（1）等级密封储存。按照等级标准将全蝎分类，并及时包装储存。为了防止返潮，应进行密封。最标准的储存方法是用一个大木箱，里面用猪血涂内壁，使之不漏气，装入干蝎，再加吸潮纸内外包贴，封存。如果不具备这样的储存条件，也可将干蝎装入一加厚的塑料袋中（可用几个普通塑料袋叠加代替），排尽空气，然后密封，置于干燥、阴凉、避光的地方储存。质量较好的全蝎，按上述方法进行密封储存，可以保存3年，不会变质。
（2）粉装。将晾干的全蝎用高速粉碎机进行粉碎，粒度为100目细粉（收粉率可达98％），再将药粉装入洁净的容器中密闭保存，外用及制备丸剂时可直接取用，若入汤剂内服应用时，可将其装入胶囊，单独服用，这样既掩盖了药物的腥臭气味，便于服用，又缩小了用药剂量，节省药材，还能充分发挥药效。粉装法主要适用于药厂及医院药房储存。