《阿古柏伯克传》的作者包罗杰说：“中国收复新疆，毫无疑义，是一件近50年中在亚洲发生过的最值得注意的事件，同时这是一个多世纪以前乾隆出兵这个地区以来，一支由中国人领导的中国军队所曾取得的最光辉的成就。”
新疆古称“西域”。很久以来，西域就同内地有密切联系。公元前101年（西汉武帝太初四年），西汉政府在西域设置使者校尉。公元前60年（西汉宣帝神爵二年），西汉政府在乌垒（今新疆轮台境内）设置西域都护，郑吉担任首届都护。《汉书·郑吉传》上说：“汉之号令班西域矣，始自张骞而成于郑吉。”从此以后，中国历届中央政府都在西域设官建制，有效地行使对西域地方的管辖权。
18世纪上半叶，乌兹别克族的明格部在中亚费尔干纳盆地建立起一个封建汗国，名“浩罕”。1865年初，浩罕国派军官阿古柏率兵侵入新疆。阿古柏“用武力，更多的是用奸诈手段”，先后侵占喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田、阿克苏、库车、乌什等城，于1867年悍然宣布成立“哲德沙尔”，意为“七城之国”，自封为“巴达吾来特阿孜”，意为“洪福之王”。随后，阿古柏又用两年多时间，镇压当地群众的反抗，进一步攻占吐鲁番，又翻越天山夺取乌鲁木齐，天山南北广大地区都落入阿古柏的魔掌。
新疆地处中亚东部，与中亚和印度接壤，英、俄两国都将新疆视为战略要地，势在必得。阿古柏成为他们争取和利用的对象。这是新疆危机的根源。俄国在利用阿古柏实现其侵略扩张阴谋的同时，又亲自出兵侵占伊犁，使新疆危机雪上加霜，更为严重。
面临新疆危机，清政府内部出现海防与塞防之争。海防论的主要代表是直隶总督兼北洋大臣李鸿章，他主张舍弃西北，专注东南，提出：“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则心腹之患愈棘。”塞防派的主要代表是湖南巡抚王文韶，他认为：俄国侵吞西北，日甚一日，“我师迟一步，则俄人进一步；我师迟一日，则俄人进一日。事机之急，莫此为甚！”因此，他主张：“目前之计，尚宜以全力注重西北。”陕甘总督左宗棠主张：“东则海防，西则塞防，二者并重。”左宗棠指出，不能扶起东边倒却西边，力主收复新疆，他的意见令“中朝动色”。清廷权衡利弊，采纳左宗棠的意见。1875年，清廷任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。
那时候，左宗棠已经年逾六旬，而且体弱多病。他曾在致湘军将领刘锦棠的信中说：“本拟收复河湟后，即乞病还湘。今既有此变，西顾正殷，断难遽萌退志，当与此虏周旋。”左宗棠不顾自己年老多病，以国家民族利益为重，勇敢地担负起收复新疆的重任。
1876年，左宗棠率清军分三路进入新疆。他采取“先北后南，缓进速战”的正确方针，先收复了乌鲁木齐及周围地区，然后攻占吐鲁番，打开了通向南疆的门户。清军得到新疆当地各族人民的支持和拥护。进军南疆时，当地各族人民纷纷拿起武器，加入战斗，痛击阿古柏军队。1877年，阿古柏兵败身亡，清军收复喀什噶尔。第二年，除伊犁以外，新疆重新回到祖国的怀抱。
左宗棠上奏朝廷，提出首先通过外交途径解决收复伊犁的问题，如果达不到目的，再采取军事手段。他的意见得到朝野上下爱国人士的一致赞扬。
1880年初，根据左宗棠的意见，清政府派曾纪泽赴俄国谈判收复伊犁问题。在谈判中，俄国多方要挟，蛮不讲理，曾纪泽坚持原则，据理力争。
左宗棠深知外交必须以军事为后盾的道理，虽主谈判，但不忘备战。为了支持曾纪泽的外交努力，左宗棠率兵前往哈密，在哈密设立抗俄司令部。在前往哈密的征途中，他让士兵抬着棺材走在队伍的前面，表明誓死抗击俄国、收复伊犁的决心。正是左宗棠震惊中外的豪情壮举，有力地支援了曾纪泽的外交斗争，终于迫使俄国将伊犁归还中国。