食用菌干制的目的，首先在于将子实体中的含水量迅速降低，将可溶性物质的浓度相对提高；其次是尽快降低菌类细胞中酶活性直至失活；最后是降低或抑制微生物生长和繁殖，使产品得以长期保存，不至于发生腐败变质，并尽可能保持菌类的良好品质。
食用菌的水分主要以游离水、结合水和化合水三种状态存在。游离水是以游离状态存在于菇体组织中的水分，流动性大，可向外或向内迁移，在干制时容易排除。结合水是与菇体内亲水物质（蛋白质、淀粉）相结合的水分，以胶体形式存在，不能自由迁移，只占菇体含水量的很少一部分。在干制时，只有当绝大部分游离水脱去之后，它才被排出很少一部分。化合水是菇体内最稳定的水分，只占菇体水分极少的一部分，在干制时，不能被排出。
食用菌的干制过程就是脱水过程，是使菇体中的水分蒸发排除的过程，是靠菇体表面水分汽化和菇体内水分向外扩散实现的。当环境温度升高时，菇体温度也升高，并造成菇体内外的温差及水蒸气分压差，形成源源不断的扩散动力，水分被不断地蒸发掉，直至菌体内外水蒸气分压逐渐趋于平衡。达到可以安全贮藏的含水量以后，脱水终止。
香菇、木耳等干制品的含水量一般为11%～13％。值得注意的是，在脱水过程中，如果无限制地降低干制品中的含水量易造成食用菌的脆裂、破损，降低成品率，这是食用菌干制加工时必须注意的事项。