“序分”叙述了慧能于大梵寺说法，法海集记《坛经》的缘起。“正宗分”是《坛经》经文的主体部分，是慧能大梵寺说法的内容，也包括以后慧能与弟子们的答问，这部分经文约占全经经文的三分之二，集中阐述了慧能独创性的禅宗学说。“流通分”是全经的第三部分，也是最后一个部分，叙述了慧能去世前对十弟子等的付嘱及临终前后的情形。
《坛经》中所体现出的六祖慧能禅学的特点，大致可以概括为三个主要方面：
第一个方面，是提出“即心是佛”论。慧能禅学的出发点，是“识自本心，见自本性”，人人都有佛性。见性，就可以成佛。“心是地，性是王”，二者是不可分的，“性在王在，性去王无；性在身心在，性去身心坏”。
慧能认为，“菩提般若之智，世人本自有之”，但是，如果心迷，就不能自悟本性。“自性若悟，众生是佛。”他说：“自心皈依自性，是皈依真佛。”
基于这样的认识，慧能认为“万法尽在自心”，“外无一物而能建立，皆是本心生万种法”。故经云：“心生，种种法生；心灭，种种法灭。”他进而得出“于自性中万法皆现”的结论。
慧能的禅学，是让参学者直接从自己的心中体悟“佛意”，承传释迦牟尼佛“教外别传”的“心法”。这种“以心传心”的传承方式，也是禅宗初创时的基本原则。
自《坛经》以后，即心是佛已成为禅学常谈。
六祖慧能禅学的第二个特点，是在“即心是佛”认识之上，提倡“顿悟成佛”的修行观。他不主张传统坐禅的修行方式。他说：“道由心悟，岂在坐也？”他对禅定重新加以定义：“外离相即禅，内不乱即定。外禅内定，是为禅定。”他举出《菩萨戒经》中“我本元自性清静”的经文，进一步发挥出他的修行方式，说：“于念念中，自见本性清净，自修自行，自成佛道。”他认为，“若识本心，即刻解脱”。“一念修行，自身等佛。……前念迷即凡夫，后念悟即佛。前念著境即烦恼，后念离境即菩提。……若识自性，一悟即全佛也”。
所谓“一悟即全佛”，也就是顿悟成佛。《坛经》中多次强调，“悟即元无差别，不悟即长劫轮回”。
慧能说：“自性自悟，顿悟顿修，亦无渐次，所以不立一切法。诸法寂灭，有何次第？”他打比方说：“一灯能除千年暗，一智能灭万年愚。”
慧能的顿悟说，立足于当下的现实之心，就是自心般若在念念无著中的自然显现。他说：“本性自净自定，只为见境思境即乱。若见诸境心不乱者，是真定也。”他借五祖弘忍的话说：“无上菩提须得言下识自本心，见自本性，不生不灭。于一切时中，念念自见万法无滞；一真一切真，万境自如如。如如之心即是真实。若如是见，即是无上菩提之自性也。”
如何能实现顿悟呢？慧能自称：“我此法门，从上以来，先立无念为宗，无相为体，无住为本。”对“无念”，慧能解释说：“何名无念？若见一切法，心不染著，是为无念。”
慧能甚至认为，“悟无念法者，万法尽通。悟无念法者，见诸佛境界。悟无念法者，至佛地位。善知识，后代得吾法者，将此顿教法门于同见同行，发愿受持，如事佛故，终身而不退者，定入圣位”。
《坛经》中记载的禅僧法达的开悟机缘很能说明这一问题。法达曾经读诵《法华经》七年，“心迷不知正法之处，经上有疑”，请慧能为其解答。慧能告诉他，“心行转《法华》，不行《法华》转；心正转《法华》，心邪《法华》转；开佛知见转《法华》，开众生知见被《法华》转”。法达一闻，“言下大悟”。
《坛经》明确指出，“世人终日口念般若，不识自性般若，犹如说食不饱。口但说空，万劫不得见性，终无有益”。
《坛经》体现六祖慧能禅学的第三个特点，就是不落两边的“中道观”。佛教的理论体系是圆融无碍的，但用言语表述，往往容易出现偏颇。
“中道”最初是印度龙树一派的方法论。慧能把它引申沿用过来，在论证自己的禅学观点时，他从空无观点出发，提出“不着一边”和“出语尽双”的观点。他在圆寂前，传授十大弟子时说：“先须举三科法门，动用三十六对，出没即离两边，说一切法，莫离自性。忽有人问汝法，出语尽双，皆取对法，来去相因，究竟二法尽除，更无去处。”
慧能举出三十六个相对的词汇，分为三类，就是外境无性对、法相语言对、自性起用对等“三科”。
比如，外境无性对有五个：“天与地对，日与月对，明与暗对，阴与阳对，水与火对。”慧能叫弟子顾及两边，非这边也非那边，“中道”就是不偏在一边。比方：“何名为暗？”他认为“明是因，暗是缘，明没即暗，以明显暗，以暗显明，来去相因，成中道义”。
对三十六对法，他说：“依此说，依此用，依此行，依此作，即不失本宗。……若解用，即通贯一切经法，出入即离两边。”
比如谈“空”与“相”，慧能举例说：“外于相离相，内于空离空。若全着相，即长邪见；若全执空，即长无明。”
禅宗主张不立文字，就是如果对“第一义”有所拟说，就不免有所肯定，执著一边。这种着边的话头，都叫做“粗言”或“死话”。中道认为，肯定即是否定，肯定一边，即是否定另一边。不着一边，才能达到心体释然，应用自在。
慧能的这种“出语尽双”“不着一边”的主张，直接影响了以后禅宗的“公案学”。只有超出两边，问答的双方才能毫无所得，而达到真正的解悟。
通览中国僧人的佛教著述，都是“释经”，即在解释佛说的基础上发挥自己的观点。太虚大师说这是“依教修观的禅”或“依教修心之禅”；胡适先生把“释经”定义为“印度之禅”或“半中半印的禅”。
《坛经》则不同，它是中国僧人著述中唯一一部被称作“经”的经典性著作，它的问世，标志着真正意义的中国禅宗的形成。它以其独特的语录形式，建立了完全属于慧能自己的佛学体系。虽然这一体系并没有离开大乘佛教这个总的框架，却在中国僧人的心目中确立了与“佛说”相提并论的中国禅学思想。
能记录六祖慧能思想的，除了几个版本的《坛经》外，还有《曹溪大师别传》。《曹溪大师别传》是由日本传入中国的。据日本学者忽滑谷快天考证，日本最澄法师于唐德宗贞元二十年（804年）至顺宗永贞元年（805年）入唐，《曹溪大师别传》著于建中二年（781年）。当时距慧能卒年（713年）仅半个世纪，因而也是研究慧能生平及禅学的重要文献。
（六）“南顿北渐”之争
中国禅学的创始者和确立者是慧能，而对其进一步发展和阐扬的是其弟子神会。
神会（668—760年），俗姓高，襄阳（今属湖北）人。神会最先追随弘忍的弟子神秀。神秀的禅学被称为北宗，当时影响颇大。后来神秀被武则天迎入宫中，奉为国师，“两京之间，皆宗神秀”。后来，唐中宗、睿宗也奉之为国师。
神会听说弘忍的衣钵传给了在岭南传法的曹溪慧能，就又跟从慧能学法十五六年。
慧能圆寂前，与弟子告别时，法海等弟子都涕泪悲泣，只有神会无动于衷。慧能称赞他：“得善不善等，毁举不动，哀乐不生。”并认为其他的弟子都“不得”。他严厉地诲训他们说：“数年山中，竟修何道？汝今悲泣，为忧阿谁？若忧吾不知去处，吾自知去处。”并开示说：“法性本无生灭去来。”从中可见慧能对神会的肯定。
慧能圆寂后，神会最大的贡献就是到北方与号称“北宗”的神秀法嗣进行论争，从而确立慧能曹溪学说“南宗”的正宗地位。在争论中，神会也把慧能的禅学和南宗思想进一步完善，并有所发展。
当时北宗神秀的弟子普寂，由于得到唐中宗和权贵的支持，推神秀为禅宗第七祖（把译四卷本《楞伽经》的求那跋陀罗定为禅宗第一祖，把达摩定为第二祖）。
神会在唐玄宗开元二十二年（734年）正月十五日，参加了在滑台（今河南滑县东）大云寺举行的无遮大会，同北宗的崇远法师展开了一场南北禅宗的大辩论。这场辩论，后来由独孤沛记录成文，名为《菩提达摩南宗定是非论》。神会在辩论中，指责了普寂出自私心，随便确立神秀为祖师的做法。他批评北宗“传承是傍，法门是渐”，指责神秀的禅学不是达摩禅法的正宗传承。
后来，神会又到洛阳传法，住菏泽寺，每日作道场，参学的僧众越来越接受“南宗”禅风。由于神会的努力，慧能的“南宗顿门”逐渐得以流布天下，而北宗的影响力和地位开始动摇，“致普寂之门盈而后虚”。
由于普寂是当朝的国师，“北宗”有政治势力的支持。天宝十二年（753年），神会被加上了“聚徒疑萌不利”的罪名，被流放数年。九十高龄的神会两年之间在湖北、江西一带换了四五个地方。神会被贬谪回来后，天宝十四年（755年），发生了“安史之乱”。由于神会德高望重，帮助国家筹集军饷，对郭子仪收复两京起到了重要作用，唐肃宗下诏，把神会请入宫内供养，并在菏泽寺中，为他建造禅宇。这件事成了神会确立“南宗”正宗地位的关键。
乾元元年（758年）五月十三日，神会卒于荆州开元寺。朝廷不仅为他建塔，谥号“真宗大师”，贞元十二年（796年）德宗皇帝还敕皇太子集诸禅德，楷定禅门宗旨，立神会为禅宗的第七代祖师。
从此，慧能南宗的地位得到了公认。
（七）禅宗的自我完善——“宗密禅学”与“百丈清规”
随着南北朝隋唐时佛教的兴盛，中国的禅学得以迅速发展。不仅佛教本身形成了如“华严宗”“禅宗”等宗派，就是禅宗内部，也各树门庭，以至“宗门禅”林立，小的有百家，大的有“江西、菏泽、北秀、南诜、石头、保唐、宣什及稠那、天台”等十个派别，按宗密的说法“至于迹相祖述，殆且百家；业擅专门，犹将十室”。各个门派都立宗传法，“以经论为干戈，互相攻击”。致使“数十年来，师法益坏”。
宗密（780—841年），俗姓何，果州西充（今四川西充）人。因他长期居住于陕西县（今户县）圭峰，专事著述，最终在那里圆寂，人们称之为“圭峰宗密”。
宗密出身于高门望族，他一生致力于对佛教义理的研究，用他自己的话说，“自年十七八乃至今垂半百，未曾断绝”。宗密是唐朝后期最著名的禅学家，他搜集诸家的禅学文献，集百家之言，探究源流，考查禅门各派的是非异同，最后加以会通，得出结论。宗密的著述之多，超过了其前所有的佛学家，研究的领域涉及佛教的各宗派，他把各家各宗的禅学会通在一起，纂辑成了上百卷的《禅源诸诠集》，可以称其为禅学的集大成者。这部大书只有总序保存了下来，长达四卷，称为《禅源诸诠集都序》，是中国禅学史的重要文献。宗密的禅学，形成了严密系统的体系，达到了当时的最高水平，几乎所有禅宗史书都有宗密的传记。
宗密是佛学的通家，兼通数宗。因他早年师事华严宗的四祖澄观，被尊为华严宗的五祖。但他在中年以后，更致力于禅宗，并拜菏泽州大师神会的三传弟子道圆为师，自称“问法契心”，而以菏泽神会的四传弟子自居。
宗密的禅学贡献首先是以禅判教。判教，也称教相判摄，是判别解释佛所说法的方法，区别佛所说法的形式、先后秩序、内容、含义等。
宗密所处时代，正是禅学发展的历史关键时期，在杂乱无序的多元化禅学中，宗密把慧能代表的“南宗”确立为中国禅学以至中国佛教的正宗，是未来中国禅学以至佛教发展的方向。
对当时各派系的立场，他认为各家均有所长，“悉非邪僻”，不仅不指责任何一家，还对各家各宗所长，加以阐扬。他把各种思想和宗派判摄为六个层次，第一个层次是儒、道。接着把佛教自浅至深，分为“人天教、小乘教、大乘法相教、大乘破相教、一乘显性教”五等。他认为，佛根据众生根器不同，提出了五教的“方便说”，不能执一为整，执偏为全。他把一乘显性教称为“圆教”。所谓“圆教”，就是其他宗派都融会于这个体系之中。
对于佛教中的“禅”，宗密也由浅至深地分为小乘禅、大乘禅、最上乘禅。宗密把达摩传承下来的禅法，称为“最上乘禅”。
宗密判佛教为三种，即“密意依性说相教”“显示真心即性教”“密意破相显性教”；他又判禅宗为三宗，即“息妄修心宗”“泯绝无寄宗”“真显心性宗”。宗密认为，“三教三宗是一味法”。以“三宗”的禅心，证悟与之对应的“三种佛教”。最后“禅教双忘，心佛俱寂”。这样“俱寂即念念皆佛，无一念而非佛心；双忘即句句皆禅，无一句而非禅教”。
在顿悟成佛的问题上，宗密继承了神会顿悟后还需渐修的理论，并提出自己的见解。他认为“未悟而修，非真修”。为了区别他所主张的渐修与“北宗”渐悟成佛的不同，他说：“北宗但是渐修，全无顿悟，修亦非真。”他直接提出他承传的荷泽宗是“必先顿悟，依悟而修”。他对悟后的渐修，提出“迷悟十重说”，认为渐修对治的是烦恼，把六道凡夫不觉悟之本和三乘圣贤觉悟之本各分为十重，最后修行至正觉，达到“佛无异佛”究竟的觉悟。
宗密自己概括其禅学理论体系为“三种教，三宗禅，十所以，十别异，轮回及修证又各十重”，并评价“理无不穷，事无不备。研寻玩味，足可修心”。另外，宗密所著《原人论》是其禅学思想的纲要。
宗密完善了禅宗中国化义理的思想体系，而怀海则完成了禅宗的戒律建设。
从达摩祖师传禅到僧粲禅师时代，禅修者还仅是极为个别的情形，到了道信禅师的时候，其门下就有僧俗五百余人，诸州学道者云集双峰山，五祖弘忍禅师门下有七百余僧，形成了“东山法门”；而六祖慧能禅师归宝林寺时有“缁白千余人”。随着这样的禅僧修学的集团性规模不断扩大，对于管理制度的制定与成文化，也是势在必行。尤其是其禅门的特殊修学方式，亦应有相应特殊的规制。《百丈清规》的出台，可以说是在这样的形势下被呼唤出来的。