采用孢子分离后得到的菌种，其变异性很大。其原因是由于 灰树花单孢子是不出菇的，在多孢菌落中，不亲和、不交配 和不孕菌丝大量存在，并与结实性菌丝交织混杂，挑选菌丝 时的盲目性和风险性很大，时有栽培后不出菇或出菇率下降 等现象。解决这一现象的方法有二：一是做好尖端菌丝的反 复提纯工作；二是进行多次出菇鉴定。采用组织分离得到的 菌种，虽然成功率比较高，但也不一定就能完全保持原品种 的优良性状，同样也需作出菇鉴定后方可用于生产。对外地 引进菌种，也有作出菇鉴定的必要。
灰树花菌种的出菇鉴定一般按常规法做瓶栽或袋栽试验，数 量可少些。为使试验准确，减少误差，可与原始菌株或其他 菌株做对比试验，每一菌株设3～4个重复，以相同的措施管 理，在管理过程中要详细记录菌株的发菌情况、产菇性和抗 性，最后决定取舍。凡能保持原品种性状，或比原品种性状 更优的菌种都可用来繁殖扩大，应用于生产；凡性状变劣的 菌种则应取出淘汰。
灰树花菌种鉴定是一项细致而重要的工作。特别是对采用选 育手段（自然选育、诱变育种、杂交育种、基因工程育种） 培育出的新菌株更为重要，不但要对其进行出菇试验，而且 还应进行拮抗试验，同工酶、菌丝生长速度、羧甲基纤维素 酶活性的鉴定，对这些生理生化性能优的菌株才用于生产。