整个出菇期结束后，用杀虫剂、杀菌剂对菇房熏蒸一次，再将废料及时运到远离菇房的地方沤制作肥料，以减少和杜绝废料中的污染源重复传播。
把能拆的床架拆下，捆扎后沉在河塘、水池、水库中浸泡半月左右，捞出洗净晒干；在菇房内清扫干净后，将不能拆除的床架应再用3％的烧碱水或波尔多液涂刷，或喷洒5％的漂白粉液、0．2％过氧乙酸溶液或0．5％多菌灵液等消毒。
老菇床干和旧床架在待用时要保持干燥，下次栽培前必须再次消毒才能使用。
泥土地面要铲除3～5厘米厚的老土，并撒上新石灰，重新铺上新土，平整压实。
