利用秸秆制作鱼饲料有两种方法：一种是经微贮复合菌发酵来制作鱼饲料，另一种是通过应用光合细菌制作鱼饲料。
经微贮复合菌发酵技术要点如下：
（1）秸秆微贮菌液配制。5克秸秆的微贮复合菌可处理麦秆、秸秆、玉米秆1 000千克或青饲料2 000千克。在处理秸秆前，先将微贮复合菌倒入500毫升浓度为1%的葡萄糖溶液中，然后在25℃左右温度下放置1～2小时，使菌种复合，再倒入1 000～1 500千克洁净的0.8%～1%食盐水中均匀。
（2）秸秆规格及入窖方法。秸秆粉碎至长3～5厘米。入窖时，先铺放20～30厘米厚的秸秆，然后均匀喷洒菌液水，压实后再铺放20～30厘米厚的秸秆，再喷洒菌液压实，直至高出窖口30～40厘米再封口。如果当天没装满，可盖上塑料薄膜，第二天装满。在微贮麦秸或稻秸时，可铺一层加一层大麦粉或麸皮、米糠等精料，用量为5‰，为初期菌种繁殖提供一定营养物质，提高微贮质量。
（3）封窖方法。充分压实后，在最上层均匀撒上食盐，用量为每平方米250克，盖上塑膜密封，保证微贮窖内呈现厌氧状态。秸秆微贮过程中，严防漏气漏水。封窖后20～30天，即可完成发酵过程。秸秆微贮饲料主要喂养草食性鱼类。
通过应用光合细菌制作鱼饲料的技术要点如下：
（1）用粉碎机将作物秸秆粉碎。
（2）将秸秆粉放进发酵池内，加入秸秆粉重量80%的水、1%的复合酶、1%的氯化钠、0.5%的活酵母、0.5%的乳酸菌充分搅拌均匀。
（3）接入3%的光合细菌，在15℃～35℃温度下培养2天。当料层长满白色菌丝并发出香味时，即得高效鱼类生物饲料。