覆土是鸡腿菇栽培由发菌管理逐步向出菇管理过渡时必经的关键程序，是促使鸡腿菇子实体形成的必需条件。
（1）覆土的时间。覆土的具体时间主要是根据料层菌丝的生长繁殖程度，即吃料程度来决定。一般要求是：翻开培养料，当菌丝吃料2／3以上、大部分菌丝的生长部位已接近培养料底部时，就要进行覆土。在正常培养管理条件下，播种后15～18天就可以覆土。
（2）准备工作。①对覆土材料进行消毒和预湿处理。②检查料内是否有病虫危害，一旦发现，必须在覆土前进行彻底处理。③覆土前要先用手把料面菌丝轻轻拉一拉，搔动一下，再拉平并轻轻拍平，这样覆土后，再生绒毛菌丝多，上土快。④覆土前若发现料表层过于干燥，肉眼已难看到菌丝时，可提前2～3天先用pH值为8的石灰水轻喷，再喷健壮素1~2次，促使菌丝返回料表层后再进行覆土。
（3）覆土。①覆土材料。可选用粗土、细土覆土，也可以用粗、细混合土覆土。粗土以有机质多、空隙多、透气性好、蓄水力强的砂壤土为好，粒径1．5～2厘米，约蚕豆粒大小；细土以带有黏性的粘壤土为宜，直接喷水不易松散，不会板结，不影响土层的通气性，土粒直径0．5～1厘米，约黄豆粒大小；粗细混合土可选用散状土、合成土等土质，粒径在0．5～2厘米。
②覆土方法。覆土材料在覆用之前应调节好水分，其含水量应掌握在握之成团，抛之则散，外观潮润，中间无白心为度。然后将土装在小型容器中，均匀地抖撒在料面上，边铺边补，土粒要求盖满菌床，排列紧密，厚薄一致，防止重叠或空白，铺平时可用手或木片整平。切忌用大的容器把覆土材料成堆倒在菌床上，再用手推平，这样易造成覆土厚薄不均，而导致培养料下陷，使菌床变形。
③覆土厚度。覆土层厚度应根据具体情况而定，一般掌握在3．5～5厘米，每100平方米栽培面积大约需要4．5～5．5立方米的覆土材料。粗、细土覆土时，先覆一层粗土，厚2．5～3．5厘米，然后再覆一层细土，厚1．5～2厘米，粗细土的总厚度为3．5～5厘米。粗细混合土一般一次性覆完，厚度3．5~5厘米。一般来讲，料厚则覆土略厚一些，料薄的覆土稍薄一些。覆土厚，出菇稍迟，菇体个大盖厚，但个数较少；覆土薄，出菇较早，菇密，但个体较小。如果播的是大粒肥厚型的品种，覆土层宜薄些，以利于外销或加工；若是小粒密生型品种，覆土可厚些，以利于长得稀些，个大些。有机质含量多、孔隙度大的覆土材料，可稍厚些，而黏性大、孔隙度小的覆土材料，宜薄一些。
④覆土完毕立即盖上薄膜，保湿发菌。
（4）覆土后至出菇前的管理。覆土至出菇约需18～20天时间，覆土前期仍属发菌阶段，覆土后期则是催菇阶段这两个时期的管理要求有所不同。①覆土后7～10天内，室温控制在21℃～25℃，空气相对湿度保持在85％左右，室内保持较黑暗的环境。
②在覆土后期，土层发菌已近结束，开始形成原基，这时要将室温降到18℃~20℃，料温降到21℃~23℃，相对湿度提高到85％～90％，同时适量增加一些散射光，以促进原基的形成。当土层表面有大量米粒状原基出现时，即可揭去盖膜，进入出菇阶段管理。