巴戟天外形，巴戟天种植5年才能收获。过早收获，根不够老熟，水分多，肉色黄白，产量低。一般在种植后7～8年收获，此时肉质根的水分逐渐减少，根肉呈紫红色。全年均可进行收获，但以秋冬季采收者为佳。起挖后随即抖去泥土。挖取肉质根时要尽量避免断根和伤根皮。加工方法如下：图5巴戟天
（1）去木心。除去杂质，洗净，去掉侧根及芦头，用剁刀式切药机除去巴戟天木心；或置于适宜的蒸器内蒸透或开水泡烫约半小时后抽去木心。
（2）干燥。晒至六七成干，待根质柔软时，用木锤轻轻捶扁，但切勿打烂或使皮肉碎裂，按商品要求剪成10～12厘米的短节，再按粗细分级后分别晒至足干，即成商品。