董仲舒的“天人合一”说最终是为“君权神授”制造理论根据。他认为，天不但是自然界和人类社会的创造者，而且天给人类社会设定了一个最高权威皇帝，皇帝有代天实行赏罚的至上权威。他说：“天者承天意以从事”，“受命之君，天意之所予也，故号为天子者，宜视天如父，事天以孝道也。”皇帝秉承天的意志统治人民。那么，天的意志是什么呢？董仲舒认为天的根本特性是德，而德的根本观念就是作为儒家道德最高境界的“仁”，也就是说天的意志是“仁”。所以他说：“仁之美者在于天。天，仁也。”皇帝是“天子”，是接受“天命”而治理万民的，但是如果皇帝“不仁”，品行有亏，政事有缺的话，天就会通过大小不同的“灾异”现象，对皇帝提出“谴告”，希望皇帝能够改过自新，如果皇帝仍不知悔改，那么就会受到天的严厉惩治。以至于改朝换代。
汉代谶纬思想
经学与谶纬，都是汉代学术界出现的特殊现象。经学主要是讲人生和治国的大道理，所以不断流传，深刻影响了中华民族的精神。谶纬是讲迷信的，统治者也只是暂时利用一下就抛弃了，所以也很快就销声匿迹了。
所谓谶纬是谶书和纬书的合称。谶是指预决吉凶的隐语和图记，是一种神秘的预言。这种谶出现得比较早，例如秦始皇时有“亡秦者胡也”的预言，秦始皇就下大力气修筑长城以防“胡”人入侵。谶流行，天下民众信者甚多，于是，许多人都开始制造谶，利用谶为自己的政治目的服务，陈胜以鱼腹中藏“陈胜王”而揭竿而起。
明代“洪武通宝”背牧牛图厌胜钱纬，指纬书，针对经书而言。是以神学附会儒家经典的著作总名。有《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》和《孝经》七经的纬书总称“七纬”。产生于西汉末年。
谶的宣传者都力图证明它的预言事后有“征信”，所以又叫做“符”（符合神意）。由于这种“符”出自天命，所以又叫“符命”。这些宗教迷信著作为了便于普及宣传，有图有字，又称“图书”。这些谶书“侯望星气与灾祥”（占星术），又称“侯”。
纬书把帝王圣人神化。以孔子为例，纬书中说：仲尼海口、牛唇、舌理七重、虎掌、龟脊、辅喉，又说：首类尼丘山，长十尺，大九围，这里的孔子被描述成十分怪诞的形象。谶纬中的孔子并不是一个人，而是一个神。既然是神，就必然有与凡人不同的特征。
纬书是谶言与经学合流的产物，谶纬合一，标志着一种包罗万象的神学体系的形成。西汉后期，许多学者都研究儒家经书，一些人阐述新见解，附会于经书，成为经学支流，并托名孔子，以神其说。经为织布的纵线，纬为织布的横线。“五经”已经确定，难以作伪，而另编新书，称为纬书，表示与经书是相配合的，托名孔子，便于流行。西汉末期到东汉前期，编纬书成为一种学术时尚，图谶附会于经书，纬书也附会于经书，于是，图谶与纬书合流，成为一种思潮，后代合称谶纬。
谶纬思想之所以在西汉末期开始盛行，是有它的社会政治根源的。汉王朝的统治已不容易继续维持下去，在天灾和农民起义的压力下，统治者只有乞灵于宗教迷信的宣传，希望假借“天命”、“神的启示”来延缓刘氏王朝的寿命；而一些政治野心家，也利用这种宗教迷信，给自己篡夺政权制造“神意”的借口。
纬书宣扬宗教预言，它认为国家的治乱兴衰、帝王将相的出世，都是由神和天命安排好了的。其兴必有祯祥，其亡必有妖孽。为了制造西汉政权的合法性和神圣性。《孝经·援神契》说：孔子跪受而读之曰：“宝文出，刘季握，卯金刀，在轸北，字禾子，天下服。”《演孔图》中有：“有人卯金兴起丰”。所谓“卯金刀”是“到”（刘）字，禾子是“季”字。丰是高祖刘季的故乡。这是说汉朝的兴起，上天已经预先告诉世人了。
王莽在摄政、代汉的过程中，大量利用谶纬。如有一个叫夏贺良的大臣向哀帝上奏“赤精子之谶”，公开宣称“汉家历运中衰，当再受命”，竟然得到满朝大臣儒士的共鸣，哀帝在这种风潮的裹胁下，上演了一出改元易号、自我禅让的闹剧，加剧了汉朝的思想危机，为王莽废汉自立作了舆论上的准备，最后王莽以白石丹书“告安汉公莽为皇帝”而篡汉自立，从而使自己的权力来源的神圣性和合法性得到肯定。但是反莽势力也同样借助谶纬，来达到自己的政治目的。当时利用谶纬谋乱、起兵者连绵不绝。
《谶记》中说：“刘秀发兵捕不道，卯金修道为天子。”刘秀也是根据当时流行的谶语“刘秀做天子”登基当上皇帝的。这种以谶纬作为政治活动决策的依据，在后人看来似乎很荒唐，但当时的政治家们却是很认真的，因为当时社会已经形成了谶纬崇拜的风尚。东汉政权的建立，得益于谶纬之处实多，推崇谶纬也就成了自然的选择。光武帝刘秀虽为一代英主明君，但唯独在崇信谶纬的问题上，表现得近乎不可理喻。他每遇到重大国事疑难，竟然要用谶纬之言来做决策。大臣恒谭，针对光武帝迷信谶纬之术上疏指出：儒家治国，以仁义正道为本，没有奇虚荒诞之事，而谶纬之术，托名孔子，增改经书，用以欺世惑众，误导君主，应该痛加贬抑。但是光武帝听后却勃然大怒，认为恒谭反对谶纬是“非圣无法”。对光武帝来说，对谶纬的批判，不是学术之争，而是关系到国家根基的政治原则，是根本不允许持任何非议的。由于皇帝信赖谶纬之术，使许多学者出于功利的考虑而传习谶纬，一般儒生也以通晓谶纬为荣耀，以至于尊称谶纬为“内学”、“秘经”，其地位已超出于经学之上。
谶纬书对汉朝兴起的解释十分浅薄和荒诞。但由于它用的是一种比较隐晦的、歌谣式的语言，以神话的形式、夸张的手法强调了预言的神秘性和可信性，因此可以作为封建统治者欺骗、麻痹人民以维护其统治的思想工具。
“天道自然”观
王充（27—97），字仲任，今浙江上虞人，出身平民家庭，曾做过县上小吏。晚年失官在家，生活贫困，但他“居贫苦而志不倦”。著有《论衡》一书，该书以“疾虚妄”而著称。
王充敢于批判孔孟的言行是“上下多相违”，“前后多相伐”，文理不通，自相矛盾，而且他的批判从客观出发，很有说服力。例如王充批判了《论语·雍也》的一条记载，孔子曾对天发誓说：我要是干什么见不得人的事，就让上天处死我。王充毫不留情地加以揭露：人世间只有雷电击死人、火烧死人、水淹死人，而从来没有过天把人弄死的。拿没有发生过的事情来诅咒发誓，就连普通人也骗不了。但王充并不反对儒家以德治国的学说，他说：“治国之道，所养有二：一曰养德，二曰养力”，认为要治理好一个国家，必须兼用道德和武力两手，做到“王霸杂用”，国家才能长治久安。
王充的“天道自然”论，在我国哲学发展史上具有重要地位。
首先，王充打破了关于“天”的神学观念。王充认为天是可以看得见的自然之天、实在之天、物质之天，而“天道”就是自然规律的代名词。他说：“天，体也，于地无异”，“天道自然也”，“天地，含气之自然也。”这就是说，天地都是由物质性的“元气”构成的，是一种物质实体。“天地合气，万物自生”，万物的生长都是自然而然的，万物按照其自身固有的规律运动变化，根本不存在能够创造和安排世界万物的主宰。天是由元气构成的，“天无口目”，当然就不可能有感觉和欲望；同时不具备精神属性，更不具备道德属性，只不过是一种物质存在，更不会有什么意志。王充的天道自然观彻底批判了当时把天说成为“百神之大君”的神秘主义观点。
王充把天看成一种物质，把无意志的天与有意志的人区别开来。而“天人感应”论认为，“天是人间的主宰”，人类是天有意制造出来的。王充认为：“天不能故生人”，“天地合气，人偶自生也；犹夫妇合气，子则自生也。”这就是说，天不能有目的地生产人类，只是由于天地的气互相交合，人类就自然生长出来。王充用男女匹配孕育子女的常见现象类比人类的出现，认为完全是出自气的运动，与上天的意志无关。
董仲舒在谈到自然界的运动时说：“其实非自然也，有使之然者也”。他认为不是物质自己运动，而是有一个外因（天的意志）使它运动的。王充则说：“自然之道，非或为之也”。“物自生”，“气自变”，“地固将自动”。总之，天地万物都是自己运动，没有在自然之外的神秘推动力。王充的天道自然论，论证了天是按着自己的客观规律运行发展的，不存在某种神秘力量。而且天与人以及人类社会没有关联，从而批判了天造人的迷信思想。
王充的天道自然论是针对董仲舒的“天人合一”、“天人感应”理论而发的，他说：“天道自然也，无为，如谴告人，是有为，非自然也。”他把国家出现灾异与人体出现疾病作了恰当的类比，“血脉不调，人生疾病；风气不和，岁生灾异”，认为其中自有原因、规律可循，与所谓的天意无关。他认为天与人之间根本无法沟通，“人不能以行感天，天亦不随行而应人”，“灾变时至，气自为之”。人无法知道天的举动，天不能了解人的行为，天独立于人的意识之外；所谓灾异出现，不过是自然规律变化的结果，从而批判了“天人感应”的荒唐可笑。
王充用当时生产实践中总结出来的自然科学知识来批判“天人感应”的神学目的论。他说：“日月行有常度”，日食、月食、地震、雷雨等等都是自然现象，其发生都是有自然规律可循的，与国家政治的好坏没有关系，所以它们的发生绝非是什么上天的谴告。董仲舒一面把阴阳灾异说成是“谴告”，一面又把凤凰、嘉禾、麒麟、赤雀、白鱼等出现称为“符瑞”，是帝王受天命的象征。王充则指出，文王看见赤雀、武王碰到白鱼，都不过是偶然巧合，并非什么上天的指使。所谓“符瑞”都是牵强附会，没有任何事实依据。这样王充把沟通天人关系的“谴告”、“符瑞”这条绳索斩断了，有力地冲击了天人感应论。
王充的天道自然论是对荀子“明于天人之分”的唯物主义自然观的继承和发挥。王充主张“天道自然”、“人道有为”，反对把主观认识强加于客观世界，反对把自然界拟人化。天人感应论认为：“人君喜则温，怒则寒”，认为人君的喜气以及随之而来的赏赐属阳，阳气温；怒气以及随之而来的刑罚属阴，阴气寒，天人之间“以类相致”，所以统治者的喜怒、赏罚可以直接引起气温的变化。王充则指出，春温、夏暑、秋凉、冬寒都是自然变化，“而谓寒温独应政治”，这是根本说不通的。“然而寒温之至，遭与赏罚同至，变复之家因缘名之矣。”这是说，赏与温，罚与寒，曾经偶然地同时发生，而神秘主义却加以因果联系，把偶然遭遇当做必然联系，以此来论证天人之间具有同类相应当的关系，这不过是封建统治者为了震慑臣民，以利于思想统治的惯用手法。王充对天人感应论的批判是相当深刻的。他的天道自然论，可以说是当时人们认识自然、认识社会的能力提高的体现。
玄学
魏晋时期，在政治上占统治地位的豪强地主（又称门阀士族），凭借特殊的门第长期垄断政权，集中体现了封建统治阶级的贪婪聚敛、荒淫奢侈等恶行。他们越是保守和腐朽，便越感到维护礼教的重要性，这就需要给礼教找个哲学根据。而两汉之间的谶纬神学和天人感应论，经过农民战争的冲击和王充等唯物主义思想的批判后已不那么灵了，需要一种新的理论来修补。于是，那些试图维护现存制度和既得利益的思想家们打起道家的旗号，把老庄思想与儒家思想糅合在一起，创立了“儒道合一”的唯心主义的玄学，以此来论证封建礼教的合理性。
“玄学”一词，源于老子的“玄之又玄，众妙之门”这句话，玄的意思是指玄远、玄妙。玄学家把《老子》、《庄子》和《易经》这几本书总称为“三玄”。玄学的主要代表人物是曹魏正始年间的何晏与王弼，竹林时期的阮籍、嵇康，以及元康时期的向秀、郭象。
自然与名教的关系是玄学中的一个重要命题。“名教”即礼教，是封建社会的政治制度和伦理道德等封建文化的总称；“自然”即魏晋玄学所讲的总规律（道），包括自然观和人生观。魏晋玄学要打破两汉以来封建传统礼教的拘束，主张放任自由的生活态度。他们认为这才是符合自然原则、符合人性的。但是，门阀士族阶级为了维护其自身的政治地位和封建统治，对于伦理规范（名教）就不能采取漠不关心的态度。这在现实生活中，的确给门阀士族带来了一种矛盾：如果完全过着蔑视礼法、放荡不羁的“自然”生活，必然会给封建社会秩序带来危机；如果严格遵守伦理规范，又达不到他们所追求的“自然”状态，即达不到个人极端自由的目的。因此，玄学家把门阀士族们在现实生活中的矛盾，概括为“名教”与“自然”的矛盾。
玄学家从哲学上解决这一矛盾，提出了“名教出于自然”的观点。他们认为，宇宙天地万物皆以自然为本、有自然之性，而人类社会包含于天地万物之中。一切法则，向样以合乎自然为出发点，所谓“圣人达自然之性、畅万物之情，故因而不为、顺而不施。”而建立在国家基础上的一切秩序、制度、等级、道德、伦理等也都是自然的产物。所谓“圣人有则天之德”，“则天成化，道用自然”，要求统治者必须按照自然之性治理人事、协调社会中各种关系，使君臣、父子、夫妇这样一些等级尊卑关系，也能如天地自然一样和谐顺畅，最好地发挥其功用。玄学提倡“名教出于自然”，其实质是在理论上为封建门阀制度的继续存在寻找合理性。
王弼在《老子注》中说：“始制，谓朴散始为官长之时也。始制官长，不可不立名分以定尊卑，故始制有名也。”所谓“朴”指“道”，为兰亭序原始的混沌阶段。其进一步发展，衍生出社会中形形色色的等级差别，由此必须制定各种官位名号，建立统治阶级秩序，是为名器；以之为教化，则为名教。道法自然，器出于道，亦以自然为本，其存在的合理性取决于是否符合自然之道。既然名教出于自然，那么它的制定、推行，都必须从属于无形之道。与道、朴的社会理想相比，名教是手段而不是目的。如果失去道之本而过度追求人为的道德美名乃至于刑法手段，就将开启人的名心、机心、争心，使人心充满伪饰贪鄙之欲念、是非利害之计较，使社会陷入追名逐利、巧诈蜂起的状态，从而使名实反错，国将大乱。