鸡腿菇属腐生性真菌，其生长发育所需的环境条件同样适合于多种病菌、害虫的生长和繁殖，特别是在开放式栽培过程中，其生长基质、发育的菌床以及肥嫩的子实体，都是病虫害侵染的对象。加上鸡腿菇生长发育受自然气候影响较大，栽培周期较长，也给病虫的侵害提供了较多的机会。而且鸡腿菇一旦发生病虫害，就极易蔓延成灾，而且治理比较困难。因此，对鸡腿菇病虫害的治理应当“综合防治，预防为主”，通过采取各种有效的预防措施，以期控制病虫的危害。病虫害一旦发生，则要认真查找原因，及时采取有效的办法，彻底消灭或抑制其蔓延，力争把病虫危害降到最低限度。在治理过程中，不要轻易使用化学农药，当确实需要化学药剂防治时，也应在未出菇或每批菇采收结束后进行。要选用高效、低毒、低残留的农药，局部施用，绝对禁止对子实体直接用药，以免农药残留，食后影响人体健康。
（1）搞好生产环境的清洁消毒。菌种生产场所和栽培场所均要远离易孳生病菌和害虫的各类污染源。栽培用的室棚、床架及拌料场地等设施，在使用前应彻底打扫、清洗和消毒。首先清除内外环境中的杂草、垃圾、废弃物等，然后进行修整、清洗、消毒，以彻底清除和杀灭藏匿在床架、屋顶、墙壁、地面缝隙等处的病菌及害虫。为防止外界尘土污染及害虫侵扰，菌种室、菇房、菇棚的门窗及通气孔均应安装纱网等保护性隔离物。栽培场所要保持日常性的卫生清理工作，用过的废弃培养料等不可丢在菇房、菇棚附近。发现虫菇和有传染性的病菇，要及时清除并烧毁或深埋。总之，要杜绝一切病源、虫源，尽量压低菇房（棚）内生存的病虫基数。
（2）提高培养料的配制质量。培养料是鸡腿菇生长的物质基础，也是病虫入侵的重要媒介和途径。因此，培养料制作的好坏直接关系到鸡腿菇栽培的成败。制作优良的培养料不但能促进鸡腿菇菌丝健康繁殖，增强其抵抗病虫害的能力，而且通过有效处理杀死料内的病菌、虫卵，为鸡腿菇创造良好的生长环境。因此，要选用干燥、无霉变、无虫蛀的原料，最好是优质的新鲜原料。使用前在烈日下曝晒2~3天。堆（拌）料场地先用清水冲洗干净，然后用0．5％敌敌畏溶液或3％~4％的石炭酸溶液等喷洒。最好用经过高温灭菌杀虫过的熟料或发酵料栽培；如用生料栽培，要添加0．3％的多菌灵及其他药剂，抑制杀灭霉菌。
（3）加强对覆土材料的选择和处理。覆土材料的质地不仅能影响鸡腿菇土层菌丝的长势和鸡腿菇子实体的产质量，而且也是病虫害较早入侵鸡腿菇菌床的重要途径。因此，正确地选择和处理覆土材料就显得特别重要。用于覆土的土质以有一定黏性（约40％的粘粒）、具有团粒结构的腐殖土或肥沃菜园土等复合质土壤为好，pH值呈中性或微碱性。这样的土壤，透气性好，持水力强，干不成块，湿不发粘，喷水不板结，少喷不龟裂。用其种植鸡腿菇产量最高，质量最好。不用纯沙土等单一结构的土壤。取土时应挖取地面以下10～30厘米深处的干净土，不要用表层土。覆土材料使用前必须经过严格的杀虫灭菌处理，俗称土壤消毒。只有消毒以后才能用于菌床覆土、换土或补土。
（4）选用高产优质的菌种。选用纯度高、无病虫害、菌龄适当、活力旺盛、抗性强的优质菌种，不要用已被污染、老化衰败的劣质菌种。实践证明，鸡腿菇菌丝可产生抗真菌的抗生素，因而具有较强的抑菌能力，特别是在其形成强大的生长势后，更是如此。因此，除选用优质菌种外，在播种时，可适当加大用种量，并且创造条件使菌种迅速萌发，在较短时间内长满料面，这样可以更有效地抑制病虫害的发生。
（5）抓好科学管理。科学管理的核心内容是创造一个有利于鸡腿菇生长发育的生态环境。因此，在整个栽培期间，要根据鸡腿菇生长发育的不同阶段对生长条件的要求，调节好温度、湿度、空气、光照、营养供给等生态条件，使其尽量保持在最佳水平。尤其要严防高温高湿及通风不良，因高温高湿易引起霉菌发生，通风不良则易造成幼菇发育迟缓和菇体畸形。菇房用水必须净化，死水、污水均不可用。栽培管理人员要搞好个人卫生，使用的工具、容器等要保持清洁。
（6）采菇结束后彻底消毒。一茬鸡腿菇栽培结束后，要尽快将培养料及覆土全部清除出去，并对菇房（棚）、床架以及所用的工具进行一次彻底的清扫和消毒，为下茬菇栽培创造一个良好的环境条件。对床架和用具，除用药物消毒外，还可用70℃~80℃的热水浸洗，以杀死真菌、细菌及线虫、螨类等。
（7）发现危害及时防治。栽培过程中要经常地、仔细地做好病虫害检测工作，一经发生病虫害，就应及时采取相应的防治措施，把病虫危害消灭在初发阶段，防止其蔓延成片，从而把损失减少到最低程度。