竹荪制种和栽培所需要的环境条件也非常适宜各种病虫害的发生，加上竹荪生长周期长，多数情况下又不太适宜用药剂防治，因此，在栽培过程中，应贯彻“预防为主，综合防治”的方针，控制病虫害的发生与发展，将损失减小到最低限度。主要措施如下：
（1）杜绝病虫来源。
由于病虫主要来源于菌种厂，或栽培场地原有的杂菌、虫卵及幼虫，或是培养料未经灭菌或灭菌不彻底带入的病菌、虫卵，或是因母种不纯而带入的杂菌或螨类，成为覆土中的病菌与害虫，或是竹荪的香味引来的害虫，或操作人员人为带入的病虫等。所以必须针对其来源，做好以下各项工作：
其一，搞好环境卫生。菌种厂及其周围场所，除应搞好清洁卫生外，还必须定期消毒，将废弃物和污染物及时烧毁或深埋，以防污染环境，传播病虫。栽培场地及四周必须清理干净，排水通畅。严防积水或污水流入场地。畦底事先喷洒灭蚁灵、敌敌畏、多菌灵、茶籽饼水等进行消毒。工作人员进入接种室或菇房，需更换衣物，洗净双手，以防病虫、杂菌随衣物及人的操作带入。
其二，用具和材料消毒。竹荪栽培所用的工具都应及时洗净，定期消毒。铺设床架所用的竹、木、水泥等材料都必须彻底消毒，铺垫物要喷洒杀虫剂，最好在进料前对菇床进行一次消毒。
其三，培养料、覆土要防污染。培养材料要求新鲜、干燥及无霉变，最好事先进行日光曝晒或药物蒸煮，达到灭菌效果后使用，做到不带入病菌、虫卵。覆土用的土壤和竹叶等必须经过日晒或药物处理，同时要经常在畦面（现蕾前）喷洒0.5％的敌敌畏液或10％的氨氰菊酯乳油5000倍液，以防止害虫的入侵。
（2）选用优良菌种。
选择抗逆性强的优良菌种，废除带病虫的菌种，同时还要求适时播种，稍加大菌种的用量，以利于尽快发菌封料，避免杂菌侵入。
（3）改变环境因子。
环境条件是影响病虫害发生与发展的重要条件。当环境条件有利于竹荪生长发育而不利于病虫、杂菌发生时，菌体生命力旺盛、抗逆性强，病虫、杂菌就不易发生甚至不能发生。反之，病虫、杂菌就会乘虚而入，迅速发展。因此，在竹荪栽培过程中，创造适应竹荪生长发育的最适环境条件，也是一项重要的预防措施。
（4）药剂防治。
在竹荪栽培过程中，除原材料、场地必须经过药剂消毒外，在竹荪生长期间，特别是开伞后，一般不应使用药剂防治。即使用药也要经过慎重选择，选用高效、低毒、低残留性的农药，保证既不影响竹荪的正常生长发育，又没有残留药物影响食用和出口。农药的种类很多，按毒杀对象可分为：
其一，杀菌剂。杀菌剂又分为杀真菌剂和杀细菌剂。杀真菌剂目前主要使用的有多菌灵、苯菌灵、甲基托布津等；杀细菌剂常用兽用抗生素，如链霉素、青霉素等。
其二，杀虫剂。竹荪害虫种类很多，可以针对不同的种类和发生时间用不同的药剂。实践证明，对发生的螨类、跳虫或蛆类害虫，在开伞前使用敌敌畏等比较好。菇房使用熏蒸类药物药效较理想。马拉硫磷、二嗪农、辛硫磷、三氯杀螨醇等都是较理想的杀虫、杀螨剂。
其三，毒杀有害动物的药剂。毒杀有害动物的药剂有多聚乙醛、磷化锌等胃毒剂及茶籽饼水等触杀剂。