以上那段生动描写出的场面，说明季米里亚捷夫开始教育工作时，就已在学生中获得了何等重大权威。可是，无论你有什么学问，无论你使用的教授方法如何成功，你在当时的高等学校中仍是没有对应的地位的。教育者的地位，并非凭靠实际教育成绩来决定，而是其他的条件，与真正学问毫无关系的条件来决定的。
季米里亚捷夫当时虽得学生敬爱，虽有深刻的学识和良好的教授法，仍旧不受学院当局所欢迎。他的独立的思想方式违反了教授中流行的服从上级和尊敬政权的精神，有犯上作乱的嫌疑。
那时，彼特罗夫学院学生开始闹学潮，而季米里亚捷夫自己很快地与学院同事直接冲突起来。
1867年，为了抗议在学院中实施的严厉规则，学生们写了一封信给院长，其中除了反对这些规则以外，还表示出这样的“反叛”思想，即说：“学院当局”成了莫斯科宪兵司令部一个支部，其代表人成了司令部密探。这封长信，约有一百名学生签字，信稿是柯罗伦科起草的，发起人除他以外，还有两个学生。签名的学生公推这三个人呈上长信。
院长读了信，气得几乎昏厥了。农业部次官李文公爵亲自出马解决这件事情。三位领袖被捕，由学院教授会议决议开除学籍。
在此次李文公爵亲自出席的会议上，季米里亚捷夫独持异议，反对这个决议。
后来，回忆这件事时，柯罗伦科写了如下的信给季米里亚捷夫：
敬爱的克里孟特·阿加狄也维奇！
当我回忆在彼特罗夫学院的生活时，回忆命运促成我们师生相聚那几年时，我总要想起您，把您当作我少年时代最可贵的最明朗的模范之一。
要对亲爱的人说的话，并非随时都能说出来的。我的一生有好几次都想对您说：当我们，您的学生们，同您争论的时候，当您教我们把理性视为神圣的时候，我们是怎样地爱您，怎样尊敬您，尤其是最后一次，当您走来看我们三个被捕的学生的时候，以及以后您的响亮的独立的高贵的声音从那有李文在场的会议厅传到我们耳朵的时候。我们当时听不出您说些什么，但知道您一定是以另一种更成熟的形式说出了您的灵魂中当时模糊地吸引着我们的最好的思想。
在学生中间，季米里亚捷夫的朋友和崇拜者人数，一天天增加了。但他和学院当局的关系则一天天更加恶劣。在学院以外，他也有仇敌和反对者。
季米里亚捷夫一方面尽力履行他的教授职务，认为教育是科学家的最重要的社会责任，一方面并不放松他在植物方面的研究，同时继续写作，介绍达尔文学说。
当时迅速传播的达尔文学说，是自然学上的一种革命。可是外国以及俄国，在某些部分科学家中间，尤其是一知半解的人中间，有好多反对达尔文主义的人。在八十年代的俄国，特别激烈反对达尔文主义的，是反动政论家丹尼列夫斯基和玄谈批评家史特拉霍夫，他们获得科学院院长华明青的支持，竟梦想驳倒达尔文主义。
有一篇攻击季米里亚捷夫的著作写道：
彼特罗夫学院教授季米里亚捷夫用国家公费，要驱逐上帝于自然界之外。
季米里亚捷夫在他的书《达尔文及其学说》第七版序言中写道：
有权威的政论家写出这样的书评，得到了公开敌视我的科学院方面（以华明青为代表）和文学界方面（以知识分子尊崇的史特拉霍夫为代表）的支持，其目的乃在于教唆那位宠爱丹尼列夫斯基的教育大臣，让他放手采取一些措施，使得我这有害人物不会继续传染彼特罗夫学院。
同一序言中又指出：那篇文章的攻击是“完全说谎的”，因为在帝制时代的俄国，季米里亚捷夫的著作没有一个字是支用国家公费印刷出来的。
九十年代初期，彼特罗夫学院成了反对政府的中心之一，明白表示对现状的不满。学院学生被人视为传播“叛乱”的分子。1893年，“最高当局命令”封闭彼特罗夫学院，遣散教授和讲师。次年，这学院固然改名为莫斯科农业专门学校而恢复大学，但“桀骜不驯的”学生的朋友、真正科学的最好的代表人物之一——季米里亚捷夫教授，则“另候任用”。他从此被人永远驱出了这所高校。
此后不久，季米里亚捷夫转入莫斯科大学，那年是1877年，直到1911年有34年长久的时间在莫斯科大学授课。
季米里亚捷夫的大学课程特别受人欢迎。上他课的不仅有选修的学生，数理学院自然学系学生以外，还有其他学院学生也来上课，课堂有时挤得满满的。据一个学生说：往往“需要坐在添设的板凳上或站在过道中间”。
季米里亚捷夫教课时，从听课学生的回忆看来，其特点首先在于他的功课始终有明确的方向，始终有一定的指导思想。为此缘故，这些功课才有罕见的统一性、和谐性、完整性，同时又表现材料的新鲜，他虽然担任了许多的课程，但仍能随时知悉他选定的科学部门中的种种进步，仍然在专门问题上将最新的知识告诉给他的听众。
季米里亚捷夫的功课有一种重要特性和重大优点，即他善于征引例证，善于用直接的方法（如进行实验、开映幻灯等）教学生认识所研究的现象。
季米里亚捷夫上课时决不限于单调地干燥地叙述这些或那些科学事实。
他有一种艺术，能汇通这些事实，能使这种不同部门的知识互相接近起来。
他的讲义，内容是深刻的，方式是光耀的，各种细节又都是深思熟虑过的，所以好像文学美术作品，影响于听众的理智和感情，唤起青年人对于知识的热烈的信心。
根据以上所说，可以知道大学生为什么爱听季米里亚捷夫的讲课了。但不仅如此，莫斯科大学的学生，同彼特罗夫学院学生一样，不仅视他为杰出的教授，而且视他为可尊敬的公民，有常人所缺少的独立不倚的主张，不能容忍各种强暴行为。每逢提出科学的社会责任问题时，每逢教授有从精神上帮助学生之必要时，他总是凭自己的良心去行动。他进行不妥协的斗争，反对人们企图防止自由思想的发展。当青年人需要解决如何做一个好公民的问题时，需要保卫学习权力的时候，这就是最好的榜样。
九十年代初，莫斯科大学学生决定在车尔尼雪夫斯基逝世纪念那一天有所表示。他们预先告之季米里亚捷夫，说那一天他们不来大学上课，到了那一天，他也不到大学来。第二天，大学当局知道了他和学生之间的这种默契，便准备一个书状来申斥他，说他不该参加示威。这个申斥书，按照当局决议，须由数理学院院长布加也夫立即拿到课堂去，当着学生面前宣读。
布加也夫走进季米里亚捷夫上课的课堂以后，看到听讲的学生那么多、那么热情，便徬徨无措，不敢宣读这申斥书。他无可奈何，最后只好请季米里亚捷夫自己帮助他，低声告诉季米里亚捷夫他是为什么事情而来的。季米里亚捷夫果真帮助他解决困难，即从他手中接过那张“可怕的”纸头，而且自己高声宣读。学生听了，大闹起来。布加也夫不得不溜出课堂去。季米里亚捷夫勉强压下自己的气愤，不愿扩大这个事件，于是告诉愤怒的学生说：
“不要再提这件事了，现在有更重要的事待做！”中断了的功课又继续下去。
这个申斥书开始了季米里亚捷夫与大学当局的冲突。从此以后发生的一切事情都表明他在这所大学是不会得意的。
大学当局对季米里亚捷夫的仇视，发展得很快。到了另一位有名的科学家受人严重攻击以后，这仇视就完全公开出来了。这位科学家是有名的物理学教授史托列托夫，他在大学内部工作上是季米里亚捷夫的同志和战友，季米里亚捷夫不能不出来保卫他。
史托列托夫被迫害的原因之一，是他和大学校长博戈列波夫的冲突。这种冲突发生于1892年，那时史托列托夫看到大学下层人员穷苦不堪，主张设立一个特别委员会以改善他们的物质生活。这委员会成立了，他被推举为主席，博戈列波夫不喜欢这位主席如此努力做委员会工作，千方百计陷害他，甚至诬蔑他偷盗文书。他看到这位大学校长竟使出如此卑鄙的手段来，于是不再隐瞒他对于校长的鄙视。校长方面就说史托列托夫是“叛乱者”，不服从长官，而且煽动教授和学生反对长官。
另外，1893年，助教戈里青公爵写了硕士论文《算学的物理学之研究》，本学院当局拿给史托列托夫审查。史托列托夫在这论文中发现了几处错误。
但为了不让人家说他对此论文有偏见，便请求本学院当局再拿此论文交给索可洛夫教授审查。索可洛夫完全同意史托列托夫的批评。两人于是请戈里青修正这篇论文，并且预先告诉他，若不修正，他们二人就要做出否定的结论来。戈里青公爵“自命不凡”不理会这两位教授的要求。
本学院当局站在这位贵族助教方面，派尼克拉索夫教授替他做辩护人。
尼克拉索夫过分热心于奉派的工作了，竟至于本学院召开的讨论戈里青论文的会议上提议宣布史托列托夫和索可洛夫两人的结论“荒谬”。那天，违反惯例，当会议主席的，并不是本院院长，而是教育监督官加卜尼期特公爵。
这是为了帮助尼克拉索夫的。监督官参加本学院会议，是预定的计划，为了好好教训这些自由思想的教授，为了尽可能沉重地打击史托列托夫。
可是史托列托夫和季米里亚捷夫毫不妥协。季米里亚捷夫知道了这件事有小集团互相援引的内幕，十分气愤。他站出来用他的一切力量公开替史托列托夫辩护。在这次辩论会中，他说：
“自从我有幸参加本学院会议以来，本学院尚未曾这般受人侮辱过。”
这封信的内容正包含着那些无理的荒诞的侮辱，为本学院所必须拒绝的。一个人，一面请学院审查他的论文，一面竟敢审判他的审判官，判决他们的罪状，并指示本学院以后应当怎样做。
审查报告，本学院尚未知道，写这封信的人获悉报告内容，就宣布这报告是浅薄的，就大胆而无礼地断定本院委托审查他的论文的两位专家教授不够资格。写这封信的人末了又要求本院抛弃本部门专家写的对他不利的审查报告，并将他的论文交付其他部门专家再审查。一个依法无权的人，这般骇人地干涉本学院措施，这般放肆批评本学院行为，一旦容忍下来，就非明显损毁本学院威望不可。
硕士候补人戈里青公爵的这种行为是大学生活中未曾有过的。如果就此放任，就将被人引为恶例。其最切近的后果就是每一自爱的教授从此都不愿意审查科学论文了。因为预先知道他做了这困难而负责的工作以后，他在本学院会议上并不可避免那种可能的侮辱，他所以为不满意的论文，其著作人都能侮辱他。
在另一段中，季米里亚捷夫也是这样严厉打击尼克拉索夫的，他说：“我认为我有责任出来抗议尼克拉索夫教授说明书的结论，他在这结论中建议本学院宣布史托列托夫和索可洛夫两教授的审查报告为‘荒谬的’。
学院只能接受或拒绝向他提出的审查报告的结论。宣布审查报告为荒谬的，那就等于宣布这报告内容为无知的或恶意的。但对于受学院完全尊敬的两位教授做的这件事情，学院在道义上没有权利宣布这样的败坏名誉的判辞。
我主张接受史托列托夫和索可洛夫两教授的审查报告。我认为他们要求发表这报告，是很好的。因为如此，本学院其他的教授，凡不够资格，不能直接判断这件事情的，就可以免除责任，学院自然可以当教授不在的时候，委派一个人当众辩护这篇论文，但我并不认为采取这个办法是合乎科学利益的。其他方面，我们也不可能期待这二位专家，于仔细审查过论文并做出否定的报告后，还认为能够以反对者资格出场参加辩论，因为辩论的结果是已经预定了的。人们预定将此次的辩论，从当众辩护硕士论文的意义转变为当局责罚反对者的意义。”
季米里亚捷夫这般坚决出来反对大学中小集团互相援引的行为，自然不会没有后果的。人们报复他，用种种方法妨碍他的科学工作和教育工作，使他的工作陷入非常不利的条件之下。例如，他的学生用显微镜做实验的房间，被人家夺去了，人家换给他用木栅从课堂分隔出来的一个小角，没有窗子，光线是从课堂透过木栅照射过来的。据著克·阿·季米里亚捷夫传记的作者诺维可夫教授说，要在这个角度做工作，“必须待下了课以后，因此只能点着灯做工作。因为没有房间的缘故，季米里亚捷夫只好拒绝要跟他做生理学工作的学生。他成了流动的教授，没有自己的课堂，只能借别人的课堂上课。”
1893年末，季米里亚捷夫连“流动”借课堂的权利也失去了，他只能在一个很特别的课堂上课，其中设备很坏，甚至不能满足最基本的教育要求和卫生要求：为了令人难信的拥挤之故，一切听课学生都喘不过气来，一半学生什么也看不见。
莫斯科大学这样“容忍”着季米里亚捷夫，季米里亚捷夫在莫斯科大学内被“容忍”着。
但在这样的恶劣条件下，季米里亚捷夫仍继续他的科研工作。他始终是活泼而愉快，从未失去乐观的信心。1893年末和1894年初，全俄第九次自然学家和医生大会在莫斯科开会，他当选为主席。在兴奋致辞欢迎济济一堂的科学思想代表者的时候，他说这次大会是俄国科学的佳节。