目前国内外以植酸钙镁为原料，用水解的方法生产肌醇有许多不同的工艺路线和操作条件。就国内的肌醇生产而言，虽然生产路线大体相同，但部分工序的顺序和操作条件也略有不同。采用不同的工艺，都是为了最大限度地利用原材料，提高肌醇的得率和质量，降低生产成本。
肌醇生产工艺的操作要点如下：
（1）打浆。以水膏状的植酸钙镁为原料生产肌醇，可将原料直接送入水解锅。如以干燥的植酸钙镁为原料，送入水解工序之前需经打浆处理，即将原料放入打浆锅（桶）中，加水充分搅拌，打成糊状，以利于水解和便于吸入水解锅。打浆时，夏天可直接注入清水，冬天要加温水，以促使植酸钙镁较快地吸收水分。
（2）水解。植酸钙镁在一定的条件下加水即分解为肌醇和磷酸盐等。完成这一水解反应，可在常压和加压的条件下进行，但常压水解需加催化剂，水解周期也长，且肌醇得率低，所以目前国内外普遍采用加压的水解方法。也就是在加压的条件下，促使植酸钙镁迅速水解，这样不仅可以缩短水解周期，而且还可以提高肌醇的得率。
利用真空将打成浆状的植酸钙镁（菲丁）吸入水解锅，开动搅拌（60转／分左右），用直接蒸汽、夹层蒸汽或油浴（内装电热棒）升温升压。水解10小时左右，当pH值达到3左右时，即水解完毕可以出料。
（3）中和。在植酸钙镁水解后的生成物中，除肌醇以外，还有水不溶性的磷酸盐（主要是磷酸镁和磷酸钙镁）及水溶性的磷酸和磷酸酸式盐（磷酸氢钙、磷酸二氢钙）。为了提高肌醇溶液的纯度，对于其中的水不溶性磷酸盐可通过过滤除去，水溶性的物质可采用加入石灰乳的方法。
（4）过滤。中和后的溶液中，大部分杂质都已生成沉淀物，而肌醇仍然溶解在溶液中，通过压滤即可把沉淀物从肌醇的水溶液中分出。
过滤时，把中和锅内的悬浮液用空气压缩机压入滤机，待滤饼越来越厚时，阻力增大，过滤速度减慢，此时应增加压力。当滤饼注满时，用压缩空气吹干，以提高滤液的得率。
由于一次滤饼中残存一部分肌醇，必须重新加水冲洗，将过滤后的洗液并入滤液送至下道工序。二次滤渣中全磷的含量在30%以上，有效磷在20%左右，因此可作为肥料。
（5）脱色过滤。利用活性炭具有吸附色素及杂质的性质，除去中和滤液中的色素及杂质，得到较纯净的肌醇溶液。
将中和滤液分批吸入密闭的脱色锅，加入溶液量0．5%～1．5％的活性炭（也可分次脱色），加热煮沸，保温15~20分钟，然后再进行压滤，滤液送去浓缩。
（6）浓缩。肌醇溶液经过前几道工序处理后，虽然大部分杂质已经除去，但因含有大量水分，肌醇仍不能结晶析出，故需要浓缩用真空将滤液吸入真空蒸发器，升温抽真空进行浓缩，真空度一般控制在600～650毫米汞柱。当浓缩液的相对密度达1.28～1．30时，即为浓缩终点。有的生产单位为防止蒸发器加热管壁结垢，影响传热效果，采用先真空浓缩至相对密度为1．1，再送入搪瓷锅敞口浓缩至相对密度为1．28～1．30。但敞口浓缩会使溶液的颜色加深，后处理工序麻烦，若能用薄膜蒸发器浓缩，则可节省时间，提高肌醇的质量。
（7）冷却结晶及分离。将相对密度为1．28～1．30的浓缩液放入搪瓷冷却锅内，开动搅拌和夹层冷却水，待冷至32℃，开始析出结晶，冷至30℃时有大量结晶析出，此时即可放出进行离心分离。分离后期可用少量蒸馏水冲洗，以进一步除去杂质，提高肌醇粗制品的质量。分离以后，粗制肌醇送去精制，母液导入脱色锅套用，以回收其中的肌醇。
（8）精制。粗制肌醇中仍含有少量的色素、杂质等，为了进一步提高纯度，以达到药典要求的指标，需用活性炭、蒸馏水等进一步精制处理。
将粗制品和蒸馏水按1∶1．2的配比投入不锈钢精制锅中，加热使其全部溶解。加入约占粗制肌醇重量1.5％～2．0％的药用活性炭（加入量也可视粗制肌醇的颜色深浅而定），加热至微沸，保温15～20分钟后，即用砂芯棒抽滤至不锈钢冷却锅，开搅拌和冷却水，当冷至32℃左右时进行离心分离。此时温度不宜过低，否则熔点较低的杂质容易析出混入肌醇成品中。在分离后期，待母液甩干后，同样可用少量的蒸馏水冲洗，以进一步除去氯根、硫酸根和钙离子等杂质。然后取样分别用氯化钡检验硫酸根（如用盐酸浸泡糠饼粕可以不做），用草酸铵检验钙离子，用硝酸银检验氯离子。检验结果若有少量沉淀生成，证明肌醇中还有少量杂质未除去，需用蒸馏水再次冲洗，至无沉淀生成为止。如经检验有较多的沉淀生成，则需要二次精制处理，至全无白色沉淀生成，最后加入少量的药用酒精冲洗分离，即得湿精制肌醇。精制过程中分出的母液，可经浓缩结晶后送入精制工序，以尽可能地减少肌醇的损失。
（9）干燥。湿精制肌醇放在搪瓷盘中，摊开用布包盖好，置烘炉或烘箱中，在60℃～70℃下烘干，即得成品。