在论证心、身、境“三界”的关系时，僧肇认为，因为以“执心”为本的“妄心变化”，而迷失“真一”，由此而现出了“虚妄不实”的“三界”。
他举例说：“譬如有人于金器藏中，常观于金体，不睹众相；虽睹众相，亦是一金。既不为相所惑，即离分别，常观金体。无有虚谬。”“……虽有种种名字，终同一义，或名法性、法身、真如、实际、虚空、佛性、涅槃、法界，乃至本际、如来藏，而有无量名字，皆是真一异名，同生一义。”
僧肇的佛学思想体系非常完整，在中国禅学史上具有里程碑的意义。僧肇已把“法性”“法身”“佛性”“真如”“如来藏”等后来禅宗六祖慧能禅学涉及到的根本问题都提出来了。罗什一系禅法是后来慧能的“即心是佛”的理论基础。
道安（314—385年），俗姓卫，常山扶柳（今河北冀县）人。他早年父母双亡，12岁出家。活跃于东晋、前秦时期，他游学授徒，宣讲佛法，受到前秦王苻坚和官僚及文人的推崇礼遇，门下有僧众数千人，在长安主要主持佛典的翻译。在当时的佛教界被尊为泰山北斗，佛教史上称道安为“僧雄”。道安融会汉代传入的大乘般若学与小乘禅学，成为两系思想的集大成者。他以禅观悟入般若，再以般若学具体运用于禅定的修行，认为禅修必须与般若智慧相结合。
道安提出了僧尼应以“释”为姓，出家人皆改称释氏。他说“大师之本，莫尊释迦”，他的主张与被后秦昙摩难提译介的《增一阿含经》的经文“四姓为沙门，皆称释种”相符。从此，汉地僧尼以释为姓成为定式。另外，道安还制定了僧尼修行的轨范，当时“天下寺舍，遂则而从之”。
道安认为，只有认识了“无”“空”的“本无”的实质，才能不执著于“有”或“未有”观念；只有真正体悟了“宅心本无”，才能达到心的本然状态与真如实相的契合。
“本无”的观念，与禅宗六祖慧能的“本来无一物”如出一辙。道安的思想，与后来禅宗思想的形成有很大的关系。
道安一系的还有其弟子慧远。慧远（334—416年），本姓贾，雁门楼烦（今山西宁武附近）人。慧远跟随道安二十五年后，辞别道安，于东晋太元六年（381年）入庐山，长期住东林寺，创办白莲社，聚徒修禅和讲译佛典。据说慧远三十年未曾下过庐山，每次送客，以虎溪为界。慧远是东晋后期继道安之后的佛教领袖，也是当时禅法的集大成者。慧远传承了道安的般若“本无说”，提出了“反本求宗”“统本运末”的思想，并构造了以“法性论”为核心的本体论，他认为“法性”与“本无”同实而异名，体悟了不变的法性，就证悟了涅槃解脱。
慧远在禅法方面，提倡“大乘念佛禅”。由于慧远倡导念佛，又与刘遗民等人在阿弥陀佛的像前发愿往生西方净土，因此，他被净土宗尊为初祖。
另外，经过慧远的介绍和提倡，佛驮跋陀罗一系的禅法，在江南得以流行。
佛驮跋陀罗（359—429年）是古印度迦毗罗卫国人，比鸠摩罗什稍晚一点来到中国。他于东晋义熙四年（408年）到达长安。后来受到鸠摩罗什门下的排挤，不得不离开长安。他带领弟子南下来到庐山，受到了慧远的欢迎。应慧远之请，他译出了《修行方便禅经》（又名《不净观经》或《达摩多罗禅经》）。后来，佛驮跋陀罗与弟子慧观、宝云在江南大弘禅法，所住道场被称为“禅师窟”。
由于佛驮跋陀罗本人精通禅法，自他以后，习禅之风盛行于中国大江南北。
佛驮跋陀罗所传的《修行方便禅经》（又名《达摩多罗禅经》），以小乘观法为主，《修行方便禅经》全书论述了五停心观、四无量观、阴观（五蕴观）、入观，其中侧重于数息观和不净观，被称为“二甘露门”。
《修行方便禅经》把修行的过程分为“退”“住”“升进”“决定”四个阶段，主张智慧与禅定并重，智慧与禅定结合，在禅定的基础上修习智慧观照，使智慧观照融入禅定修行之中，并循序渐进地深化与提高。
慧远在《庐山出修行方便禅经统序》中盛赞佛驮跋陀罗传译的禅经贯通大小乘禅法的思想，“搜集经要，劝发大乘”。不论在当时还是对后来，佛驮跋陀罗的禅学影响都很大。
僧稠（480—560年），俗姓孙，北齐人。他从师于佛驮跋陀罗的弟子学习禅法，又得到了佛驮跋陀罗的认可和指点，曾撰写《止观法》二卷。
关于僧稠的禅法，近代高僧太虚将其归入“五门禅”，就是罗什译的《坐禅三昧经》中的用修“不净观”“慈悲观”“因缘观”“数息观”“无我观”等“五观”来对治贪、瞋、痴“三毒”。他的禅法观想和对治的对象明确，修习的层次清晰，颇受一般禅僧和民众修习者的欢迎，以至于在当时形成了“高齐河北，独行僧稠”的局面。
佛驮跋陀罗禅学体系中，除僧稠外，影响较大的还有慧文、慧思、智 。
智 是天台宗真正的创立者，因其住于天台山，故称天台宗。天台宗以《法华经》为宗旨，故而也称为法华宗。天台宗是中国佛教史上第一个大宗派。
智 （538—597年），本姓陈，字德安，祖籍颍川（郡治在今河南许昌），后迁居荆州华容（今湖北监利西北）。他18岁出家，先学律学，后来师从慧思，在天台山国清寺讲《法华经》十余年，被称为天台智者大师。
智 有近百卷的著述，其中《法华玄义》《法华文句》《摩诃止观》，被称为天台三大部。此外还有《童蒙止观》（即《修习止观坐禅法要》《小止观》）、《六妙法门》《四念处》《四教义》《观心论》《观音玄义》《金光明经玄义》《维摩诘经三观玄义》《法华三昧忏仪》等。智把各种禅法纳入其“止观”禅法之中，建立起天台宗独特的禅学体系。智 的禅学主要包括“玄义”（即天台宗的教相）、“文句”（解释《法华经》等）、“止观”（行一心三观）三个方面。
智明确提出“三界无别法，唯是一心作”。这里所说的“一心”，即是指“真如”“佛性”。他在《法华玄义》中说：“其一法（心）者，所谓实相：实相之相，无相不相。又此实相，诸佛得法，故称妙有。实相非二边之有，故名毕竟空；空理湛然，非一非异，故名如如；实相寂灭，故名涅槃；觉了不改，故名尘空；佛性多所含受，故名如来藏。不依于有，亦不附无，故名中道；最上无过，故名第一义谛。”“若谓即空、即假、即中者，虽三而一，虽一而三，不相妨碍。……譬如明镜，明喻即空，像喻即假，镜喻即中，不合不散，合散宛然。”
智 言简意赅地指出“三谛”是同一对象的不同侧面，如“明镜”的明、像、镜，它们并不对立。智 认为，运用“止观”的禅法，可以实现“一心三观”，领悟“最上无过”的“第一义谛”。
（四）“宗门”与“教下”——“禅宗”的定义
魏晋南北朝至隋唐，是中国佛教走向独立发展和鼎盛的重要阶段，由于寺院经济的发展与不同学派判释佛说经教的“判教”导致“教派”性质的形成，政治上的统一，也为创立宗派提供了社会条件，这些都促进了中国佛教宗派的创立。魏晋以来，禅智兼弘、定慧双修的风气，终于成为中国禅学的主流，酝酿并形成了“天台宗”“三论宗”“法相唯识宗”“华严宗”“净土宗”“律宗”“密宗”等佛教各宗派。
而以“禅”直接冠名的宗派，只有“禅宗”。
释迦牟尼以言语传授，四十九年说法，后来由弟子和再传弟子记录下来并加入论述，称为“经、律、论”三藏。
禅宗教徒把据经论建立起的佛教宗派叫做“教”，而自称“教外别传”，是“宗”，称“经是佛语，禅是佛意”。
黄忏华先生在《佛学概论》中这样定义：“禅家者流，谓《楞伽经》有佛语心为宗、无门为法门等语。依此自称宗门，又称宗下；称他家为教门，又称教下。言教者，谓如来所说经教，即不问大乘小乘，不论是显教密教，依经化等之文义者，为教；禅者，谓教外别传之宗旨，即直指人心、见性成佛、教外别传、不立文字，为禅。”
这里所说的“教外别传”“直指人心”“不立文字”，来自佛教经典中关于中国达摩一系的“禅宗”在印度初创时的故事。
（五）“拈花微笑”——禅宗在印度的初传
世尊在入灭前（前486年），有一天，在灵山万众法会上，大梵天王奉献“千叶妙法莲金光明大婆罗花”，请示无上大法，释迦遂拈花示众，时众僧都不明白世尊之意，都默然无语，只有摩诃迦叶破颜微笑，深喻其义，故得传正法眼藏的故事。
这则故事，原载于《大梵天王问佛决疑经》，一直未入大藏经，也未被其他佛经收录。据说，唐末来华的日本留学僧圆仁慈觉法师，见此经后即抄回日本，秘藏于某寺内达三百年之久，后来留存的残页被收归日本《断续藏经》的“补遗”编中。
世尊付法摩诃迦叶的记载，最早见于《大般涅槃经》。从禅史资料来看，在五代南唐中主保大十年（952年），由泉州招庆寺静、筠二禅僧所编现存最古的《祖堂集》中，有引自《涅槃经》载付法一事：“尔时，世尊欲涅槃时，迦叶不在众会。佛告诸大弟子：‘迦叶来时，可令宣扬正法眼藏。’‘吾有清静法眼，涅槃妙心，实相无相，微妙正法，付属于汝，汝善护持。’并敕阿难嗣二传化，无令断绝。而说偈曰：‘法本法无法，无法法亦法。今付无法时，法法何曾法。’”
过了约五十年，《景德传灯录》问世，稍后又有《天圣广灯录》《建中靖国续灯录》《联灯会要》《嘉泰普灯录》相继出现，到了南宋，经过释普济的整理，将前“五灯”汇为一编，删繁就简，厘定成二十卷本的《五灯会元》，流行迄今。《五灯会元》中载：“世尊在灵山会上，拈花示众。是时众皆默然，唯迦叶尊者破颜微笑。世尊曰：‘吾有正法眼藏，涅槃妙心，实相无相，微妙法门，不立文字，教外别传，付嘱摩诃迦叶。’”
这段“拈花微笑”的典故，便由此广为人知。
“正法眼藏”，又称清净法眼、大法眼藏。眼即智慧之义。正法眼藏，如果体会了“正法”的内容，则如同拥有了可以照破一切迷暗的智慧之眼。
“涅槃妙心”，指佛所证得的甚深微妙的智慧境界。
佛把这个有关“实相无相”，又非言语文字所能表达的微妙法门，传授给对“拈花”的旨意心领神会的摩诃迦叶。
“教外别传”，是指“不立文字”、重在“心印”。证悟了“涅槃妙心”，即便是极尽天下的语言文字，也无法表达其万一。未证无上菩提之人，与觉者之间，不可能直接感通，心心相印。
总之，“拈花宗旨”也就是旨在这一“心印之法”。
摩诃迦叶按照世尊的付嘱，把正法眼藏和衣钵以直指单传的形式，再传给阿难尊者。迦叶就被后世尊为禅宗在西天（印度）的第一代祖师。阿难传法给商那和修尊者，一直传到第二十七代般若多罗尊者，将正法眼藏和衣钵传付于菩提达摩大师，为西天第二十八代祖师。般若多罗尊者曾付嘱达摩大师说：“我灭度六十年以后，你把此正法眼藏和衣钵传到中国，普利众生。”
这便是中国禅宗的缘起。