鲜百合的贮藏地点要掌握干燥、通气、荫蔽、遮光的原则。用来贮藏的百合球一定要充分成熟，含水量低，无病无虫，没有伤痕。种球经过药剂消毒处理后贮藏，可减少腐烂。
鲜百合的贮藏常采用堆藏贮藏方法。主要采用沙土层积法，贮藏前应将百合鳞茎在室内稍摊晾，时间不宜长，以免变色，然后选择一间阴凉的房间，用0．3％的甲醛和高锰酸钾熏蒸2次，再在地上铺一层厚5～7厘米的清洁园土或河沙，将百合鳞茎倒放其上，排列整齐，再在上面覆一层厚约3～4厘米的土或沙。如此重复，高度不超过1．5米为宜，四周用土或沙封严，可贮藏到翌年春天。贮藏期间应隔20～30天检查1次，不宜过多翻动。如发现变坏者，应及时清除。