搅拌型酸乳的生产工艺流程所示：
搅拌型酸乳生产中，从原料乳验收一直到接种，基本与凝固型酸乳相同。两者最大的区别在于凝固型酸乳是先灌装后发酵，而搅拌型酸乳是发酵后灌装。
（1）发酵。搅拌型酸乳生产中发酵通常是在专门的发酵罐中进行的。发酵罐带保温装置，并设有温度计和pH计。pH计可控制罐中的酸度，当酸度达到一定值后，pH计就会传出信号。这种发酵罐是利用罐体四周夹层里的热媒体来维持一定的温度。生产中应注意避免出现由于某种原因，热媒体的温度过高或过低的现象，会导致接近罐壁面部分的物料温度的上升或下降，在罐内产生温度梯度，不利于酸乳的正常培养。
（2）冷却罐中凝乳。罐中酸乳终止发酵后应降温搅拌破乳，搅拌型酸乳可以采用间隙冷却（用夹套）或连续冷却（管式或板式冷却器）。凝乳在冷却过程的处理是很关键的。若采用夹套冷却，搅拌速度不应超过48转／分钟，从而使凝乳组织结构的破坏减小到最低限度。如果采用连续冷却，应采用容积泵输送凝乳（从发酵罐到冷却器）。冷却温度的高低应根据需要而定。通常发酵后的凝乳要先冷却至15℃～20℃，然后混入香味剂或果料后灌装，再冷却至10℃以下。冷却温度会影响灌装充填期间酸度的变化，当大批量生产时，充填所需的时间长，此时应尽可能降低冷却温度。为避免泵对酸乳凝乳组织的影响，冷却之后在往包装机输送时，应采用高位自流的方法，而不使用容积泵。
（3）果料混合、调香。酸乳与果料的混合方式有两种：一种是间隙生产法，在罐中将酸乳与已杀菌的果料（或果酱）混匀，此法用于生产规模较小的企业。另一种是连续混料法，用计量泵将已杀菌的果料泵入在线混合器连续地添加到酸乳中去，可以混合得非常均匀。
（4）灌装。混合均匀的酸乳和果料可直接流入到灌装机进行灌装。搅拌型酸乳通常采用塑料杯装或屋顶形纸盒包装。