藏象学说，是《黄帝内经》理论体系最核心的部分，也是中医学最基本的部分。藏象学说的主要内容，就是关于脏腑的论述：肝、心、脾、肺、肾为五脏；胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦为六腑。藏象学说以五脏六腑为中心，联系躯体、五官、九窍等组织器官，构成了一个完整的人体。
这种整体联系是以五脏为中心的，包括脏与脏、脏与腑、脏腑与外在体表组织等。在人体的生命活动中，五脏相互联系、相互协调、相互作用，构成了一个天衣无缝的绝妙的生命系统。
有趣的是，为了更形象地阐明五脏六腑的生理功能，《黄帝内经》把古代君臣拿来做比喻：心为君主、肺为宰相、肝是将军、脾是仓禀官、肾是作强官。
心为君主之官，它是人体生命活动的主宰，在脏腑中居首要位置，所以是君主。心的主要生理功能是主血脉。心气旺盛，就能推动血液顺脉流动营养全身，如果血液流动不畅或血脉空虚，就会有心悸、眩晕等病理表现。
肺是宰相之官，它的生理功能是主气，掌管呼吸。在正常的情况下，肺气的上升和下降使全身气道通畅，身体内外的气得以交换，对体内的水液运行和排泄起到调节作用。如果肺的功能失调，会导致痰淤、水肿、胸闷等病症。
肝是将军之官，它主疏泄和藏血。肝是急躁、以武力取胜的将军，有主升、主动的特点，它调畅气机，促进脾胃的运化并调节情绪。当它功能正常时，就会气血通畅、心情舒展，这是脾胃得以正常运行的重要保证。当将军发怒的时候，就是肝功能失调的时候，会出现胸胁胀痛、头晕、头痛、易怒等症状。
脾是仓禀之官，它主管运化、升清并统摄血液。脾功能正常，人体的消化吸收功能才会健全，而如果脾功能减退，就会引起腹泻或大便干燥，食欲不振、倦怠、消瘦的病症。
肾是作强之官，肾主藏精，主水液。精是构成人体的基本物质。肾精的盛衰对人的生长发育和生殖功能起着决定性的作用，同时精气对各脏腑组织有濡养滋润的功能。肾阴肾阳是一身阴阳的根本。肾功能一旦失调就会出现烦热、盗汗、耳鸣、眩晕、腰膝酸软的病理现象。
看起来，五脏异常所产生的病理情况不太容易掌握，但是若与阴阳五行学说相互参考就更容易理解一些，因为《黄帝内经》一直将阴阳五行渗透进每一个细微的角落，而所有大法都是融会贯通的，掌握了其中一点，其他的自然也就迎刃而解了。
我们还是用医案来加强对藏象学说的理解。
元代有一位妇人，三十多岁，忧思不已，饮食没有节制。她脸色发黑，没有光泽，沿嘴唇一圈发黑更为明显。她总觉得饿，饿了也不想吃，气短而急促。罗谦甫为她诊断后说，脾胃在中，传送精微物质，以营养其他脏腑。人的脾胃之气受到损伤，就会影响到其他脏器。这位妇人忧思不断，使得脾胃气结，饮食失调，使水湿上泛。脾胃之气耗损，不能正常发挥土克水的功能，导致水反过来抑制土，肾水为黑色，所以妇人面色发黑，脾胃属土，脾开窍于口，于是黑色也出现在口唇上。《黄帝内经》说：“阳明脉衰于上，面始焦。”这里阳明指胃经，这句话的意思就是说：胃气不足，脸上便没有光泽。所以对于这种病症，治疗的关键在于调理脾胃。对此，罗谦甫对症下药，几剂药服下去后病果然好了。
清代王孟英被请去为一位朱氏夫人看病。这位夫人向来怕吃药，就算是味道极甘的药，也是吃下去便吐。最近这位夫人每天下午三点以后发冷，夜里发热，睡觉出汗，咽喉发干，咳嗽，两胁疼痛，后来饭量逐渐减少，月经也减少了，人也逐渐消瘦，精神很差。王孟英诊断后说，这个病是由于太过抑郁，思虑过度，伤及心脾所致。他想到这位夫人怕吃药，就想出一个妙方。以甘草、小麦、红枣、藕四味煮汤，每日多饮几次。病人尝药以后很喜欢，每天喝个不停，连续服用两个月后病愈。这里的红枣补心，气香开胃，藕舒缓情绪，加上甘草、小麦，能够益气养血，润燥缓急，正好对应病人的病症。
秦伯未先生曾诊治一名男子，年龄33岁，全身浮肿已经好几天了。病人阴囊积水如斗大，大小便闭塞不通，喘息胸闷，皮肤干燥无汗，什么都吃不进去，甚至连水都难以下咽。用西药利尿，刚开始还有点效果，但不久就失效了。用了大剂量的健脾利水温肾的中药，也没有效果。秦先生想到中医理论中有“肺为水之上源”“导水必自高原”之说，在消肿治法里有“提壶揭盖”的措施。于是毅然用大剂量的麻黄汤加减，病人服药两剂后肺气开，利下小便近万毫升，水肿随之消退了。
显然，中医的五脏表里相通、上下相通，将人体上上下下联系成一个个有组织有纪律的工作团队，各司其职，又相互沟通，它们演示了人体生命运动方式，构成了一个绝妙的生命系统。
古代医家为我们积累了许多宝贵经验，他们应用藏象学说不但能了解人体全身的功能，还能够测知隐微的病情。因此，古代医学对人类的研究在阴阳五行的基础上，又前进了一步。