任何店的经营都是要面临一些风险和挑战的，咖啡店的经营也不例外，所以在实际的经营过程中也应加以重视。在咖啡店的经营过程中可能会面临的一些不利因素以及对这些因素的应对方法有以下几个方面：
（1）运营成本的增加。在实际经营操作时，常常发生超支现象，使得运营成本增加。这里说的成本包括商品采购成本、店铺运营费用、工作人员维持费用、水电费、运输费、储存费、宣传包装费、广告费等很多。在这些费用里，可变因素很大，而且往往会随着时间、节令以及店铺所在地的交通和繁华状况而发生变化。而这些变化的最终结果就是使经营成本增加。如果经营者事先不能把这些因素认真地考虑到店铺的经营建设中去，那么无疑将会在很大程度上影响到咖啡店的经营成果和营业额的稳定性。为此，在开店之初就要尽可能精确地预算出经营成本的波动范围，并对其进行有效的控制和管理。
（2）激烈的竞争。在如此快节奏的现代社会，竞争无处不在。适者生存，不适者被淘汰。要想在这个大环境下生存，要想在商业圈中有自己的立足之地，就要适应这一规则，并随时准备接受来自它的挑战。这是一个在生意场上普遍适用的规则，不论是开咖啡店还是任何一个店铺或者做任何一项生意都是如此。这对经营者来说，是一个极为关键的问题。无论从时间上、空间上还是地域上，都要时刻准备着，这对于经营者来说是最难的任务之一，但却是必须做到的。因此，每一个准备经商的人都要事先做好充分的心理准备，并保持一种良好的竞争状态，这样才能在商战中站稳脚跟。
（3）消费时尚的转变。时尚是很难追逐的，对于消费来说更是如此。随着人们生活水平的提高，消费意识和消费观念都在不断地发生着变化，小到一个手势，大到一些习惯，而且再加上一些外部因素的影响，这种变化也就变得更加迅速。在这种情况下，经营咖啡这种颇有时尚特色的行业，对流行时尚脉搏把握得好坏是一个很重要的问题。只有抓住这一特征，才能正确指导自己的经营活动。只有抓住了消费者最新的消费观念和社会的个性化、多样化的发展趋势之后，才能从根本上设计出好的产品，设计出符合广大消费时尚的产品，并用这些产品来留住顾客，提高营业额。
（4）服务水平的不足。“顾客就是上帝”这句话大家早都已经耳熟能详了，但是说起来容易，真能做得非常出色却是一件很困难的事，稍有不慎就有可能使自己的店蒙受荣誉上的损失。随着生活水平的提高和文化水平的提升，以及消费观念的日益深入人心，顾客对商家的要求也越来越高。服务态度好，服务周到，就受顾客欢迎，就能留住顾客，反之就会失去顾客。因此，服务的好坏也越来越被重视，被看作是竞争力的一个重要表现。所以，对于咖啡店经营者来说，做好包括咖啡质量在内的一切服务工作，以达到顾客的真正满意是开店后要做好的非常关键的一步，这将直接影响到未来店铺的发展前景和发展规模。
总之，对所有这些咖啡店运营过程中极有可能出现的问题，一定要理清思路，深思熟虑，提前入手。要不断接受和吸收新的经营观念和新的管理方法，并融合进自己的创新之处，结合自身的特点在实际工作中不断实践，不断摸索，用成果来检验和纠正各项工作。同时要结合各种营销业绩和营销要素不断地进行深入的探讨和研究，最终在不断变幻的市场风云中创建出有自己特色的现代化的咖啡店经营之道。