有机食品加工对配料、添加剂和加工助剂有相应的规定，对加工工艺有相应的要求，在贮藏运输和包装上也有具体的规定。
有机食品加工对原料的要求
有机食品加工企业加工所用的主要原料必须是经认证的有机原料，这些原料在终产品中所占的重量或体积应不少于95%。也就是说，在无法获得有机配料时，允许使用常规的，但非人工合成的配料，其总量不得超过5%。一旦有条件获得认证的有机配料时，应立即用有机配料替换非有机配料；所有使用了非有机配料的单位都必须提交将其配料转换为100%有机配料的计划。有机食品中的同一种原料和配料不允许既有有机来源的又有非有机来源的。
作为配料的水、食用盐和食用酒精，只要符合国家食品卫生标准可免于认证，且不计入有机原料中，但以酒精为主要成分的产品必须使用获得有机认证的酒精。允许使用《食品添加剂使用卫生标准》中指定的天然色素、香料和添加剂，但禁止使用人工合成的色素、香料和添加剂，禁止使用化学合成的调味品、色素。不得使用超出允许使用范围的非自然来源的加工配料和加工助剂。禁止在有机食品加工中使用来自基因工程的配料、添加剂和加工助剂。
有机食品加工的要求
有机食品加工应该配备专用设备，如果不得不与常规加工共用设备，则在常规加工结束后必须彻底清洗，并不得有清洗剂残留。有机食品在加工中不得与常规食品放置在同一场所或贮存在一起。
加工工艺必须不破坏食品的主要营养成分，可以使用机械方法、冷冻、加热、微波、烟熏等处理方法及微生物发酵工艺。可以采用提取、浓缩、沉淀和过滤工艺，但提取溶剂仅限于符合国家食品卫生标准的水、乙醇、动植物油、醋、二氧化碳、氮或羧酸，在提取和浓缩工艺中不得采用其他化学试剂。
有机食品加工的用水水质必须达到相关标准，加工单位排放废弃物必须达到相应标准。允许使用二氧化碳和氮作为包装填充剂，禁止在食品加工和贮藏过程中采用离子辐射处理，用于改变食品的分子结构，以控制食品中的微生物、寄生虫和害虫，从而达到保存食品或抑制诸如发芽或成熟等生理学过程中的目的。
有机食品加工场所必须干净、整洁，不受有害动物或昆虫的侵扰。应通过加强加工场所的卫生管理来控制虫害，彻底消除害虫的孳生条件。
有机食品加工场所的有害生物防治时，允许使用机械类的、信息素类的、气味类的、黏着性的捕害工具、物理障碍、硅藻土和声光电器具作为防治害虫的设施或材料。
允许使用中草药或维生素D为基本有效成分的杀鼠剂。在加工贮藏场所遭受害虫严重侵袭的紧急情况下，提倡使用中草药进行喷雾和熏蒸处理，限制使用硫磺。
有机食品贮藏的要求
有机食品在贮存过程中不得受到其他物质的污染，要确保有机认证产品的完整性。贮藏产品的仓库必须干净、无公害、无有害物质残留，在最近一周内未用任何禁用物质处理过。
有机食品应单独存放。如果不得不与常规食品共同存放，必须在仓库内划出特定区域，采取必要的包装、标签等措施确保有机食品不与非认证食品混放。食品出入库和库存量必须有完整的档案记录，并保留相应的单据。
有机食品提倡使用由木、竹、植物茎叶和纸制成的包装材料，允许使用符合卫生要求的其他包装材料。不得使用容易使有机食品产生污染的塑料制品等包装，包装应简单、实用、避免过度包装，并应考虑包装材料的回收利用。
有机食品运输的要求
运输有机食品的工具在装载有机产品前应清洗干净。有机产品在运输过程中应避免受到污染。在运输和装卸过程中，外包装上的有机认证标志及有关说明不得被玷污或损毁。运输和装卸过程必须有完整的档案记录，并保留相应的单据。
有机食品的标识有什么规定
标识指出现在产品的标签上，附在产品上或显示在产品附近的书面、印刷或图解形式的表示。有机认证标志是注册证明商标，获得认证的产品可以使用此标志。标志在使用时可等比例放大或缩小，不可变形或变色。
对加工产品，如果获得有机认证的原料在终产品中所占的比例在95%以上，并且是由颁证委员会认可的设施加工和包装的，可以使用有机认证标志；如果获得认证的原料在终产品中所占的比例不足95%，但超过70%，可以用文字描述认证的原料及所占的比例，但不能使用有机认证标志。由多种原料加工成的产品，必须在产品的外包装上按照由多到少的顺序逐一列出各种原料的名称及所占的重量百分比，并注明哪些是通过有机认证的。获得有机转换认证的产品可以使用有机转换标志，但必须在包装上明确注明为有机转换产品。
在产品的外包装上必须标明生产或加工单位的名称、地址、认证证书号、生产日期及批号。完全由符合要求的野生材料制成的产品应清楚地标明“野生”或“天然”字样，动物配合饲料的标签上应清楚地标明适用的畜禽种类和用途以及是否已证明营养充足。产品标识不能错误地诱导消费者，在产品的外包装上印刷标志或说明的油墨必须无毒、无刺激性气味。