（1）贮存。由于食用菌的速冻贮藏是通过利用低温抑制微生物的生长繁殖及食用菌体内酶的活性来实现的一种贮藏方式，在其加工及贮藏过程中，在保护了食用菌的同时，也保护了多种微生物，因此，其制品并非是完全无菌的。
在食用菌速冻制品贮藏期间，这些被保护的微生物，尤其是那些致病微生物如肉毒杆菌、金黄色葡萄球菌、肠球菌、溶血性链球菌、沙门氏杆菌等的存在及其活动必将受到人们极大的关注。这是因为，这些微生物的存在及活动，一方面可造成产品品质败坏或全部腐烂而引起巨大的经济损失；另一方面人食用了被它们产生的毒素污染的食用菌会发生中毒事故，危及人的生命安全，因此，食用菌速冻品的贮藏通常采用的温度为-18℃。在这样的温度条件下可以说是完全安全的，因为微生物在这种温度条件下是不能生长的，即使就嗜冷细菌而言，在-10℃时也会停止生长，而致病微生物在3℃以下就不能活动，因而冷冻产品在正常的冻藏期间不会败坏，只能发生一些理化方面的变化。
冻藏期间的物理变化，首先要注意再结晶现象，重复结晶会增大晶体而破坏菇体组织，影响质量、风味，失去了速冻的优越性，因此在贮藏期间保持稳定的低温、防止温度波动是非常重要的；其次要注意冷冻产品在贮藏中冰的升华作用而导致的失水及菇体表面变色。如在产品表面挂冰衣，采用不透水的包装，增加相对湿度到95％以上都是行之有效的方法。
冻藏期间也会出现不同程度的化学变化，如维生素的降解、蛋白质的胶凝作用、脂类的氧化、组织的轮化等，这些变化在-18℃下进行是缓慢的，可以通过适当降温减慢其发生速度。
各种冷冻产品的最适贮存温度是有差别的，但在食用菌速冻品贮藏中，最高温度不要超过-10℃，一般用于食品冷冻工业上的贮藏温度在-18℃左右，上下变动不许超过1℃，相对湿度保持在95%～100％。
此外，在食用菌速冻品冷藏期间，要避免与有挥发性气味的食品如鱼等混藏，以免串味。
（2）解冻。冷冻食用菌在使用之前要进行解冻复原，各种制品的性质不同，解冻情况不一，对产品的影响表现不一致。
冷冻食品在冻结与解冰期间，是两个相反的传热过程，非流体食品的解冻比冻结要缓慢。解冻时的温度变化趋向于有利于微生物的活动和理化变化的加强，恰与冷冻相反。冷冻并不会杀死所有的微生物，而只是抑制了它们的活动，食品解冻后，组织结构有损伤，内容物渗出，温度的提高，都是有利于食品败坏的变化。因此，冷冻食用菌制品应在食用之前进行解冻，而不应解冻后长期放置。解冻过程愈快愈好，这样可以减少败坏的发展。
解冻可以在冰箱中、室温下、冷水或温水中进行。解冻后，经过煮制调味后供食用。食用菌组织经过冷冻在解冻后有较大的变化，不适宜过分的热处理。因此，烹调的时间以短为宜。