（1）组织砂状。酸乳从组织外观上有许多砂状颗粒存在，不细腻。砂状结构的产生有多种原因，如高发酵温度；低发酵剂活力和接种发酵剂过量；发酵期间的振动；牛乳过度浓缩或添加乳粉过多，造成干物质含量过高；一些生产厂家，为防止散热降温缓慢造成过酸现象，在较高温度下就开始搅拌。此外，牛乳受热过度也是出现砂状组织的主要原因。因此，在制作搅拌型酸乳时，应选择适宜的发酵温度，避免原料乳受热过度，减少乳粉用量，避免干物质过多和较高温度下的搅拌。
（2）乳清分离。其原因是酸凝乳搅拌速度不合适造成的。搅拌型酸乳搅拌速度的快慢对其成品的质量影响较大。若搅拌速度太慢，不能使凝块破碎，产品不能均匀一致；但搅拌速度过快又使酸乳的胶体状态破坏，黏稠度下降，在贮藏过程中大量的乳清析出。此外，酸凝乳发酵过度，搅拌温度不适宜、冷却温度不适及干物质含量不足等因素也可造成乳清分离现象。因此，应选择合适的搅拌器搅拌并注意降低搅拌温度。同时可选用适当的稳定剂，以提高酸乳的黏度，防止乳清分离。
（3）风味不正。除了与凝固型酸乳风味不正的原因相同外，还主要是由于搅拌型酸乳在搅拌过程中因操作不当而混入大量空气，造成酵母和霉菌的污染。酸乳较低的pH值虽然抑制几乎所有细菌生长，但却适于酵母和霉菌的生长，可造成酸乳的变质、变坏和不良风味。此外，搅拌型酸乳在添加果蔬成分时，若处理不当会造成果蔬料的变质、变味而引起不良风味。
（4）色泽异常。一些搅拌型酸乳因添加不同的果蔬料而产生不同的颜色。但是在生产中因加入的果蔬处理不当而引起变色、褪色等现象时有发生。不同的温度和pH值对其色泽均有较大影响，应根据果蔬的性质及加工特性与酸乳进行合理的搭配和制作，必要时，还可添加一些抗氧化剂。维生素E、儿茶酚等均有良好的护色效果。