动物疾病以预防为主，应严格按《中华人民共和国动物防疫法》的规定防止动物发病死亡。使用兽药进行预防和治疗时，必须在兽医指导下进行。治疗和诊断疾病所用的兽药必须符合《中华人民共和国兽药典》、《中华人民共和国兽药规范》、《兽药质量标准》、《兽用生物制品质量标准》、《进口兽药质量标准》和《饲料药物添加剂使用规范》的相关规定。所用兽药必须来自具有《兽药生产许可证》和产品批准文号的生产企业，或者具有《进口兽药许可证》的供应商，兽药的标签应符合《兽药管理条例》的规定。肉蛋鸡的抗球虫药应以轮换或穿梭方式使用，以免产生抗药性。
无公害畜禽饲养按规定允许使用的抗菌药和抗寄生虫药，其中治疗药应凭兽医处方购买，要严格遵守规定的用法与用量。休药期应遵守规定时间，未规定休药期的品种，休药期不应少于28天，蛋不应少于7天。
生猪要慎重使用经农业部批准的拟肾上腺素药、平喘药、抗（拟）胆碱药、肾上腺皮质激素类药和解热镇痛药。
畜禽养殖场的免疫接种应根据《中华人民共和国动物防疫法》及其配套法规的要求，结合当地实际情况，有选择地进行疫病的预防接种工作，并注意选择适宜的疫苗、免疫程序和免疫方法。
畜禽养殖场应根据《中华人民共和国动物防疫法》及其配套法规的要求，制定疫病监测方案。常规监测疫病的种类至少应包括：猪场为口蹄疫、猪水泡病、猪瘟、猪繁殖与呼吸综合症、伪狂犬病、乙型脑炎、猪丹毒、布鲁氏菌病、结核病、猪囊尾蚴病、旋毛虫病和弓型虫病；蛋鸡场为高致病性禽流感、鸡新城疫、禽白血病、禽结核病、鸡白痢与伤寒；肉鸡场为高致病性禽流感、鸡新城疫、鸡白痢与伤寒。必要时，还要选择其他一些疫病进行监测。
畜禽养殖场发生疫病或怀疑发生疫病时，驻场兽医应及时进行诊断，并尽快向当地畜牧兽医行政管理部门报告疫情。经确诊发生了疫病时，养殖场应配合当地畜牧兽医行政管理部门，对畜禽实施严格的隔离、扑杀措施。发生重大易传染疫病时，应及时向相关部门报告，并对畜禽实施清群和净化措施，全场进行彻底的清洗消毒，病死或淘汰的畜禽尸体应按规定进行无害化处理。
畜禽养殖场对每群畜禽都应有相关的资料记录，记录内容包括：动物来源，饲料消耗情况，发病率、死亡率及发病死亡原因，无害化处理情况，实验室检查及其结果，用药及免疫接种情况，畜禽发运目的地等，所有记录应在清群后保存2年以上。
无公害畜禽饲养对饲料的要求
无公害畜禽饲养的饲料原料应保持的新鲜，具有该品种应有的色、嗅、味和组织形态特征，无发霉、发酵、变质、结块及异味。有害物质及微生物允许量应符合饲料卫生标准的要求。饲料原料中若含有饲料添加剂的应做相应说明，制药工业副产品不应用做无公害畜禽饲料的原料。蛋鸡饲料应以玉米、豆饼粕为主要原料，使用杂饼粕时用量不宜过大。
饲料添加剂应具有该品种应有的色、嗅、味和组织形态特征，无异味、发霉、变质。饲料中使用的营养性饲料添加剂和一般性饲料添加剂应是无公害畜禽饲养饲料中允许使用的品种，或取得试生产产品批准文号的新饲料添加剂品种。饲料中使用的饲料添加剂产品应是取得饲料添加剂产品生产许可证的正规企业生产的、具有产品批准文号的产品，饲料添加剂的使用应遵照产品饲料标签所规定的用法和用量。
药物饲料添加剂应按照药物饲料添加剂使用规范执行，禁止在饲料中长期使用添加药物，产蛋期及开产5周的蛋鸡饲料中不应使用药物饲料添加剂（中草药有特殊规定的除外）。生猪饲料中不应添加国家严禁使用的盐酸克伦特罗等违禁药物，也不应直接添加兽药。使用药物饲料添加剂应严格执行休药期制度。
配合饲料、浓缩饲料和添加剂预混合饲料应色泽一致，无发酵霉变、结块及异味。有害物质及微生物允许量应符合相关标准要求。饲料中不应使用违禁药物。
无公害畜禽饲养对饲料加工的要求
饲料企业的工厂设计与设施卫生、工厂卫生管理和生产过程的卫生应符合配合饲料企业卫生规范的要求。生产含有药物饲料添加剂的饲料时，应根据药物类型，先生产药物含量低的饲料，再依次生产药物含量高的饲料。同一班次应先生产不添加药物饲料添加剂的饲料，然后生产添加药物饲料添加剂的饲料。为防止加入药物饲料添加剂的饲料产品生产过程中的交叉污染，在生产加入不同药物添加剂的饲料产品时，对所用的生产设备、工具、容器应进行彻底清理。新接受的饲料原料和各个批次生产的饲料产品均应保留样品。样品保留时间为该批产品保质期满后3个月。
饲料包装应完整，无漏洞、无污染和异味。包装材料应符合配合饲料企业卫生规范的要求。标签应符合规定，并附在商品饲料的包装物上。包装印刷油墨无毒，不应向内容物渗漏。
饲料的贮存应符合配合饲料企业卫生规范的要求。不合格和变质饲料应做无害化处理，不应存放在饲料贮存场所内。贮存场所不应使用化学灭鼠药和杀鸟剂。运输工具应符合配合饲料企业卫生规范的要求，运输时应防止污染，保持包装的完整，不应使用运输畜禽等动物的车辆运输饲料产品，饲料运输工具和装卸场地应定期清洗消毒。
无公害猪肉的标准
加工无公害猪肉的活猪必须来自按无公害生猪饲养管理规定组织生产的养猪场，并经当地动物防疫监督机构检验合格。无公害猪肉的屠宰必须按照《中华人民共和国动物防疫法》和《生猪屠宰管理条例》的要求，实行定点屠宰、集中检疫，屠宰条件必须符合畜禽屠宰加工通用技术条件的要求，屠宰加工需按生猪屠宰操作规程和畜禽屠宰卫生检疫规范的规定进行。进入屠宰场前，本地生猪严格按照规定进行产地检疫，检疫合格后，方可进入屠宰厂。
感官要求鲜猪肉的肌肉应有光泽，红色均匀，脂肪乳白色；纤维清晰，有坚韧性，指压后凹陷能立即恢复；外表湿润，不粘手；有鲜猪肉固有气味，无异味；煮沸后肉汤澄清透明，脂肪团聚于表面。冻猪肉的肌肉有光泽，红色或稍暗，脂肪白色；肉质紧密，有坚韧性，解冻后指压凹陷恢复较慢；外表湿润，切面有渗出液，不粘手；解冻后有鲜猪肉固有气味，无异味；煮沸后肉汤澄清透明或稍有浑浊，脂肪团聚于表面。
无公害猪肉必须加盖《中华人民共和国动物防疫法》规定的检验验讫印章、《生猪屠宰管理条例》规定的肉类品质检验合格验讫印章和无公害猪肉标志。无公害猪肉的内外包装（销售包装）标志应符合规定。包装材料应符合国家食品卫生标准。
产品应贮存在通风良好的场所，不可与有害、有毒、有异味、易挥发、易腐蚀的物品同处贮存。运输应使用符合食品卫生要求的专用冷藏车（船），不得与有对产品发生不良影响的物品混装。
无公害鸡肉的标准
加工无公害鸡肉的活鸡饲养过程应符合无公害肉鸡饲养标准的要求，并经检疫、检验合格，屠宰加工应经检疫、检验合格后再进行，在加工过程中不用任何化学合成的防腐剂、添加剂及人工色素。
分割鸡体时应先预冷后分割，分割后的鸡体各部位应修剪外伤、血点、血污、羽毛根等。从活鸡放血至加工或分割产品到包装入冷库时间不得超过2小时。需冷冻的产品，应在－35℃以下环境中，其中心温度应在12小时内达到－15℃以下。感官要求眼球饱满、平坦或稍凹陷；皮肤有光泽，肌肉切面有光泽，并有该禽固有色泽；外表微干或稍湿润，不粘手；肌肉指压后的凹陷立即恢复，有弹性，具有该禽固有的气味；煮沸后肉汤透明澄清，脂肪团聚于表面，具固有香味。
无公害鸡肉的内外包装（销售包装）标志应符合规定，包装材料应符合国家食品卫生标准。分割冻鸡产品应贮存在－18℃以下的冷冻库，库温一昼夜升温不得超过－15℃。
无公害鸡蛋的标准
无公害鸡蛋应来自按无公害蛋鸡饲养管理准则要求组织生产的养鸡场。感官上蛋壳清洁完整，灯光透视时，整个蛋呈橘黄色至橙红色，蛋黄可视或略见阴影。打开后蛋黄凸起、完整、有韧性，蛋白澄清、透明，稀稠分明，无异味。
无公害鸡蛋产品的外包装要采用特制木箱、纸箱、塑料箱等。内包装采用蛋托或纸格，蛋的大头向上放入蛋托或纸格内，不得空格漏装，成品外包装应贴有符合规定的标签。贮存冷库温度为-1℃～0℃，相对湿度保持在80%～90%。运输工具应清洁卫生，无异味，在运输搬运过程中应轻拿轻放，防潮、防曝晒、防雨淋、防污染和防冻。
无公害牛肉的标准
加工无公害牛肉的活牛必须来自非疫区，经当地动物防疫监督机构检验合格。屠宰加工规范及卫生检验要求按要求执行。感官要求鲜牛肉肌肉有光泽，红色均匀，脂肪白色或微黄色；纤维清晰，有坚韧性；外表微干或湿润，不粘手，切面湿润；指压后凹陷立即恢复；有弹性；具有鲜牛肉固有的气味，无臭味，无异味；煮沸后肉汤澄清透明，脂肪团聚于表面，具特有香味。冻牛肉的肌肉有光泽，红色或稍暗，脂肪洁白或微黄色；肉质紧密、坚实；外表微干或有风干膜或外表湿润不粘手，切面湿润不粘手；解冻后指压凹陷恢复较慢；解冻后具有牛肉固有的气味，无异味；煮沸后肉汤澄清透明或稍有浑浊，脂肪团聚于表面，具特有香味。
无公害牛肉的包装材料应符合相应的国家食品卫生标准。产品应贮存在通风良好的场所，不得与有毒、有害、有异味、易挥发、易腐蚀的物品同处贮存。产品运输应使用符合食品卫生要求的专用冷藏车（船），不能与易对产品发生不良影响的物品混装。