安徽话，就是耍一点青皮流氓的手段）。曾国藩劝慰道，我认为，洋人也是人，你和洋人交往还是应该笃信一个“诚”字，以诚待人。李鸿章总结多年和洋人交往的体会，好像并没有听从老师的话。
1872年3月12日，曾国藩因病去世。临死前，他对“天津教案”一事的处理悔恨交加，自责不已。
曾国藩一辈子都讲究处事原则，讲究品德和修行的重要性，未料到自己晚节不保，心中的苦楚可想而知。李鸿章闻讯悲痛不已，热泪盈眶，他提笔写下挽联：
师事近三十年，薪尽火传，筑室忝为门生长；
威名震九万里，内安外攘，旷世难逢天下才。
汉人中走出的首位封疆大吏
1870年，这一年是李鸿章政治生涯中的转折点。九月初六日，他正式接直隶总督大任。虽然直隶在各行省中最为重要，应重点防备，但这里的问题却是不少，吏治、民政、防务等问题都很棘手，都等着新上任的直隶总督李鸿章来处理。
1871年五六月间，直隶下了嘉庆六年以来的最大的一次暴雨。永定河上游发生了八处漫口，卢沟桥下的石堤也被洪水冲毁。夏季到来时，整个直隶一片泽国，仅有少数高地有点收成。李鸿章奏请朝廷后得以截用漕粮10万石赈灾；同时，又在江浙各买米2万石补充。然而七八月之交的一场持续了36昼夜的大雨，让高地也没有了收成。李鸿章只好先从直隶藩库拨银30万两，同时借出兵饷30万两，再预截京饷5万两救急。他几乎要筋疲力尽了，在给过去的幕僚丁日昌的信中写到自己的身体情况已是：“冬春患咳，入夏稍愈，精力大不如前，时赖药饵滋补”。从此以后，他开始注意保养自己的身子了。九月二十一日，他给曾国藩写信说：
“现届立冬，水退仅二三尺，平原尚有数尺，须来春解冻后可渐涸复。饥黎满目，生计毫无，殊深悚具！唯督饬印委尽力筹办，总想做到‘实惠及民’四字，以副荩怀。”
他对民众疾苦表示了同情，同时也对小民生计十分关怀，极力想要实现“实惠及民”，这非常值得肯定。
工部尚书毛昶（chǎng）熙于十月上奏朝廷请求裁撤三口通商大臣。他提出海防和洋务本应由直隶总督负责处理，只是因为当时山东河南“匪纵未靖”，总督一直在保定驻扎，远离三日，这才设立了驻在天津的三口通商大臣，方便管理，这是权宜之计，如今天津的洋务和海防的重要性远胜保定的防务，应该让总督一人统一筹划。
十月二十日，清政府同意了毛昶熙的主张，裁撤了三口通商大臣一职，命李鸿章兼任北洋大臣，处理一切北洋洋务和海防事宜。同时任命李鸿章为钦差大臣，山东登莱青道所管的东海关、奉天奉锡道所管的牛庄关都归北洋大臣统辖。此外，朝廷还下令将原通商大臣衙门改为直隶总督行馆。规定要在每年春季海口开冻后移驻天津，入冬封河时再回省城保定，如遇紧急情况可以例外。朝廷把此重担交给了李鸿章，并叮嘱李鸿章认真筹划洋务和海防，“尤须统筹全局，选将练兵，大加整顿……”