所罗门战役结束后，哈尔西并没有使自己闲下来，他开始策划下一步的作战计划。
但这时在指挥关系上出现了一种错综复杂的情况：哈尔西既要自行制定周密的作战计划，又要接受来自两个方面的领导。一方面，在全局性的战略问题上，要接受麦克阿瑟将军的领导；另一方面，执行作战计划所需要的舰船、地面部队和飞机等，又必须请求尼米兹将军予以调遣。这一双重身份给哈尔西的日后工作带来了麻烦。很快，“蛮牛”哈尔西和倔强的麦克阿瑟就发生了冲突。
事情的经过是这样的：
哈尔西在制定下一步作战计划时，因攻占新几内亚和菲律宾的需要，要在靠近新几内亚的马努岛上开设海军基地。尼米兹知道这一情况后，便草拟一份电文发给海军作战部，建议把哈尔西的作战区域适当扩大，使马努斯处于哈尔西的直接指挥下。发文前，尼米兹以副本形式通知了麦克阿瑟。
在权力问题上格外敏感和计较的麦克阿瑟因此得出了这样的结论：哈尔西和尼米兹等人篡取了他的权力。于是他下令：在马努斯的管辖权确定之前，工程只限于他直接指挥下的部分舰只所必需的设施。
麦克阿瑟的话音刚落，哈尔西就断然地说：“你错了，将军，我不同意你的意见！不仅如此，我还要告诉你，如果坚持你的命令，那将阻碍战争的进程！”在进一步阐述自己的观点后，哈尔西这样结束了发言：“我对马努斯的指挥权并不在意，我所关心的只是迅速地建好那个基地。我只要求，当我的部队开始进攻新几内亚或菲律宾时，这个基地业已竣工交付使用！”
哈尔西的态度如此直率不仅使麦克阿瑟一怔，也使其他参谋人员感到惊讶。随后，哈尔西与麦克阿瑟还发生了激烈的争论，但哈尔西仍寸步不让。面对比自己更为倔强的哈尔西，麦克阿瑟也只有认输了。
“蛮牛”哈尔西果然名不虚传。
1944年6月15日，哈尔西接收了斯普鲁恩斯指挥下的第5舰队，使之并入自己的第3舰队，从而将第3舰队的阵容大大扩展，成为一支以4艘航空母舰群为主体的、拥有5000余艘舰船的庞大舰队。虽然这时他和尼米兹都主张直接进攻菲律宾，但他们的主张没有被接受。尽管如此，哈尔西还是在8月24日率领他的第3舰队浩浩荡荡地开向加罗林群岛。
加罗林战役中，哈尔西的部队在很短的时间里就歼灭日机480架，击败敌舰近百艘，炸毁了许多岛上设施，而美军只损失39架飞机。美军已以压倒优势的海空军兵力，使加罗林群岛成了囊中之物。
哈尔西用事实证明了他的想法，美军可以迅速直捣菲律宾的心脏地区。
这时，哈尔西还发现，日军在菲律宾西岸的防务十分薄弱。于是，他再次提出进攻菲律宾的建议。此时，英美两国参谋长正在魁北克开会。他们讨论哈尔西提出的建议，又用无线电征求麦克阿瑟的意见，哈尔西的建议最终得到批准。
参谋长会议决定：10月20日在莱特岛登陆，这样比原定计划提早了两个月。
1944年10月，哈尔西率领第3舰队开赴菲律宾战场。在战役打响之前，哈尔西不遗余力地进行了大规模的空中轰炸，致使马尼拉当地的日本基地和港口瓦砾飞扬，火光冲天，日军损失惨重。10月12日，日美双方爆发了一场“台湾近海航空战”，日本飞机遭到重创。10月14日，哈尔西亲自挥师南下菲律宾。10月20日，美军大举登陆莱特岛。
1945年9月2日，日本向盟军投降仪式在东京湾“密苏里”号军舰上举行。对日本来说，菲律宾至关重要。一旦失守，日本与东南亚各地的海上交通线路将被切断，所以为了保住菲律宾，日本决定孤注一掷进行死拼。但日军由于航渡组织不严密，空中掩护无力，突击也没有做到出其不意，而且各舰队之间的通讯联络也很差，因此日本的各编队在海空战中被各个击破。20日黄昏，6万名美军官兵和10多万吨物资已经上岸。莱特湾海战大捷，在第二次世界大战中具有深远的战略意义，因为美军占领莱特，意味着向菲律宾的大门已经打开，而日本从海上通往东南亚的通道被切断。太平洋战争已接近尾声了。