莱特湾海战虽然取得了重大胜利，但也暴露了很多问题，美军由于没有组成统一的作战指挥部，参战的两个舰队仍属两个战区统辖，因此协调很差。战斗中出现了一些险情，而这种状况几乎使美军处于不利态势。这种态势的造成在某种程度上说也与哈尔西作出的决定有直接关系。
海战结束后，哈尔西为此遭到激烈批评。但尼米兹和金上将拒绝对哈尔西作出处分，并以哈尔西在这次大海战中获得的战果为其辩解。当时麦克阿瑟也起劲为哈尔西护短，他说：“不要对‘蛮牛’再说长道短了。在我的名册上，他仍然是一个善战的海军将领。”
罗斯福在1945年1月的国情咨文中也这样说：“哈尔西将军报告说对莱特岛的直接进攻……加速了菲律宾的解放和最后的胜利，同时也保住了许多人的生命。否则为了攻占那些现在已被占领的和留在我们战线后方的岛屿就要死不少人。”
由于这么多头面人物的支持，才使风波平息下来。而且，为了表彰哈尔西在菲律宾战役中的贡献，罗斯福总统还亲自将第3枚“优异服务勋章”挂在哈尔西的胸前。
1945年1月26日，哈尔西把指挥权交给斯普鲁恩斯。5月18日，又披挂上阵，以“密苏里”号为旗舰。7月1日，哈尔西率舰从莱特湾启程，发动太平洋战争中最后的海军攻势。
8月6日，美军在广岛投下第一颗原子弹。8月15日，日本宣布投降。9月2日举行日本投降签字仪式。签字仪式在一艘以海军部长福莱斯特家乡命名的战列舰上举行，这艘舰恰巧是哈尔西的旗舰“密苏里”号。说来也巧，40年前哈尔西在“密苏里”号开始自己的海军生涯，现在他又要在“密苏里”号上迎接他一生中最光荣的时刻，他感到无比的欣慰。
哈尔西费尽心思安排了这次举世瞩目的仪式。尼米兹代表美国政府签字时，哈尔西则站在他的身后，并得到尼米兹签字的三支笔中的一支。至此，第二次世界大战结束。
1945年10月15日，哈尔西回国受到举国上下的热烈欢迎。一位战地记者报道：“战争中最著名的海军部队——哈尔西的第3舰队，今天回家了！”回国后，哈尔西官升五星上将，并且获得第4枚“优异服务勋章”。
哈尔西在二战中的经历令世人瞩目，他从“密苏里”号开始他的海军历程，至二战结束，他的事业达到了顶峰，代表美国政府参加了日本政府的投降签字仪式，与历史一起定格在带给他起点又带给他辉煌的“密苏里”号战舰上。